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- PDB-4oog: Crystal structure of yeast RNase III (Rnt1p) complexed with the p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oog
タイトルCrystal structure of yeast RNase III (Rnt1p) complexed with the product of dsRNA processing
要素
  • (Ribonuclease 3) x 2
  • 34-mer RNA
キーワードHYDROLASE/RNA / RNase:RNA complex / ribonuclease III domain / double-stranded RNA-binding domain / endoribonuclease / dsRNA-specific RNase / double-stranded RNA / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


box C/D sno(s)RNA processing / box H/ACA sno(s)RNA processing / regulation of fungal-type cell wall organization / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / U1 snRNA 3'-end processing / U5 snRNA 3'-end processing / U4 snRNA 3'-end processing / ribonuclease III / ribonuclease III activity / termination of RNA polymerase II transcription ...box C/D sno(s)RNA processing / box H/ACA sno(s)RNA processing / regulation of fungal-type cell wall organization / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / U1 snRNA 3'-end processing / U5 snRNA 3'-end processing / U4 snRNA 3'-end processing / ribonuclease III / ribonuclease III activity / termination of RNA polymerase II transcription / rRNA transcription / rRNA processing / double-stranded RNA binding / chromatin organization / nucleolus / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease III, N-terminal domain / Rnt1/Pac1, double-stranded RNA binding domain, fungi / Ribonuclease III N-terminal domain / Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain ...Ribonuclease III, N-terminal domain / Rnt1/Pac1, double-stranded RNA binding domain, fungi / Ribonuclease III N-terminal domain / Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Ribonuclease 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Liang, Y.-H. / Ji, X.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014
タイトル: Structure of a Eukaryotic RNase III Postcleavage Complex Reveals a Double-Ruler Mechanism for Substrate Selection.
著者: Liang, Y.H. / Lavoie, M. / Comeau, M.A. / Abou Elela, S. / Ji, X.
履歴
登録2014年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月28日Group: Database references
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease 3
B: Ribonuclease 3
C: Ribonuclease 3
D: 34-mer RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5498
ポリマ－66,4524
非ポリマー974
水1,76598
1
A: Ribonuclease 3
B: Ribonuclease 3
C: Ribonuclease 3
D: 34-mer RNA
ヘテロ分子

A: Ribonuclease 3
B: Ribonuclease 3
C: Ribonuclease 3
D: 34-mer RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,09916
ポリマ－132,9048
非ポリマー1948
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area31080 Å2
ΔGint-325 kcal/mol
Surface area51400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.972, 183.804, 61.289
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease 3 / Ribonuclease III / RNase III


分子量: 12804.515 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 42-151) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RNT1, YM9408.01C, YM9959.21, YMR239C / プラスミド: pQE31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q02555
#2: タンパク質 Ribonuclease 3 / Ribonuclease III / RNase III


分子量: 29934.600 Da / 分子数: 1
断片: endonuclease domain and double-stranded RNA binding domain (UNP residues 197-457)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RNT1, YM9408.01C, YM9959.21, YMR239C / プラスミド: pQE31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q02555, ribonuclease III
#3: RNA鎖 34-mer RNA


分子量: 10908.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Derived from U5 snRNA 3' end cleavage product
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG1000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 31418 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 50.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 14.45
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
2.5-2.654.30.7841.82207634870487097.5
2.65-2.834.90.453.41227564673467399.7
2.83-3.0650.2016.29217214382438299.9
3.06-3.354.90.10811.16198694039403999.9
3.35-3.744.70.08214.8165433536353695.8
3.74-4.314.70.05123.41150733191319197.5
4.31-5.274.70.03731.34132682795279599.9
5.27-7.384.70.03435.27102342195219599.9
7.38-404.30.02544.1257361329132998.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3RV0, 3RV1, 1YYW, 2NUG, 1O0W, 3N3W, 3O2R, 3C4T, AND 1T4O

3rv0

3rv1

1yyw

2nug

1o0w

3n3w

3o2r

3c4t

1t4o


解像度: 2.5→39.719 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 33.23 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2394 1015 3.26 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.2168 31130 99.16 %-
all-31130 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.64 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 193.34 Å2 / Biso mean: 78.4156 Å2 / Biso min: 32.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.7225 Å2-0 Å20 Å2
2--42.6053 Å20 Å2
3----21.8827 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.719 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3897 725 4 98 4724
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014826
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7776655
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059786
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003726
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2751974
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.5-2.63160.40781350.410241664301430197
2.6316-2.79640.35481560.3417424243984398100
2.7964-3.01230.39231130.2683433244454445100
3.0123-3.31530.2781580.2135428544434443100
3.3153-3.79470.25241370.219342664403440398
3.7947-4.77960.22651560.169643124468446899
4.7796-39.72360.16751600.1794451246724672100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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