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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4olc | ||||||
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タイトル | Carbamate kinase from Giardia lamblia thiocarbamoylated by disulfiram on Cys242 | ||||||
![]() | Carbamate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ADP / Mg2+ / carbamate / carbamoyl phosphate | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lim, K. / Herzberg, O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Inactivation of Giardia lamblia Carbamate Kinase by Disulfiram. 著者: Galkin, A. / Kulakova, L. / Lim, K. / Chen, C.Z. / Zheng, W. / Turko, I.V. / Herzberg, O. #1: ![]() タイトル: X-ray structure and characterization of carbamate kinase from the human parasite Giardia lamblia. 著者: Galkin, A. / Kulakova, L. / Wu, R. / Nash, T.E. / Dunaway-Mariano, D. / Herzberg, O. #2: ![]() タイトル: Crystal structures of carbamate kinase from Giardia lamblia bound with citric acid and AMP-PNP. 著者: Lim, K. / Kulakova, L. / Galkin, A. / Herzberg, O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 240.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 194.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4jz7S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33975.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 遺伝子: GL50803_16453 / プラスミド: pDEST-HisMBP / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CIT / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.51 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.4 M ammonium citrate dibasic, 21% PEG3350, crystal soaked in 2 mM disulfiram overnight, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月8日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→49 Å / Num. all: 40662 / Num. obs: 40662 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.71 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 4635 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4JZ7 解像度: 2.6→49 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 43 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.71 Å
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