PDB-4oov: Crystal structure of P domain from norovirus strain Farmington Hi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4oov

タイトル

Crystal structure of P domain from norovirus strain Farmington Hills 2004

要素

Major capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / VIRAL CAPSID PROTEIN / Protruding Domain

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus Hu/GII.4/Farmington Hills/2004/USA (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Singh, B.K. / Leuthold, M. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Human noroviruses' fondness for histo-blood group antigens.
著者: Singh, B.K. / Leuthold, M.M. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2014年2月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4oov.cif.gz	243.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4oov.ent.gz	194.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4oov.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4oov_validation.pdf.gz	433.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4oov_full_validation.pdf.gz	434.3 KB	表示
XML形式データ	4oov_validation.xml.gz	29.9 KB	表示
CIF形式データ	4oov_validation.cif.gz	47.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/4oov ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/4oov	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oosC 4ooxC 4op7C 4opoC 4opsC 4wzeC 4wzkC 4wzlC 4wztC 4x05C 4x06C 4x07C 4x0cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4opv-d 3skb-3 5iyq-d 3skb-2 5iyr-d 3skb-1 4wzt-d 4x0c-d 4opo-d 3sej-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Major capsid protein

B: Major capsid protein

ヘテロ分子

68.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.950, 90.120, 109.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Auth seq-ID: 224 - 530 / Label seq-ID: 1 - 307

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Major capsid protein 分子量: 33786.648 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 225-530 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Norovirus Hu/GII.4/Farmington Hills/2004/USA (ウイルス) 遺伝子: JQ478408 / プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: R4I4P2
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 775 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.34 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: PEG 3350, Magnesium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97939 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97939 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→99.219 Å / Num. obs: 99095 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 12.14 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / Χ²: 0.941 / Net I/σ(I): 14.21

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.5-1.54		0.56	2.27	27638	7077	97
1.54-1.58		0.471	3.18	35308	7083	99.6
1.58-1.63		0.408	3.78	34875	6881	99.4
1.63-1.68		0.338	4.52	33451	6696	99.7
1.68-1.73		0.287	5.15	31371	6493	99.4
1.73-1.79		0.226	6.38	30517	6290	99.4
1.79-1.86		0.185	8.03	31341	6076	99.3
1.86-1.94		0.164	9.25	29680	5855	99.3
1.94-2.02		0.127	11.38	27786	5596	99.5
2.02-2.12		0.102	13.29	24869	5365	99.1
2.12-2.24		0.088	16.09	26547	5126	99.6
2.24-2.37		0.077	18.5	24869	4878	99.5
2.37-2.54		0.066	20.48	23272	4585	99.6
2.54-2.74		0.057	22.21	19993	4272	99.2
2.74-3		0.048	27.71	20736	3956	99.5
3-3.36		0.037	35.14	18431	3583	99.5
3.36-3.88		0.032	39.58	15127	3185	99.3
3.88-4.75		0.028	46.8	13375	2705	99
4.75-6.71		0.03	43.89	10516	2143	99.4
	6.71	0.028	46.22	5595	1250	97.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.3	位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.53→99.219 Å / FOM work R set: 0.9112 / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1709	4684	5 %
R_work	0.1448	-	-
obs	0.1461	93719	99.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 63.84 Å² / B_iso mean: 15.8 Å² / B_iso min: 5.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→99.219 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4736	0	32	775	5543

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4925
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.29	6731
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	738
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	898
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.266	1753

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2810	X-RAY DIFFRACTION	5.229	TORSIONAL
1	2	B	2810	X-RAY DIFFRACTION	5.229	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.53-1.5474	0.2572	153	0.2059	2915	3068	99
1.5474-1.5656	0.2169	156	0.1939	2954	3110	100
1.5656-1.5847	0.2338	153	0.1856	2933	3086	100
1.5847-1.6047	0.2222	155	0.1849	2937	3092	99
1.6047-1.6259	0.2067	153	0.1778	2914	3067	99
1.6259-1.6481	0.1989	155	0.1747	2963	3118	100
1.6481-1.6717	0.199	154	0.1639	2922	3076	100
1.6717-1.6966	0.1975	155	0.1597	2950	3105	100
1.6966-1.7232	0.1931	154	0.1631	2929	3083	99
1.7232-1.7514	0.2107	155	0.1624	2949	3104	99
1.7514-1.7816	0.2004	154	0.1566	2927	3081	99
1.7816-1.814	0.1938	155	0.1539	2943	3098	99
1.814-1.8489	0.2046	157	0.146	2979	3136	99
1.8489-1.8866	0.1712	154	0.1504	2940	3094	99
1.8866-1.9277	0.1863	154	0.145	2918	3072	99
1.9277-1.9725	0.1627	156	0.1404	2961	3117	99
1.9725-2.0218	0.1687	154	0.1318	2948	3102	100
2.0218-2.0765	0.1654	155	0.1318	2945	3100	99
2.0765-2.1376	0.148	155	0.1303	2945	3100	99
2.1376-2.2066	0.1487	158	0.1298	2994	3152	100
2.2066-2.2855	0.1415	156	0.1231	2963	3119	99
2.2855-2.377	0.1501	156	0.1284	2957	3113	100
2.377-2.4851	0.1733	157	0.1309	2985	3142	100
2.4851-2.6161	0.1636	158	0.1373	3012	3170	100
2.6161-2.78	0.1585	156	0.1404	2957	3113	99
2.78-2.9946	0.1489	158	0.145	3010	3168	100
2.9946-3.2959	0.1756	159	0.1423	3018	3177	99
3.2959-3.7727	0.1771	159	0.1439	3031	3190	99
3.7727-4.7525	0.1287	160	0.1294	3043	3203	99
4.7525-46.7229	0.1785	170	0.1602	3193	3363	99

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