PDB-4oq1: Structure of the Streptococcal ancillary pilin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4oq1

タイトル

Structure of the Streptococcal ancillary pilin

要素

Cell wall surface anchor family protein

キーワード

CELL ADHESION / CnaB domain / IgG-rev fold / pilin protein

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane => GO:0016020 / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Shaik, M.M. / Di Guilmi, A.M. / Dessen, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis of Pilus Anchoring by the Ancillary Pilin RrgC of Streptococcus pneumoniae.
著者: Shaik, M.M. / Maccagni, A. / Tourcier, G. / Di Guilmi, A.M. / Dessen, A.

履歴

登録	2014年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月4日	Group: Database references
改定 1.2	2014年7月2日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_sheet Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4oq1.cif.gz	84.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4oq1.ent.gz	62.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4oq1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4oq1_validation.pdf.gz	422.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4oq1_full_validation.pdf.gz	423.8 KB	表示
XML形式データ	4oq1_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	4oq1_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/4oq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/4oq1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4u6u-2 1wiq-2 4u6u-1 1t0z-5 5vkj-d 3h94-2 1wio-1 3ivf-d 6mfs-d 4djs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cell wall surface anchor family protein

42 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.580, 65.760, 60.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cell wall surface anchor family protein / Ancillary pilin 分子量: 41970.109 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-368 / 変異: E179A/K180A/E181A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: SP0464, SP_0464 / プラスミド: pLIM01 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q97SC1, UniProt: A0A0H2UNM0*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris, 28% w/v PEG2000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID29	1	0.97923
シンクロトロン	ESRF	ID14-4	2	1.0045

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 6M	1	PIXEL	2013年2月4日
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2013年2月18日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	channel-cut Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	channel-cut Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97923	1
2	1.0045	1

反射

解像度: 1.85→34.63 Å / Num. all: 26430 / Num. obs: 26430 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(F): 2.91 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 7.1

反射シェル

解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
SHARP		位相決定
PHENIX	refine	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→34.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 3.949 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23692	1328	5 %	RANDOM
R_work	0.18552	-	-	-
obs	0.1882	25102	96.75 %	-
all	-	26430	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.917 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.58 Å²	-0 Å²	0.01 Å²
2-	-	-0.43 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→34.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2647	0	0	237	2884

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_refined_d	0.022	0.019	2698
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_other_d	0.002	0.02	2574
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_refined_deg	2	1.959	3659
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_other_deg	0.93	3	5922
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_1_deg	8.07	5	329
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_2_deg	34.616	24.488	127
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_3_deg	13.659	15	475
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_4_deg	11.479	15	16
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.13	0.2	420
X-RAY DIFFRACTION	f_gen_planes_refined	0.011	0.02	3029
X-RAY DIFFRACTION	f_gen_planes_other	0.001	0.02	609
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	f_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	f_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	f_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	f_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	f_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	f_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	f_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	f_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	f_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	f_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	f_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	f_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	f_mcbond_it	3.128	2.682	1322
X-RAY DIFFRACTION	f_mcbond_other	3.128	2.677	1321
X-RAY DIFFRACTION	f_mcangle_it	4.428	3.999	1649
X-RAY DIFFRACTION	f_mcangle_other	4.427	4.005	1650
X-RAY DIFFRACTION	f_scbond_it	4.03	3.164	1376
X-RAY DIFFRACTION	f_scbond_other	4.029	3.169	1377
X-RAY DIFFRACTION	f_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	f_scangle_other	6.059	4.573	2011
X-RAY DIFFRACTION	f_long_range_B_refined	8.29	22.565	3064
X-RAY DIFFRACTION	f_long_range_B_other	8.216	22.325	2993
X-RAY DIFFRACTION	f_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	f_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	f_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	108	-
R_work	0.25	1835	-
obs	-	-	95.62 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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