[日本語] English
万見
- PDB-4okh: Crystal structure of calpain-3 penta-EF-hand domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4okh
タイトルCrystal structure of calpain-3 penta-EF-hand domain
要素Calpain-3
キーワードHYDROLASE / calcium-binding / EF-hand
機能・相同性
機能・相同性情報


calpain-3 / positive regulation of satellite cell activation involved in skeletal muscle regeneration / ligase regulator activity / calcium-dependent self proteolysis / regulation of myoblast differentiation / G1 to G0 transition involved in cell differentiation / cellular response to salt stress / myofibril assembly / muscle structure development / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity ...calpain-3 / positive regulation of satellite cell activation involved in skeletal muscle regeneration / ligase regulator activity / calcium-dependent self proteolysis / regulation of myoblast differentiation / G1 to G0 transition involved in cell differentiation / cellular response to salt stress / myofibril assembly / muscle structure development / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / sodium ion binding / self proteolysis / regulation of catalytic activity / negative regulation of protein sumoylation / protein localization to membrane / response to muscle activity / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / muscle organ development / structural constituent of muscle / muscle cell cellular homeostasis / myofibril / sarcomere organization / positive regulation of proteolysis / catalytic activity / cysteine-type peptidase activity / titin binding / T-tubule / cellular response to calcium ion / Degradation of the extracellular matrix / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / protein destabilization / protein catabolic process / Z disc / response to calcium ion / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / peptidase activity / protein-containing complex assembly / molecular adaptor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / calcium ion binding / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Calpain-3 / Unstructured region on Calpain-3 / Calpain subdomain III / Peptidase C2, calpain, domain III / calpain_III / Peptidase C2, calpain, large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain family / Calpain large subunit, domain III superfamily / Calpain large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain, catalytic domain ...Calpain-3 / Unstructured region on Calpain-3 / Calpain subdomain III / Peptidase C2, calpain, domain III / calpain_III / Peptidase C2, calpain, large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain family / Calpain large subunit, domain III superfamily / Calpain large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain, catalytic domain / Calpain family cysteine protease / Cysteine proteinase, calpain-type, catalytic domain profile. / Calpain-like thiol protease family. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / molecular replacement-SAD / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Karunan Partha, S. / Ravulapalli, R. / Campbell, R.L. / Allingham, J.S. / Davies, P.L.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of calpain-3 penta-EF-hand (PEF) domain - a homodimerized PEF family member with calcium bound at the fifth EF-hand.
著者: Partha, S.K. / Ravulapalli, R. / Allingham, J.S. / Campbell, R.L. / Davies, P.L.
履歴
登録2014年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22019年5月1日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Calpain-3
B: Calpain-3
C: Calpain-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,52916
ポリマ－66,6453
非ポリマー2,88413
水82946
1
A: Calpain-3
B: Calpain-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,19412
ポリマ－44,4302
非ポリマー2,76410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area17940 Å2
手法PISA
2
C: Calpain-3
ヘテロ分子

C: Calpain-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6718
ポリマ－44,4302
非ポリマー2406
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area14680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.000, 107.000, 96.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Calpain-3 / Calcium-activated neutral proteinase 3 / CANP 3 / Calpain L3 / Calpain p94 / Muscle-specific ...Calcium-activated neutral proteinase 3 / CANP 3 / Calpain L3 / Calpain p94 / Muscle-specific calcium-activated neutral protease 3 / New calpain 1 / nCL-1


分子量: 22215.141 Da / 分子数: 3 / 断片: penta EF-hand domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAN3, CANP3, CANPL3, CAPN3, NCL1 / プラスミド: pET28-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20807, calpain-3
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PEU / 2,5,8,11,14,17,20,23,26,29,32,35,38,41,44,47,50,53,56,59,62,65,68,71,74,77,80-HEPTACOSAOXADOOCTACONTAN-82-OL / PEG 8000


分子量: 1221.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H112O28 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 10% PEG 8000, 8% 1,2-ethanediol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→47.852 Å / Num. all: 21278 / Num. obs: 21268 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 59.027 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 18.01
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.45-2.511.6682.192276315381100
2.51-2.581.4042.772217815031100
2.58-2.661.2953.32140914531100
2.66-2.740.9774.442069414171100
2.74-2.830.8115.332041613851100
2.83-2.930.6037.261973113371100
2.93-3.040.4649.161906412941100
3.04-3.160.35611.111830712481100
3.16-3.30.26814.22175081187199.9
3.3-3.460.18318.961669811601100
3.46-3.650.12924.521581910871100
3.65-3.870.09929.231493810491100
3.87-4.140.0834.51139319841100
4.14-4.470.06537.95129769211100
4.47-4.90.05841.22119648531100
4.9-5.480.06239.8710820773199.9
5.48-6.330.05237.759667700199.9
6.33-7.750.01742.5979105961100
7.75-10.960.04450.2659564881100
10.96-47.850.04748.193101295197.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: molecular replacement-SAD
開始モデル: pdb entry 1ALV

1alv


解像度: 2.45→47.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / WRfactor Rfree: 0.2584 / WRfactor Rwork: 0.1875 / FOM work R set: 0.8046 / SU B: 22.291 / SU ML: 0.227 / SU R Cruickshank DPI: 0.5177 / SU Rfree: 0.3024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.518 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2687 1098 5.2 %RANDOM
Rwork0.1981 ---
obs0.2019 21219 99.97 %-
all-21268 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 144.85 Å2 / Biso mean: 59.138 Å2 / Biso min: 29.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å2-0 Å20 Å2
2---0.22 Å2-0 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→47.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4005 0 46 46 4097
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0194122
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023865
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5181.9215526
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85338864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6365482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.52324.866224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.01715744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.821517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2584
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024661
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021040
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5653.9741946
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5663.9731945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0355.9352422
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 74 -
Rwork0.256 1457 -
all-1531 -
obs-1531 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.12770.5871-0.5191.3843-0.0991.083-0.03070.0640.07460.1276-0.058-0.1039-0.13920.10920.08860.1410.0085-0.01670.12170.03170.030834.40412.52910.054
20.5952-0.8534-0.18223.59050.6170.50320.12020.0806-0.086-0.3-0.0846-0.02840.15930.0697-0.03560.16940.044-0.02170.0851-0.0330.029923.507-8.822-1.238
31.94650.04570.54510.73020.21397.0472-0.1707-0.30690.07210.3073-0.0048-0.26070.42910.54760.17550.24930.0528-0.11880.16790.00630.1073-9.754-18.394-8.011
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A651 - 826
2X-RAY DIFFRACTION2B647 - 822
3X-RAY DIFFRACTION3C665 - 819

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る