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- PDB-4orb: Crystal structure of mouse calcineurin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4orb
タイトルCrystal structure of mouse calcineurin
要素
  • Calcineurin subunit B type 1
  • Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit alpha isoform
キーワードHYDROLASE/METAL BINDING PROTEIN / Calmodulin-binding / HYDROLASE-METAL BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of BAD and translocation to mitochondria / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / negative regulation of angiotensin-activated signaling pathway / regulation of cell proliferation involved in kidney morphogenesis / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / positive regulation of glomerulus development / negative regulation of calcium ion import across plasma membrane / Calcineurin activates NFAT / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / negative regulation of signaling ...Activation of BAD and translocation to mitochondria / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / negative regulation of angiotensin-activated signaling pathway / regulation of cell proliferation involved in kidney morphogenesis / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / positive regulation of glomerulus development / negative regulation of calcium ion import across plasma membrane / Calcineurin activates NFAT / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / negative regulation of signaling / positive regulation of saliva secretion / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / calcineurin complex / positive regulation of connective tissue replacement / calcineurin-mediated signaling / Ca2+ pathway / negative regulation of dendrite morphogenesis / FCERI mediated Ca+2 mobilization / protein serine/threonine phosphatase complex / slit diaphragm / renal filtration / lung epithelial cell differentiation / calcineurin-NFAT signaling cascade / transition between fast and slow fiber / regulation of synaptic vesicle cycle / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / myelination in peripheral nervous system / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / positive regulation of osteoclast differentiation / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / parallel fiber to Purkinje cell synapse / dendrite morphogenesis / protein serine/threonine phosphatase activity / branching involved in blood vessel morphogenesis / cyclosporin A binding / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of endocytosis / phosphoprotein phosphatase activity / protein localization to nucleus / epithelial to mesenchymal transition / multicellular organismal response to stress / epidermis development / phosphatase binding / negative regulation of insulin secretion / positive regulation of osteoblast differentiation / Schwann cell development / skeletal muscle fiber development / keratinocyte differentiation / protein dephosphorylation / response to amphetamine / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / excitatory postsynaptic potential / cellular response to glucose stimulus / calcium-mediated signaling / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / sarcolemma / Z disc / cytoplasmic side of plasma membrane / response to calcium ion / protein import into nucleus / G1/S transition of mitotic cell cycle / calcium ion transport / heart development / ATPase binding / postsynapse / dendritic spine / protein dimerization activity / calmodulin binding / positive regulation of cell migration / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / glutamatergic synapse / calcium ion binding / synapse / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calcineurin B protein / PP2B, metallophosphatase domain / PP2B / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase ...Calcineurin B protein / PP2B, metallophosphatase domain / PP2B / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / 4-Layer Sandwich / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Protein phosphatase 3 catalytic subunit alpha / Calcineurin subunit B type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.108 Å
データ登録者Ma, L. / Li, S.J. / Wang, J. / Wu, J.W. / Wang, Z.X.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Cooperative autoinhibition and multi-level activation mechanisms of calcineurin
著者: Li, S.J. / Ma, L. / Wang, J. / Lu, C. / Wang, J. / Wu, J.W. / Wang, Z.X.
履歴
登録2014年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Structure summary
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit alpha isoform
B: Calcineurin subunit B type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3598
ポリマ－78,0782
非ポリマー2826
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area23850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.865, 107.466, 175.823
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit alpha isoform / CAM-PRP catalytic subunit / Calmodulin-dependent calcineurin A subunit alpha isoform


分子量: 58754.734 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic subunit / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Calna, Ppp3ca / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P63328, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質 Calcineurin subunit B type 1 / Protein phosphatase 2B regulatory subunit 1 / Protein phosphatase 3 regulatory subunit B alpha isoform 1


分子量: 19322.904 Da / 分子数: 1 / 断片: regulatory subunit / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cnb, Ppp3r1 / プラスミド: pACYCDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q63810

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非ポリマー , 4種, 21分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細AMINO ACIDS (447-456) ARE MISSING BECAUSE THIS SEQUENCE CORRESPONDS TO THE ISOFORM2 FOUND IN UNP P63328.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.39 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 100mM MES, pH 6.1, 18% PEG3350, 8% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月21日
放射モノクロメーター: rotated-inclined double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→40 Å / Num. all: 17090 / Num. obs: 17038 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 61.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 2.273 / Num. unique all: 1587 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AUI

1aui


解像度: 3.108→39.691 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2433 868 5.09 %RANDOM
Rwork0.1959 ---
obs0.1982 17038 97.92 %-
all-17090 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.512 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.249 Å20 Å2-0 Å2
2--23.8704 Å20 Å2
3----0.5449 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.108→39.691 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4378 0 6 15 4399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014478
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2766049
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4081676
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082651
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005791
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.108-3.30250.31011370.2839250293
3.3025-3.55740.26321510.2176256695
3.5574-3.91510.25341350.191267999
3.9151-4.48090.20521610.15612737100
4.4809-5.64290.22931420.17962763100
5.6429-39.69390.25461420.20682923100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0724-0.37390.71471.5959-0.53081.3247-0.02040.39740.1358-0.1620.00860.0147-0.03670.20460.02130.231-0.04030.0080.29490.03960.207810.1519-22.7875-19.1483
21.9469-0.59751.24131.5199-0.20990.72610.4635-0.1722-0.0835-0.4256-0.4947-0.69180.5970.64530.19120.67950.1427-0.0650.81780.17930.576610.2033-15.6855-50.9102
30.6098-0.12820.6441.7516-3.41423.84320.1111-0.1478-0.1878-0.3826-0.0183-0.10830.4677-0.0067-0.04780.64390.0181-0.03950.4590.04020.4264-5.7633-4.7858-61.5959
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 14:348)A14 - 348
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 349:475)A349 - 475
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resseq 5:169)B5 - 169

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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