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- PDB-4ond: Ancestral Steroid Receptor 2 DBD helix mutant - ERE DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ond
タイトルAncestral Steroid Receptor 2 DBD helix mutant - ERE DNA complex
要素
  • 5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*G)-3'
  • 5'-D(*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*G)-3'
  • Ancestral SR2 Helix Mutant
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / nuclear receptor DNA binding domain / zinc finger / transcription factor / coregulators / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.253 Å
データ登録者Ortlund, E.O. / Murphy, M.N.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2014
タイトル: Evolution of DNA specificity in a transcription factor family produced a new gene regulatory module.
著者: McKeown, A.N. / Bridgham, J.T. / Anderson, D.W. / Murphy, M.N. / Ortlund, E.A. / Thornton, J.W.
履歴
登録2014年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ancestral SR2 Helix Mutant
B: Ancestral SR2 Helix Mutant
E: Ancestral SR2 Helix Mutant
F: Ancestral SR2 Helix Mutant
I: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*G)-3'
J: 5'-D(*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*G)-3'
K: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*G)-3'
L: 5'-D(*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,74516
ポリマ－58,2218
非ポリマー5238
水2,378132
1
A: Ancestral SR2 Helix Mutant
B: Ancestral SR2 Helix Mutant
I: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*G)-3'
J: 5'-D(*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3728
ポリマ－29,1114
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area12560 Å2
手法PISA
2
E: Ancestral SR2 Helix Mutant
F: Ancestral SR2 Helix Mutant
K: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*G)-3'
L: 5'-D(*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3728
ポリマ－29,1114
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area12570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.272, 79.829, 116.782
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.750, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ancestral SR2 Helix Mutant


分子量: 9050.774 Da / 分子数: 4 / 断片: DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: phylogenetically reconstructed / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*G)-3'


分子量: 5541.592 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: estrogen response element
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*G)-3'


分子量: 5467.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: estrogen response element
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.95 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG3350, 50 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月6日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 42779 / Num. obs: 41533 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 45.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.24 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.25-2.333.50.78641571.4541100
2.33-2.423.60.45141511.1981100
2.42-2.533.70.3641421.2641100
2.53-2.673.80.27841581.1141100
2.67-2.833.80.19741471.1371100
2.83-3.053.80.12741241.0071100
3.05-3.363.80.0841430.927199.6
3.36-3.853.80.06841581.044199.9
3.85-4.853.80.06642111.368199.9
4.85-503.60.10341421.976197.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_1593精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.253→37.563 Å / FOM work R set: 0.8247 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2156 1990 4.81 %
Rwork0.1863 --
obs0.1877 41370 98.87 %
all-42779 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 132.02 Å2 / Biso mean: 55.43 Å2 / Biso min: 26.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.253→37.563 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2167 1456 8 132 3763
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043830
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6685437
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029600
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003454
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.4981549
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.253-2.30890.3561320.29742636276892
2.3089-2.37130.26651430.249428132956100
2.3713-2.44110.29231440.238828372981100
2.4411-2.51990.26521440.231528322976100
2.5199-2.60990.27791410.239527882929100
2.6099-2.71440.29631430.233428472990100
2.7144-2.83790.27671450.231928432988100
2.8379-2.98740.29661430.225828202963100
2.9874-3.17450.24891410.218228132954100
3.1745-3.41940.22271380.18772790292898
3.4194-3.76330.21031430.17442828297199
3.7633-4.30720.19041450.151628442989100
4.3072-5.42390.17181450.1528673012100
5.4239-37.56850.16061430.16322822296597
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.802 Å / Origin y: 11.877 Å / Origin z: -29.3716 Å
111213212223313233
T0.3283 Å2-0.0618 Å20.0093 Å2-0.3381 Å20.0076 Å2--0.3029 Å2
L1.0412 °2-0.2238 °20.5469 °2-0.4166 °2-0.2817 °2--1.6048 °2
S0.021 Å °-0.0809 Å °0.0301 Å °0.0542 Å °-0.0043 Å °-0.0654 Å °-0.033 Å °0.0343 Å °-0.0177 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA4 - 241
2X-RAY DIFFRACTION1allI101
3X-RAY DIFFRACTION1allB5 - 231
4X-RAY DIFFRACTION1allE4 - 224
5X-RAY DIFFRACTION1allF4 - 236

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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