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万見
- PDB-4omx: Crystal structure of goat beta-lactoglobulin (trigonal form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4omx
タイトルCrystal structure of goat beta-lactoglobulin (trigonal form)
要素beta-lactoglobulin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / lipocalin / transport
機能・相同性
機能・相同性情報


retinol binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactoglobulin / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMAMIDE / UREA / Beta-lactoglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Capra hircus (ヤギ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Loch, J.I. / Swiatek, S. / Czub, M. / Ludwikowska, M. / Lewinski, K.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2014
タイトル: Conformational variability of goat beta-lactoglobulin: Crystallographic and thermodynamic studies.
著者: Loch, J.I. / Bonarek, P. / Polit, A. / Swiatek, S. / Czub, M. / Ludwikowska, M. / Lewinski, K.
履歴
登録2014年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-lactoglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6758
ポリマ－18,2121
非ポリマー4627
水2,900161
1
A: beta-lactoglobulin
ヘテロ分子

A: beta-lactoglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,34916
ポリマ－36,4242
非ポリマー92514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
単位格子
Length a, b, c (Å)97.490, 97.490, 67.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 beta-lactoglobulin / Beta-LG


分子量: 18212.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Capra hircus (ヤギ) / 参照: UniProt: P02756
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-URE / UREA / 尿素


分子量: 60.055 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4N2O
#4: 化合物 ChemComp-ARF / FORMAMIDE / ホルムアミド


タイプ: L-peptide NH3 amino terminus / 分子量: 45.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH3NO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.3 M (NH4)2SO4 in 0.5 M Tris-HCl pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月5日
放射モノクロメーター: multilayer X-ray optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→14.28 Å / Num. all: 16973 / Num. obs: 16871 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2445 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrysalisProデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
CrysalisProデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BEB

1beb


解像度: 2.3→14.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 5.329 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23987 852 5.1 %RANDOM
Rwork0.19342 ---
obs0.19573 15901 99.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.081 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→14.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1274 0 28 161 1463
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.021375
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4082.0041867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7363.0033186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0255174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.17826.2556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.815266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.458154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1993.308671
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1993.308671
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.534.922834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5274.927835
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0243.793704
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0223.797705
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0645.5251028
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.80527.6961618
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.80227.7181619
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 71 -
Rwork0.276 1121 -
obs-2468 99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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