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Yorodumi- PDB-4oqv: High resolution crystal structure of human dihydroorotate dehydro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4oqv | ||||||
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Title | High resolution crystal structure of human dihydroorotate dehydrogenase bound with DSM338 (N-[3,5-difluoro-4-(trifluoromethyl)phenyl]-5-methyl-2-(trifluoromethyl)[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-amine) | ||||||
Components | Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrialDihydroorotate dehydrogenase (quinone) | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Alpha/Beta Barrel / REDOX / DEHYDROGENASE / FMN / mitochondrial membrane / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane ...pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / nucleoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.23 Å | ||||||
Authors | Deng, X. / Phillips, M.A. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2014 Title: Fluorine Modulates Species Selectivity in the Triazolopyrimidine Class of Plasmodium falciparum Dihydroorotate Dehydrogenase Inhibitors. Authors: Deng, X. / Kokkonda, S. / El Mazouni, F. / White, J. / Burrows, J.N. / Kaminsky, W. / Charman, S.A. / Matthews, D. / Rathod, P.K. / Phillips, M.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4oqv.cif.gz | 176.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4oqv.ent.gz | 138.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4oqv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/4oqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/4oqv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 41123.883 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 32-395 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: DHODH, Dihydroorotate Dehydrogenases / Plasmid: pET28b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): bl21 References: UniProt: Q02127, dihydroorotate dehydrogenase (quinone) |
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-Non-polymers , 8 types, 367 molecules
#2: Chemical | ChemComp-FMN / | ||||||||
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#3: Chemical | ChemComp-ORO / | ||||||||
#4: Chemical | ChemComp-2V6 / | ||||||||
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-GOL / | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-SO4 / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.54 Å3/Da / Density % sol: 65.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.4 Details: 1.76 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.4, 1.9 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 21, 2011 |
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.23→50 Å / Num. all: 168450 / Num. obs: 168235 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2.7 / Observed criterion σ(I): 2.7 / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 10.6 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 29.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.23→1.25 Å / Redundancy: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 8270 / Rsym value: 0.612 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.23→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 0.728 / SU ML: 0.015 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.028 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.67 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.23→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.23→1.262 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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