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- PDB-4omj: Crystal structure of SPF bound to 2,3-oxidosqualene -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4omj
タイトルCrystal structure of SPF bound to 2,3-oxidosqualene
要素SEC14-like protein 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / cholesterol synthesis / squalene / 2 / 3-oxidosqualene / SEC14-like / CRAL-TRIO domain / hydrophobic ligand transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin E binding / regulation of cholesterol biosynthetic process / phospholipid binding / positive regulation of DNA-templated transcription / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol Transfer Protein Sec14p / CRAL-TRIO lipid binding domain / GOLD domain superfamily / GOLD domain / GOLD domain profile. / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain superfamily / CRAL/TRIO domain ...Phosphatidylinositol Transfer Protein Sec14p / CRAL-TRIO lipid binding domain / GOLD domain superfamily / GOLD domain / GOLD domain profile. / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain superfamily / CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2TX / SEC14-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Christen, M. / Marcaida, M.J. / Lamprakis, C. / Cascella, M. / Stocker, A.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural insights on cholesterol endosynthesis: Binding of squalene and 2,3-oxidosqualene to supernatant protein factor.
著者: Christen, M. / Marcaida, M.J. / Lamprakis, C. / Aeschimann, W. / Vaithilingam, J. / Schneider, P. / Hilbert, M. / Schneider, G. / Cascella, M. / Stocker, A.
履歴
登録2014年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月24日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEC14-like protein 2
B: SEC14-like protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,82320
ポリマ－63,9782
非ポリマー1,84518
水19,1321062
1
A: SEC14-like protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,91711
ポリマ－31,9891
非ポリマー92810
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SEC14-like protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9069
ポリマ－31,9891
非ポリマー9178
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.880, 73.800, 94.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 SEC14-like protein 2 / Alpha-tocopherol-associated protein / TAP / hTAP / Squalene transfer protein / Supernatant protein ...Alpha-tocopherol-associated protein / TAP / hTAP / Squalene transfer protein / Supernatant protein factor / SPF


分子量: 31989.086 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-275 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C22orf6, KIAA1186, KIAA1658, SEC14L2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21 (DE3) / 参照: UniProt: O76054
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-2TX / (3S)-2,2-dimethyl-3-[(3E,7E,11E,15E)-3,7,12,16,20-pentamethylhenicosa-3,7,11,15,19-pentaen-1-yl]oxirane / 2,3-Oxidosqualene / (3S)-2,3-オキシドスクアレン


分子量: 426.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H50O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1062 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.4 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, 1% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月30日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→29.89 Å / Num. all: 129354 / Num. obs: 128890 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.288 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 18675 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1O6U

1o6u


解像度: 1.6→29.89 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1787 6480 5.03 %random
Rwork0.1544 ---
obs0.1556 128780 99.58 %-
all-129354 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4424 0 106 1062 5592
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014786
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3366496
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3951926
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076686
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008831
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.61820.27052070.21573950X-RAY DIFFRACTION99
1.6182-1.63720.24872110.21344124X-RAY DIFFRACTION99
1.6372-1.65720.23562190.20744000X-RAY DIFFRACTION99
1.6572-1.67820.21032020.19554068X-RAY DIFFRACTION100
1.6782-1.70020.20582060.1864070X-RAY DIFFRACTION100
1.7002-1.72350.23312080.1844095X-RAY DIFFRACTION100
1.7235-1.74820.19872140.17614074X-RAY DIFFRACTION100
1.7482-1.77420.19092010.17634082X-RAY DIFFRACTION100
1.7742-1.8020.19172050.17714068X-RAY DIFFRACTION100
1.802-1.83150.22022130.18844045X-RAY DIFFRACTION100
1.8315-1.86310.22662370.19464071X-RAY DIFFRACTION100
1.8631-1.8970.24172250.20234090X-RAY DIFFRACTION99
1.897-1.93340.19752450.17474040X-RAY DIFFRACTION100
1.9334-1.97290.21661990.16684075X-RAY DIFFRACTION100
1.9729-2.01580.20712200.16614065X-RAY DIFFRACTION100
2.0158-2.06270.19662090.15794100X-RAY DIFFRACTION100
2.0627-2.11420.19282190.15664049X-RAY DIFFRACTION100
2.1142-2.17140.17632090.15194057X-RAY DIFFRACTION99
2.1714-2.23530.19052030.15024034X-RAY DIFFRACTION98
2.2353-2.30740.17732410.15164039X-RAY DIFFRACTION99
2.3074-2.38980.16412270.14434060X-RAY DIFFRACTION100
2.3898-2.48540.17682340.14224075X-RAY DIFFRACTION100
2.4854-2.59850.17292310.14094059X-RAY DIFFRACTION100
2.5985-2.73540.17992080.14244127X-RAY DIFFRACTION100
2.7354-2.90670.16612230.14614069X-RAY DIFFRACTION100
2.9067-3.13090.16961960.15074142X-RAY DIFFRACTION100
3.1309-3.44550.16282300.14294084X-RAY DIFFRACTION99
3.4455-3.94310.15542210.13174111X-RAY DIFFRACTION100
3.9431-4.96420.13052030.12364147X-RAY DIFFRACTION100
4.9642-29.890.17932140.17634230X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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