PDB-4ops: Crystal structure of P domain from norovirus strain Farmington Hi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ops

タイトル

Crystal structure of P domain from norovirus strain Farmington Hills 2004 in complex with HBGA type Leb (tetraglycan)

要素

Major capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Norovirus / Viral Capsid Protein / Histo Blood Group Antigen (HBGA) / Protruding Domain

機能・相同性

機能・相同性情報

Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Norovirus Hu/GII.4/Farmington Hills/2004/USA (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Singh, B.K. / Leuthold, M. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Human noroviruses' fondness for histo-blood group antigens.
著者: Singh, B.K. / Leuthold, M.M. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2014年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月11日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ops.cif.gz	347.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ops.ent.gz	288.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ops.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ops_validation.pdf.gz	860.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ops_full_validation.pdf.gz	860.5 KB	表示
XML形式データ	4ops_validation.xml.gz	25 KB	表示
CIF形式データ	4ops_validation.cif.gz	37 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/4ops ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/4ops	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oosC 4oovC 4ooxC 4op7C 4opoC 4wzeC 4wzkC 4wzlC 4wztC 4x05C 4x06C 4x07C 4x0cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wzl-d 4wze-d 3skb-2 4z4u-d 5iyr-d 5iyn-d 4wzk-d 3skb-3 4oox-1 5lfe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Major capsid protein

B: Major capsid protein

ヘテロ分子

68.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.450, 90.110, 91.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Auth seq-ID: 225 - 530 / Label seq-ID: 1 - 306

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B

#1: タンパク質

Major capsid protein

分子量: 33699.574 Da / 分子数: 2
断片: P domain Farmington Hills 2004 (residues 225 to 530)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Norovirus Hu/GII.4/Farmington Hills/2004/USA (ウイルス)
遺伝子: JQ478408 / プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: R4I4P2

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2- ... / Lewis B antigen / beta anomer

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 675.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide with branches / 参照: Lewis B antigen, beta anomer

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2DGalpb1-3[LFucpa1-4]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3-3/a3-b1_a4-d1_b2-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}[(4+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.94 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: PEG 3350, Magnesium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→97.3449 Å / Num. obs: 59028 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 17.39 Å² / R_merge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 9.88

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.75-1.79		5.7	0.535	2.41	1	95.1
1.79-1.84			0.438	3.22	1	99.8
1.84-1.9			0.707	2.65	1	97.9
1.9-1.95			0.611	3.79	1	83.5
1.95-2.02			0.369	4.94	1	99
2.02-2.09			0.374	5.47	1	97.2
2.09-2.17			0.246	6.95	1	99.4
2.17-2.26			0.219	7.64	1	96.1
2.26-2.36			0.185	8.69	1	98.2
2.36-2.47			0.133	11.17	1	99.7
2.47-2.61			0.119	12.38	1	99.8
2.61-2.76			0.114	13.15	1	99.2
2.76-2.96			0.087	15.3	1	99.4
2.96-3.19			0.078	18.24	1	99.6
3.19-3.5			0.071	19.58	1	98.9
3.5-3.91			0.075	18.88	1	96.7
3.91-4.51			0.058	21.02	1	98
4.51-5.53			0.054	22.83	1	99.2
5.53-7.82			0.055	21.84	1	99.2
	7.82		0.049	22.74	1	97.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.3	位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.76→47.808 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2164	2894	5 %
R_work	0.185	-	-
obs	0.1866	57869	97.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→47.808 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4723	0	46	324	5093

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	4932
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.362	6746
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.333	1770
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	749
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	894

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2808	X-RAY DIFFRACTION	4.526	TORSIONAL
1	2	B	2808	X-RAY DIFFRACTION	4.526	TORSIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.7889	0.2758	140	0.2068	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7889-1.8197	0.2252	139	0.1774	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8197-1.8528	0.2453	139	0.1876	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8528-1.8884	0.2899	139	0.2593	2636	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8884-1.927	0.5335	112	0.5111	2102	X-RAY DIFFRACTION	80
1.927-1.9689	0.3794	124	0.3419	2353	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9689-2.0147	0.2197	140	0.1971	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0147-2.0651	0.2385	137	0.217	2595	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0651-2.1209	0.3173	136	0.2189	2587	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1209-2.1833	0.189	140	0.1854	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1833-2.2538	0.3098	130	0.256	2522	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2538-2.3343	0.2704	138	0.1972	2609	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3343-2.4278	0.2024	141	0.1679	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4278-2.5383	0.2134	140	0.1706	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5383-2.6721	0.203	141	0.1702	2673	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6721-2.8395	0.2158	141	0.1677	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8395-3.0587	0.1893	141	0.1766	2687	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0587-3.3664	0.1991	143	0.177	2705	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3664-3.8534	0.1886	140	0.163	2656	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8534-4.8541	0.1441	142	0.1326	2707	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8541-47.8257	0.1766	151	0.1469	2856	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7991	-0.0533	-0.2783	1.7902	1.0058	1.6077	0.0101	-0.0813	0.0038	-0.0249	-0.0284	0.0066	-0.0402	0.0003	0.0227	0.0876	0.0038	-0.0078	0.1333	0.0187	0.1209	11.0374	104.1133	30.0678
2	1.1103	-0.3856	-0.776	3.564	-0.1001	1.477	0.0583	-0.1659	0.1237	0.2839	-0.092	-0.261	-0.083	0.0979	0.008	0.1523	-0.037	-0.0267	0.1885	-0.0301	0.1361	18.8502	111.7608	41.8135
3	0.9568	0.1909	0.0395	1.2094	0.154	1.0502	0.0076	0.0981	-0.0707	-0.1161	-0.0466	-0.0649	0.0483	0.0492	0.0274	0.1245	0.0072	0.0026	0.1222	-0.0044	0.1438	13.7248	91.6344	20.2432
4	2.1792	-0.5318	0.7095	0.3066	-0.4096	0.749	0.0405	-0.0083	-0.0586	-0.0172	-0.0008	-0.0097	0.0984	0.0091	-0.0508	0.1754	0.008	0.0039	0.1325	-0.012	0.1566	17.2833	118.7113	15.4723
5	2.6454	-0.2958	0.1774	2.1355	-1.6533	2.0465	0.0948	0.1688	-0.1215	-0.3278	-0.1803	-0.1095	0.3289	-0.1011	0.0761	0.1596	0.0285	0.0286	0.1829	-0.0192	0.173	36.4284	114.3443	18.5903
6	1.9555	-1.494	0.9007	5.2262	-3.1694	3.3232	0.0526	-0.1455	-0.0379	0.1585	-0.0476	-0.0758	-0.0337	0.1198	0.0238	0.1183	-0.0206	-0.0103	0.1866	-0.0208	0.1501	32.2272	113.9927	30.3129
7	1.8506	-0.5125	0.5729	3.2104	-1.3463	1.9852	0.0228	-0.0882	0.0413	0.1803	-0.1824	-0.2931	-0.0513	0.1406	0.1951	0.108	0.0084	-0.0202	0.2143	-0.0174	0.182	38.565	117.4844	27.1944
8	2.3806	-2.867	-0.7473	4.2087	-0.2495	1.811	-0.0016	-0.2181	0.3678	0.4097	0.0903	-0.4377	-0.381	0.06	-0.1351	0.1989	-0.0309	-0.0281	0.1789	-0.0341	0.2054	25.8485	127.2842	30.5314
9	1.6462	-0.1377	0.5007	1.0777	0.0497	1.8507	0.0308	0.1137	0.214	-0.0269	-0.0476	-0.0041	-0.0588	0.0631	0.019	0.1354	0.0169	0.0086	0.1262	0.0178	0.137	18.6205	125.3004	15.0811
10	2.4297	-1.126	-0.4169	2.8724	0.1948	3.4349	0.0047	0.0079	-0.0528	0.0651	0.0614	0.176	0.1024	-0.3349	-0.0422	0.1022	-0.0146	-0.0178	0.1111	0.0102	0.1244	1.619	123.819	9.6843
11	1.544	-2.5046	0.9433	4.8959	0.5807	5.1131	0.0207	0.1372	0.1301	-0.3746	-0.103	0.0585	-0.2128	-0.2512	0.03	0.1628	-0.02	-0.0215	0.2061	-0.0112	0.1949	0.4968	124.4966	2.886

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 225 through 323 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 324 through 399 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 400 through 530 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 225 through 292 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 293 through 323 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 324 through 352 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 353 through 380 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 381 through 399 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 400 through 464 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 465 through 513 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 514 through 530 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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