PDB-4otm: Crystal structure of the C-terminal domain from yeast GCN2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4otm

タイトル

Crystal structure of the C-terminal domain from yeast GCN2

要素

Serine/threonine-protein kinase GCN2

キーワード

TRANSFERASE / C-terminal regulatory domain / GCN2 / 4-stranded beta sheet 3 helix bundle / regulatory domain of eIF2 stress kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to histidine / regulation of cytoplasmic translational initiation in response to stress / positive regulation of translational initiation in response to starvation / GCN2-mediated signaling / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / negative regulation of translational initiation in response to stress / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / regulation of translational initiation / protein kinase inhibitor activity / ribosomal large subunit binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

He, H. / Georgiadis, M.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures of GCN2 Protein Kinase C-terminal Domains Suggest Regulatory Differences in Yeast and Mammals.
著者: He, H. / Singh, I. / Wek, S.A. / Dey, S. / Baird, T.D. / Wek, R.C. / Georgiadis, M.M.

履歴

登録	2014年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月18日	Group: Database references
改定 1.2	2014年8月6日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4otm.cif.gz	108.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4otm.ent.gz	83.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4otm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4otm_validation.pdf.gz	438.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4otm_full_validation.pdf.gz	443.8 KB	表示
XML形式データ	4otm_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	4otm_validation.cif.gz	16.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/4otm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/4otm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4otnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3imy-d 1nq2-d 1ip3-d 1nq0-d 3wf8-d 1y0x-d 3m4u-1 3ope-1 2j4a-d 3mfq-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (2) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase GCN2

B: Serine/threonine-protein kinase GCN2

31.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.126, 118.896, 46.608
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase GCN2 分子量: 15705.565 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: AAS1, GCN2, YDR283C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pET28 参照: UniProt: P15442, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Serine/threonine-protein kinase GCN2

分子量: 15705.565 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: AAS1, GCN2, YDR283C / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pET28
参照: UniProt: P15442, non-specific serine/threonine protein kinase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.82 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris, 21-28% (w/v) polyethylene glycol 2000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.00587 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 18888 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 35.35 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Χ²: 1.073 / Net I/σ(I): 23.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.95-1.98	2.9	0.26	778	1.029	1	81.9
1.98-2.02	3	0.223	862	0.972	1	86.9
2.02-2.06	3.1	0.205	886	1.143	1	90.6
2.06-2.1	3.3	0.191	918	1.113	1	93.9
2.1-2.15	3.3	0.168	973	1.14	1	97.1
2.15-2.2	3.5	0.147	936	1.129	1	97.7
2.2-2.25	3.5	0.126	972	1.118	1	97.6
2.25-2.31	3.6	0.116	950	1.063	1	98.2
2.31-2.38	3.6	0.11	993	1.068	1	97.9
2.38-2.46	3.7	0.098	959	1.1	1	98
2.46-2.54	3.8	0.087	943	1.09	1	97
2.54-2.65	3.8	0.08	985	1.1	1	97.9
2.65-2.77	4.1	0.074	988	1.057	1	97.9
2.77-2.91	4.3	0.062	967	1.009	1	97.4
2.91-3.1	4.6	0.054	966	1.024	1	97.2
3.1-3.33	4.7	0.045	979	1.017	1	96.6
3.33-3.67	4.8	0.04	980	1.098	1	96.6
3.67-4.2	4.9	0.034	969	1.094	1	94.9
4.2-5.29	4.8	0.028	977	1.115	1	93.1
5.29-50	4.7	0.025	907	1.013	1	80.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→33.138 Å / FOM work R set: 0.7813 / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2748	975	5.17 %	Random
R_work	0.2223	-	-	-
obs	0.225	18871	94.3 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 61.301 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 126.96 Å² / B_iso mean: 45.35 Å² / B_iso min: 21.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	11.9542 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-9.8118 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.1424 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→33.138 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1845	0	0	109	1954

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1891
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.071	2560
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	289
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	326
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.639	700

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9424-2.0448	0.3229	133	0.2717	2224	2357	84
2.0448-2.1729	0.2949	139	0.2492	2548	2687	96
2.1729-2.3406	0.2785	141	0.2299	2613	2754	98
2.3406-2.5761	0.3268	140	0.2309	2627	2767	98
2.5761-2.9487	0.2818	143	0.2431	2651	2794	98
2.9487-3.7142	0.2726	140	0.2077	2643	2783	97
3.7142-33.1433	0.2525	139	0.2131	2590	2729	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0013	0.0247	-0.0927	0.0698	-0.0784	0.1161	0.2241	0.1068	-0.5676	-0.0274	-0.1862	-0.393	0.6862	0.0525	-0.0005	0.4365	0.0776	-0.0481	0.3921	-0.0607	0.4455	33.9	8.915	21.206
2	0.8915	-0.0916	-0.6984	0.0991	0.0516	0.5301	0.6046	0.0749	0.082	0.5845	0.4709	-0.5389	-0.5117	0.9317	0.0975	0.6073	-0.0137	-0.1816	0.411	-0.1045	0.3276	30.566	21.402	33.101
3	2	2.0001	2.0027	5.3397	-9.9514	2.001	1.8939	-3.3884	2.8683	1.0987	-1.5888	1.1426	-0.6913	2.4774	-0.6704	0.7677	-0.2871	-0.6404	-0.029	-0.0639	1.5099	35.57	8.188	30.215
4	-0.0623	0.0669	0.0085	0.1196	-0.1923	0.1509	-0.2435	0.3077	0.2784	0.3499	-0.0614	0.1974	0.2661	0.328	-0.0001	0.4071	-0.0007	0.0092	0.2265	0.0451	0.3624	27.292	4.67	24.145
5	1.7412	-0.9022	-0.1395	1.7943	-0.3504	2.8815	0.1146	-0.0247	-0.0362	-0.4165	-0.0665	0.2327	-0.3916	-0.0071	0.0001	0.2769	0.0176	-0.0605	0.2689	-0.0136	0.2356	10.598	17.345	4.592
6	0.3037	-0.1155	-0.2939	0.0609	0.1482	0.2151	0.6906	0.4117	-0.2342	-0.5016	-0.5781	0.4385	0.1407	0.606	0.0011	0.549	0.0998	-0.1865	0.3724	-0.0393	0.4434	9.002	10.454	-4.738
7	0.0499	-0.0499	0.0169	0.0469	0.0236	0.0208	0.1098	0.3162	0.4186	-0.4074	-0.2337	-0.1849	-0.2927	0.4453	-0.0001	0.8297	0.2351	-0.2183	0.4799	-0.1702	0.6975	7.522	13.562	-16.711
8	0.0437	-0.0158	-0.017	-0.0008	0.0054	0.0094	-0.1128	0.1477	-0.5313	0.1952	-0.0161	0.1891	0.0629	0.1113	0.0007	1.253	0.1135	-0.0688	1.0427	-0.1307	0.6743	13.69	4.804	-9.494
9	0.0001	0.003	-0.0046	0.001	-0.0113	-0.0121	0.5396	0.3281	-0.3307	-0.1616	0.1526	0.1971	0.3161	0.1707	0.0024	0.6828	0.2455	-0.1227	0.4344	-0.0567	0.4698	19.942	4.961	-2.826
10	0.5562	-0.1573	-0.1822	2.1772	0.2112	1.5963	-0.0901	-0.0245	0.0811	0.1404	0.0133	-0.0164	-0.049	-0.0013	-0	0.2181	-0.0354	0.0066	0.2797	-0.0305	0.2655	26.041	20.837	18.35

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1537:1543 )	A	1537 - 1543
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 1544:1549 )	A	1544 - 1549
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 1559:1559 )	A	1559
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 1560:1573 )	A	1560 - 1573
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 1574:1659 )	A	1574 - 1659
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 1538:1549 )	B	1538 - 1549
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 1550:1555 )	B	1550 - 1555
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 1560:1563 )	B	1560 - 1563
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 1564:1570 )	B	1564 - 1570
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 1571:1659 )	B	1571 - 1659

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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