PDB-4oox: Crystal structure of P domain from norovirus strain Saga4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4oox

タイトル

Crystal structure of P domain from norovirus strain Saga4

要素

VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / VIRAL CAPSID PROTEIN / Protruding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus Hu/GII-4/Kumamoto5/2006/JP (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Singh, B.K. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Human noroviruses' fondness for histo-blood group antigens.
著者: Singh, B.K. / Leuthold, M.M. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2014年2月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4oox.cif.gz	187.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4oox.ent.gz	151.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4oox.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4oox_validation.pdf.gz	436.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4oox_full_validation.pdf.gz	436.8 KB	表示
XML形式データ	4oox_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	4oox_validation.cif.gz	23.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/4oox ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/4oox	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oosC 4oovC 4op7C 4opoC 4opsC 4wzeC 4wzkC 4wzlC 4wztC 4x05C 4x06C 4x07C 4x0cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ops-d 4wzl-d 5iyp-d 3skb-2 4wze-d 4z4u-d 5iyr-d 4x05-1 4opv-d 5lfe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: VP1

ヘテロ分子

34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: VP1

ヘテロ分子

A: VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.720, 58.940, 62.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 119.880, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-828- HOH

#1: タンパク質	VP1 分子量: 33939.953 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 225-530 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Norovirus Hu/GII-4/Kumamoto5/2006/JP (ウイルス) 遺伝子: AB447457 / プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B5BTT5
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.63 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: Sodium acetate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97243 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97243 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.03→96.0295 Å / Num. obs: 135999 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 10.78 Å² / R_merge(I) obs: 0.034 / Χ²: 0.949 / Net I/σ(I): 15.46

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.03-1.06		0.548	1.8	25530	9760	89.4
1.06-1.09		0.388	2.71	28002	9843	91.5
1.09-1.12		0.286	3.68	28212	9727	93.1
1.12-1.15		0.219	4.71	27044	9503	93.9
1.15-1.19		0.182	5.43	25194	9321	94.9
1.19-1.23		0.151	6.92	28052	9262	96.7
1.23-1.28		0.13	7.87	27045	8918	97.3
1.28-1.33		0.106	9.46	26001	8610	97.8
1.33-1.39		0.085	11.2	24200	8318	97.8
1.39-1.46		0.07	13.47	23011	7895	97.6
1.46-1.54		0.056	17.27	23885	7577	98.5
1.54-1.63		0.045	20.89	22547	7216	98.5
1.63-1.74		0.037	24.41	20850	6778	98.6
1.74-1.88		0.031	28.43	17838	6230	97.1
1.88-2.06		0.025	34.8	17390	5750	97.6
2.06-2.3		0.023	39.78	16787	5262	98.5
2.3-2.66		0.023	42.2	14662	4625	97.7
2.66-3.26		0.023	43.81	11644	3899	97.5
3.26-4.61		0.027	46.97	8975	2978	95.4
	4.61	0.029	49.1	5476	1686	95.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.3	位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.2→27.173 Å / FOM work R set: 0.9456 / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 11.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1432	4625	5 %
R_work	0.1196	-	-
obs	0.1208	135999	97.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 42.16 Å² / B_iso mean: 15.38 Å² / B_iso min: 6.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→27.173 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2383	0	40	295	2718

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2549
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.363	3482
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	381
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	461
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.473	925

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.2-1.2136	0.1538	150	0.114	2855	3005	97
1.2136-1.2279	0.1378	153	0.108	2911	3064	97
1.2279-1.2429	0.1207	153	0.1062	2900	3053	98
1.2429-1.2586	0.1674	154	0.1066	2917	3071	97
1.2586-1.2752	0.1442	152	0.1028	2896	3048	98
1.2752-1.2927	0.1371	153	0.098	2898	3051	97
1.2927-1.3111	0.1337	152	0.0998	2906	3058	98
1.3111-1.3307	0.1245	156	0.0952	2954	3110	98
1.3307-1.3515	0.1294	154	0.0971	2920	3074	98
1.3515-1.3736	0.1342	153	0.0988	2907	3060	98
1.3736-1.3973	0.1248	153	0.0976	2910	3063	98
1.3973-1.4227	0.138	153	0.0961	2903	3056	96
1.4227-1.4501	0.1213	155	0.0931	2955	3110	99
1.4501-1.4797	0.1249	156	0.0931	2963	3119	99
1.4797-1.5119	0.1043	153	0.0916	2907	3060	99
1.5119-1.547	0.126	155	0.0909	2950	3105	98
1.547-1.5857	0.1309	154	0.0895	2927	3081	99
1.5857-1.6286	0.1282	156	0.0921	2961	3117	99
1.6286-1.6765	0.1191	156	0.0969	2965	3121	99
1.6765-1.7306	0.14	157	0.101	2967	3124	99
1.7306-1.7924	0.1354	154	0.1054	2928	3082	99
1.7924-1.8642	0.129	151	0.1087	2868	3019	96
1.8642-1.949	0.1318	153	0.111	2924	3077	97
1.949-2.0517	0.1453	156	0.1101	2946	3102	99
2.0517-2.1802	0.1408	157	0.1135	2993	3150	99
2.1802-2.3485	0.1458	155	0.1193	2952	3107	99
2.3485-2.5847	0.1531	155	0.1341	2945	3100	98
2.5847-2.9583	0.156	156	0.148	2951	3107	98
2.9583-3.7256	0.1616	152	0.1393	2900	3052	96
3.7256-27.1802	0.1548	158	0.1479	3000	3158	97

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