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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ork | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Phosphotransferase Domain of the Bifunctional Aminoglycoside Resistance Enzyme AAC(6')-Ie-APH(2'')-Ia | ||||||
![]() | Bifunctional AAC/APH | ||||||
![]() | TRANSFERASE / kinase / antibiotic resistance / aminoglycosides and GTP | ||||||
機能・相同性 | ![]() aminoglycoside phosphotransferase activity / aminoglycoside 2''-phosphotransferase / N-acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / phosphorylation / response to antibiotic / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Smith, C.A. / Toth, M. / Bhattacharya, M. / Frase, H. / Vakulenko, S.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the phosphotransferase domain of the bifunctional aminoglycoside-resistance enzyme AAC(6')-Ie-APH(2'')-Ia. 著者: Smith, C.A. / Toth, M. / Bhattacharya, M. / Frase, H. / Vakulenko, S.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 503.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 419.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 62.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35948.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: aacA-aphD, R015, VRA0030 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A0C1, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; ...参照: UniProt: P0A0C1, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) #2: 化合物 | ChemComp-GDP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.73 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Hepes, pH 7.5, 30% PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月21日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→36.2 Å / Num. all: 62509 / Num. obs: 62509 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 60.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 96.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→36.2 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.86 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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