PDB-4oo0: Crystal Structure of Maf-like protein BceJ2315_23540 from Burkhol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4oo0

タイトル

Crystal Structure of Maf-like protein BceJ2315_23540 from Burkholderia cenocepacia

要素

Maf-like protein BCAL2394

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Maf-like protein

機能・相同性

機能・相同性情報

dTTP diphosphatase activity / UTP diphosphatase activity / 8-oxo-(d)RTP hydrolase activity / nucleotide diphosphatase / nucleotide metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of Maf-like protein BceJ2315_23540 from Burkholderia cenocepacia
著者: Dranow, D.M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

履歴

登録	2014年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4oo0.cif.gz	171.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4oo0.ent.gz	137.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4oo0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/4oo0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/4oo0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ex2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6wt8-d 2ex0-2 6cww-d 3r8b-6 3s44-d 7ksj-d 4v39-d 4v2u-d 5xu6-4 2iiq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BuceA.00353.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Maf-like protein BCAL2394

B: Maf-like protein BCAL2394

ヘテロ分子

51.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.200, 84.200, 260.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-431- HOH

#1: タンパク質	Maf-like protein BCAL2394 分子量: 25054.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610 遺伝子: BCAL2394 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4E5S2
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.68 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: JCSG+(a6): 20% PEG-1000, 100mM Sodium phosphate dibasic/ citric acid, pH=4.2, 200mM Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月31日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 30813 / Num. obs: 30677 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9 % / B_iso Wilson estimate: 40.829 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Χ²: 0.959 / Net I/σ(I): 25.61

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.15-2.21		0.545	4.2	20722	2207	99.6
2.21-2.27		0.438	5.22	20121	2140	99.8
2.27-2.33		0.369	6.24	19730	2108	99.8
2.33-2.4		0.283	7.88	19072	2046	99.8
2.4-2.48		0.225	9.92	18596	1992	99.8
2.48-2.57		0.189	11.6	17777	1910	99.8
2.57-2.67		0.162	13.41	17155	1855	99.8
2.67-2.78		0.137	16.1	16506	1795	99.9
2.78-2.9		0.1	21.08	15873	1747	99.5
2.9-3.04		0.076	26.51	14984	1658	99.8
3.04-3.21		0.061	31.82	14069	1565	99.6
3.21-3.4		0.049	38.5	13281	1510	99.7
3.4-3.63		0.04	46.02	12317	1423	99.6
3.63-3.93		0.035	51.29	11423	1326	99.8
3.93-4.3		0.031	56.3	10495	1241	99.4
4.3-4.81		0.028	61.39	9590	1128	99.6
4.81-5.55		0.029	57.77	8449	1015	99.5
5.55-6.8		0.03	56.47	7142	876	99.4
6.8-9.62		0.026	64.96	5491	707	98.7
	9.62	0.025	58.03	2712	428	91.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.5	位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EX2

1ex2

解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / WR_factor R_free: 0.2106 / WR_factor R_work: 0.1675 / FOM work R set: 0.8527 / SU B: 8.116 / SU ML: 0.112 / SU R Cruickshank DPI: 0.1789 / SU R_free: 0.1644 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2212	1534	5 %	RANDOM
R_work	0.1769	-	-	-
all	0.1791	32122	-	-
obs	0.1791	30588	99.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.84 Å² / B_iso mean: 41.105 Å² / B_iso min: 11.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.22 Å²	0.11 Å²	-0 Å²
2-	-	0.22 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3040	0	52	223	3315

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	3164
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3077
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.739	2.003	4313
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.78	3	7034
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.262	5	416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.771	22.097	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.437	15	479
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.119	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	505
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3590
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	681
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.21	2.336	1661
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.207	2.335	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.989	3.493	2078

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	111	-
R_work	0.223	2094	-
all	-	2205	-
obs	-	-	99.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7274	-0.6491	-0.3743	2.5741	-0.5454	2.979	0.1915	-0.2199	-0.3946	-0.0839	0.1754	0.2971	0.0974	-0.4233	-0.3669	0.1056	-0.0836	-0.1511	0.2821	0.0941	0.274	17.1273	27.1666	3.8071
2	1.8471	-1.1084	0.8432	1.6222	-0.529	1.0569	0.026	-0.4214	-0.1866	0.2019	0.062	0.1121	-0.1253	-0.1829	-0.088	0.0922	-0.0299	-0.0286	0.2634	0.0512	0.0782	16.2188	42.777	8.5049
3	4.0543	0.7651	0.0794	1.5416	-0.63	2.867	0.0796	0.25	0.0376	-0.1424	-0.0402	-0.1003	-0.1274	0.0608	-0.0394	0.1254	0.051	0.0396	0.1104	0.0283	0.0755	10.9906	51.0558	-21.9929
4	1.3113	-0.4011	0.5596	0.8377	-0.4127	1.1995	0.0399	0.1154	0.0864	0.0242	-0.0485	-0.211	-0.1865	0.2639	0.0086	0.0651	-0.0059	0.013	0.186	0.0293	0.0898	23.2733	50.2757	-15.7981

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	53 - 215
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	12 - 57
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	58 - 215

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