PDB-4ori: Rat dihydroorotate dehydrogenase bound with DSM338 (N-[3,5-difluo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ori

タイトル

Rat dihydroorotate dehydrogenase bound with DSM338 (N-[3,5-difluoro-4-(trifluoromethyl)phenyl]-5-methyl-2-(trifluoromethyl)[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-amine)

要素

Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / alpha/beta barrel / Oxidoreductase / FMN / mitochondrial membrane / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Pyrimidine biosynthesis / response to L-arginine / pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / UDP biosynthetic process / response to caffeine / ubiquinone binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Deng, X. / Phillips, M.A.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Fluorine Modulates Species Selectivity in the Triazolopyrimidine Class of Plasmodium falciparum Dihydroorotate Dehydrogenase Inhibitors.
著者: Deng, X. / Kokkonda, S. / El Mazouni, F. / White, J. / Burrows, J.N. / Kaminsky, W. / Charman, S.A. / Matthews, D. / Rathod, P.K. / Phillips, M.A.

履歴

登録	2014年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月9日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ori.cif.gz	162.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ori.ent.gz	127 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ori.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ori_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ori_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4ori_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	4ori_validation.cif.gz	25 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/4ori ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/4ori	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oqvC 4ormC 1uuoS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1rje-2 6lzl-d 4jtu-d 1rje-1 3r67-4 3jrk-2 7k2u-d 3f1q-d 1rjf-2 2ahg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

41.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.365, 43.845, 63.305
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.96, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase 分子量: 40410.965 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-395 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Dhodh, DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21 参照: UniProt: Q63707, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸分子量: 156.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₄N₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-2V6 / N-[3,5-difluoro-4-(trifluoromethyl)phenyl]-5-methyl-2-(trifluoromethyl)[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-amine / DSM-338 分子量: 397.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₇F₈N₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 1.64 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.2, 1.2 M NaCl, and 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月15日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 60412 / Num. obs: 56541 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 2.55 / Observed criterion σ(I): 2.55 / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 22.6 Å² / R_sym value: 0.064 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.8 % / Num. unique all: 2731 / R_sym value: 0.425 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASES		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UUO

1uuo

解像度: 1.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 4.216 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.55 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2345	2836	5 %	RANDOM
R_work	0.18033	-	-	-
obs	0.18311	53464	95.43 %	-
all	-	58921	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.316 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.53 Å²	0 Å²	-2.26 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2707	0	69	111	2887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	2841
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.166	2.016	3861
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.569	5	357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.311	23.471	121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.42	15	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.838	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	438
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.021	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	11.222	3	2839
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	31.958	5	47
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	16.394	5	2866

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.53 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.368	141	-
R_work	0.33	2931	-
obs	-	2731	92.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.973	8.2126	0.7234	21.6437	-7.5075	17.5043	0.152	0.0125	-0.511	-0.0223	-0.8119	-1.4679	0.7459	1.5415	0.6599	0.2001	0.1344	0.1491	0.3879	0.0813	0.3713	3.6804	-30.483	11.7168
2	5.9016	3.137	-0.3339	4.2369	-0.2865	4.4404	0.0791	0.0304	-0.1145	-0.0451	-0.1908	0.0781	-0.1784	0.166	0.1118	0.1215	0.0295	0.0317	0.1665	-0.0217	0.0735	-4.6285	-23.561	3.1011
3	3.715	-0.4855	-0.7318	1.6529	-0.4994	3.1482	0.0246	-0.1265	-0.4695	-0.0994	-0.081	0.1439	0.7215	-0.4309	0.0563	0.2079	-0.0934	-0.0167	0.1599	-0.0188	0.1695	-20.7194	-36.1279	19.5778
4	1.4984	0.0434	1.2171	1.0688	-0.3894	3.1803	-0.0841	0.1967	0.0967	-0.1341	-0.0876	-0.0075	-0.2555	0.0244	0.1717	0.1064	0.0278	-0.0228	0.0923	-0.0148	0.0771	-14.3616	-19.9075	8.4701
5	1.8225	0.4673	1.0012	1.4293	-0.2856	2.9601	-0.0555	0.1808	0.0922	-0.2196	-0.0437	0.0774	-0.1315	-0.1622	0.0991	0.0873	0.052	-0.0351	0.1002	-0.0326	0.0757	-19.2036	-21.1992	5.8495
6	1.3217	-0.059	0.7157	1.6368	-0.4167	1.6032	-0.1261	-0.1212	0.3352	0.0112	0.0136	0.0152	-0.3764	-0.363	0.1125	0.1362	0.0839	-0.0638	0.2134	-0.0513	0.1657	-26.8224	-11.7764	11.4581
7	6.3516	0.3218	2.0936	2.2732	-0.826	1.5361	-0.2157	-0.1599	0.0761	-0.0546	0.1968	0.3253	-0.2311	-0.562	0.0189	0.1074	0.1543	-0.0368	0.4177	-0.0929	0.162	-33.2304	-14.1017	15.3673
8	34.4101	14.0686	9.4673	9.5482	5.8038	7.2797	-0.2821	-0.1918	-0.2171	0.0373	0.0316	0.2559	-0.6542	-0.313	0.2504	0.4829	0.2224	0.1136	0.2737	-0.1116	0.2943	-27.5712	-7.0076	29.0613
9	1.3873	0.069	0.8845	1.4192	-0.323	2.9427	-0.0632	-0.212	0.0866	0.1016	-0.0766	0.0042	-0.126	-0.2103	0.1397	0.0766	0.0128	-0.0154	0.1003	-0.0381	0.0626	-13.0172	-21.5365	25.6148
10	20.7821	5.3326	0.0036	10.1638	12.2293	21.1406	0.2409	-1.2126	-0.2112	0.7094	-0.4582	-0.1481	0.8889	-0.7326	0.2172	0.3479	-0.0389	0.0646	0.6714	-0.0565	0.2118	-20.2626	-23.6544	40.0011

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	36 - 46
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	47 - 67
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	68 - 89
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	90 - 138
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	139 - 173
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	174 - 231
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	232 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	260 - 275
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	276 - 390
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	391 - 396

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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