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- PDB-4otk: A structural characterization of the isoniazid Mycobacterium tube... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4otk
タイトルA structural characterization of the isoniazid Mycobacterium tuberculosis drug target, Rv2971, in its unliganded form
要素Mycobacterial Enzyme Rv2971
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM Barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


small molecule metabolic process / 酸化還元酵素 / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / aldose reductase (NADPH) activity / peptidoglycan-based cell wall / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Uncharacterized oxidoreductase MT3049 / Aldo-keto reductase Rv2971
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Shahine, A. / Beddoe, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: A structural characterization of the isoniazid Mycobacterium tuberculosis drug target, Rv2971, in its unliganded form
著者: Shahine, A. / Prasetyoputri, A. / Rossjohn, J. / Beddoe, T.
履歴
登録2014年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Database references
改定 1.22014年6月4日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: entity / software / struct / Item: _entity.pdbx_description / _struct.pdbx_descriptor
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mycobacterial Enzyme Rv2971
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4284
ポリマ－34,1881
非ポリマー2403
水5,603311
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.270, 86.270, 86.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Mycobacterial Enzyme Rv2971


分子量: 34188.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv2971, MT3049 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P95124, UniProt: P9WQA5*PLUS, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2M Na-Malonate pH 5.0, 19% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月16日
放射モノクロメーター: Synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→38.58 Å / Num. all: 49368 / Num. obs: 49368 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WZT

2wzt


解像度: 1.6→38.58 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 14.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1685 2499 5.06 %
Rwork0.1456 --
obs0.1468 49368 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→38.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2094 0 15 311 2420
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062187
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0452997
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.311799
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047350
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006401
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.63080.26581500.23622578X-RAY DIFFRACTION100
1.6308-1.66410.28371540.2122571X-RAY DIFFRACTION100
1.6641-1.70020.24391440.19622520X-RAY DIFFRACTION100
1.7002-1.73980.17171280.17232589X-RAY DIFFRACTION100
1.7398-1.78330.18571310.15342620X-RAY DIFFRACTION100
1.7833-1.83150.16341160.14322548X-RAY DIFFRACTION100
1.8315-1.88540.17621460.13872566X-RAY DIFFRACTION100
1.8854-1.94630.15471400.14372596X-RAY DIFFRACTION100
1.9463-2.01580.17841160.14212610X-RAY DIFFRACTION100
2.0158-2.09650.1741470.14222575X-RAY DIFFRACTION100
2.0965-2.19190.16361390.13292595X-RAY DIFFRACTION100
2.1919-2.30750.17471290.13592600X-RAY DIFFRACTION100
2.3075-2.4520.15561380.14092619X-RAY DIFFRACTION100
2.452-2.64130.1611550.14392573X-RAY DIFFRACTION100
2.6413-2.9070.15811550.14422637X-RAY DIFFRACTION100
2.907-3.32750.15571370.15052644X-RAY DIFFRACTION100
3.3275-4.19150.16011330.13922660X-RAY DIFFRACTION100
4.1915-38.5940.16341410.13662768X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.81590.13850.17591.61610.44960.9226-0.04570.09970.0133-0.13220.0454-0.0627-0.07550.0917-0.00080.115-0.02310.00550.09750.02940.101947.93731.82290.0899
25.24433.3215-1.60543.8498-1.13681.2497-0.060.46320.5732-0.24440.04630.5521-0.3443-0.1584-0.05330.27760.0107-0.12510.15450.03830.252431.311610.1827-8.0692
31.8060.22950.4162.00330.25540.6587-0.00340.175-0.0269-0.2968-0.05360.3095-0.0564-0.04530.0490.1865-0.0182-0.06010.1238-0.00090.148630.9253-6.7064-11.7556
42.03031.33372.2391.73512.67716.660.0339-0.1140.0627-0.1494-0.23050.43020.0836-0.31060.1890.170.0274-0.06030.1288-0.0060.285926.40023.1795-2.4436
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 8:171 )A8 - 171
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 172:188 )A172 - 188
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 189:257 )A189 - 257
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 258:282 )A258 - 282

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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