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- PDB-4oq8: Satellite Tobacco Mosaic Virus Refined to 1.4 A Resolution using ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oq8
タイトルSatellite Tobacco Mosaic Virus Refined to 1.4 A Resolution using icosahedral constraints
要素
  • Coat protein
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードVIRUS/RNA / Double-helix RNA / Protein-RNA complex / Swiss Jelly-roll beta barrel / VIRUS-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Satellite virus coat domain / Satellite virus coat domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / RNA / Coat protein
類似検索 - 構成要素
生物種Satellite Tobacco Mosaic Virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Larson, S.B. / Day, J.S. / McPherson, A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Satellite tobacco mosaic virus refined to 1.4 angstrom resolution.
著者: Larson, S.B. / Day, J.S. / McPherson, A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Refined structure of satellite tobacco mosaic virus at 1.8 A resolution.
著者: Larson, S.B. / Day, J. / Greenwood, A. / McPherson, A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Three-dimensional structure of satellite tobacco mosaic virus at 2.9 A resolution.
著者: Larson, S.B. / Koszelak, S. / Day, J. / Greenwood, A. / Dodds, J.A. / McPherson, A.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Double-helical RNA in satellite tobacco mosaic virus.
著者: Larson, S.B. / Koszelak, S. / Day, J. / Greenwood, A. / Dodds, J.A. / McPherson, A.
#4: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1992
タイトル: Macromolecular crystal growth experiments on International Microgravity Laboratory--1.
著者: Day, J. / McPherson, A.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Preliminary analysis of crystals of satellite tobacco mosaic virus.
著者: Koszelak, S. / Dodds, J.A. / McPherson, A.
#6: ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Satellite tobacco mosaic virus RNA: structure and implications for assembly.
著者: Larson, S.B. / McPherson, A.
#7: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: A model for the structure of satellite tobacco mosaic virus.
著者: Zeng, Y. / Larson, S.B. / Heitsch, C.E. / McPherson, A. / Harvey, S.C.
履歴
登録2014年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Coat protein
B: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
C: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
D: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6778
ポリマ－24,3654
非ポリマー3114
水4,990277
1
A: Coat protein
B: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
C: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
D: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,480,592480
ポリマ－1,461,907240
非ポリマー18,684240
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Coat protein
B: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
C: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
D: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 123 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,38340
ポリマ－121,82620
非ポリマー1,55720
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Coat protein
B: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
C: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
D: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 148 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,05948
ポリマ－146,19124
非ポリマー1,86824
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Coat protein
B: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
C: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
D: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
ヘテロ分子
x 15


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 370 kDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)370,148120
ポリマ－365,47760
非ポリマー4,67160
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation14
単位格子
Length a, b, c (Å)172.690, 190.300, 201.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5, 0.309017, 0.80901699), (0.309017, 0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.309017)
3generate(-0.309017, 0.809017, 0.5), (0.809017, 0.5, -0.30901699), (-0.5, 0.309017, -0.80901699)
4generate(-0.30901699, 0.809017, -0.5), (0.80901699, 0.5, 0.309017), (0.5, -0.309017, -0.809017)
5generate(0.5, 0.30901699, -0.80901699), (0.30901699, 0.809017, 0.5), (0.809017, -0.5, 0.30901699)
6generate(-0.80901699, 0.50000001, 0.309017), (0.49999999, 0.30901699, 0.809017), (0.30901699, 0.80901699, -0.5)
7generate(-0.5, 0.309017, -0.80901699), (-0.309017, 0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, -0.309017)
8generate(0.5, -0.30901699, -0.809017), (-0.309017, 0.80901699, -0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699)
9generate(0.809017, -0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, -0.809017), (0.30901699, 0.80901699, 0.5)
10generate(1), (1), (1)
11generate(0.80901699, 0.5, 0.30901699), (0.50000001, -0.309017, -0.80901699), (-0.30901699, 0.809017, -0.49999999)
12generate(0.309017, 0.80901699, 0.5), (0.80901699, -0.5, 0.309017), (0.5, 0.309017, -0.80901699)
13generate(1), (1), (1)
14generate(0.30901699, 0.80901699, -0.5), (-0.809017, 0.5, 0.30901699), (0.5, 0.309017, 0.80901699)
15generate(0.80901699, 0.5, -0.309017), (-0.5, 0.30901699, -0.80901699), (-0.30901699, 0.809017, 0.5)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Coat protein


分子量: 17533.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: grown in Nicotiana Tobacum plants
由来: (天然) Satellite Tobacco Mosaic Virus (ウイルス)
参照: UniProt: P17574

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 BCD

#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 3247.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA adenine nucleotide decamer
由来: (天然) Satellite Tobacco Mosaic Virus (ウイルス)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 3016.700 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA uridine nucleotide decamer
由来: (天然) Satellite Tobacco Mosaic Virus (ウイルス)
#4: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*U)-3')


分子量: 567.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA uridine nucleotide dimer
由来: (天然) Satellite Tobacco Mosaic Virus (ウイルス)

-
非ポリマー , 4種, 281分子

#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: crystals grown from 15% ammonium sulfate on earth with a reservoir of 15% ammonium sulfate over 14 days., pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.06 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月3日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→48.35 Å / Num. all: 643001 / Num. obs: 613720 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.23 % / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
1.4-1.452.170.3542.98315274307067.3
1.45-1.512.90.3633.27053586111195.5
1.51-1.584.010.3873.75613276270098
1.58-1.665.740.4194.15106476350899
1.66-1.767.140.4134.74837166376199.5
1.76-1.97.610.45.24552936359699.1
1.9-2.098.060.35963648316331898.6
2.09-2.398.850.2667.72513726344198.6
2.39-3.0211.010.14614.21771486409199.2
3.02-48.3512.770.06631.4933746512499.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
Coot0.6.2モデル構築
CNS1.2精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
CNS1.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1A34

1a34


解像度: 1.45→48.35 Å / Num. parameters: 13624 / Num. restraintsaints: 12660 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THOUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Hydrogens were included in the refinements. Strict icosahedral symmetry was applied.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2793 28359 5 %RANDOM
Rwork0.2776 ---
all0.2784 570721 --
obs0.2784 570721 98.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: CNS 1.2 method / Bsol: 82.47 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 161.95 Å2 / Biso mean: 39.23 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.08 Å20 Å20 Å2
2--2.396 Å20 Å2
3----0.316 Å2
Refine analyzeNum. disordered residues: 88
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→48.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1118 448 16 277 1859
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0068
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.28
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.992
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.401
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.182
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.818
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.7920
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it10.1232
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.45-1.50.517127025.30.5216511940.00995389693.33
1.5-1.560.433427090.4295535710.00835628097.63
1.56-1.630.340827980.3442545010.00645729999.06
1.63-1.720.320829500.3136544610.00595741199.39
1.72-1.830.322128670.3244545940.0065746199.34
1.83-1.970.378127970.3682543940.00715719198.72
1.97-2.160.366629530.3601541410.00675709498.54
2.16-2.480.308928200.3087545780.00585739898.76
2.48-3.120.249628710.246549860.00475785799.28
3.12-48.350.212128920.214559420.00395883499.39
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN-ALLHDG.PARAMPROTEIN-ALLHDG.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA-ALLATOM.PARAMDNA-RNA-ALLATOM.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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