PDB-3ot7: Escherichia coli apo-manganese superoxide dismutase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ot7

タイトル

Escherichia coli apo-manganese superoxide dismutase

要素

Superoxide dismutase [Mn]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / superoxide dismutase / manganese enzyme / metalloprotein / DNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to selenium ion / response to acidic pH / superoxide metabolic process / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / antioxidant activity / removal of superoxide radicals / manganese ion binding / response to heat / response to oxidative stress ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.901 Å

データ登録者

Whittaker, M.M. / Lerch, T.F. / Kirillova, O. / Chapman, M.S. / Whittaker, J.W.

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2011
タイトル: Subunit dissociation and metal binding by Escherichia coli apo-manganese superoxide dismutase.
著者: Whittaker, M.M. / Lerch, T.F. / Kirillova, O. / Chapman, M.S. / Whittaker, J.W.

履歴

登録	2010年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ot7.cif.gz	348.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ot7.ent.gz	287.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ot7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ot7_validation.pdf.gz	445.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ot7_full_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示
XML形式データ	3ot7_validation.xml.gz	38.1 KB	表示
CIF形式データ	3ot7_validation.cif.gz	54.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/3ot7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/3ot7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vewS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1mmm-d 3k9s-2 1d5n-2 1i08-1 1en4-2 1en4-1 1vew-2 1vew-1 6ex4-d 1d5n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Superoxide dismutase [Mn]

B: Superoxide dismutase [Mn]

C: Superoxide dismutase [Mn]

D: Superoxide dismutase [Mn]

92 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Superoxide dismutase [Mn]

B: Superoxide dismutase [Mn]

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Superoxide dismutase [Mn]

D: Superoxide dismutase [Mn]

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.875, 106.548, 178.033
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-441- HOH
2	1	A-634- HOH
3	1	C-265- HOH

詳細

The biological unit is a dimer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B and chains C & D)

#1: タンパク質	Superoxide dismutase [Mn] / MnSOD 分子量: 22996.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: sodA, b3908, JW3879 / プラスミド: pBAS2sodA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BW25113 delta sodA / 参照: UniProt: P00448, superoxide dismutase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 640 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% PEG 6000, 0.1M Bicine, 1mM EDTA, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→44 Å / Num. obs: 70968 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Χ²: 1.482 / Net I/σ(I): 12

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.9-1.93	5.4	0.546	3508	2.206	99.4
1.93-1.97	5.9	0.425	3487	0.82	99.5
1.97-2.01	6.4	0.399	3474	0.737	99.8
2.01-2.05	6.9	0.386	3550	0.767	100
2.05-2.09	7.2	0.383	3501	1.885	100
2.09-2.14	7.4	0.273	3516	0.839	100
2.14-2.19	7.5	0.23	3518	0.861	100
2.19-2.25	7.5	0.267	3525	2.33	100
2.25-2.32	7.5	0.195	3526	1.169	100
2.32-2.39	7.5	0.153	3522	0.979	100
2.39-2.48	7.5	0.144	3530	0.973	100
2.48-2.58	7.5	0.12	3526	1.044	100
2.58-2.7	7.5	0.109	3554	1.28	100
2.7-2.84	7.5	0.083	3550	1.205	100
2.84-3.02	7.5	0.072	3540	1.395	100
3.02-3.25	7.5	0.059	3598	1.608	100
3.25-3.58	7.5	0.052	3569	1.939	100
3.58-4.09	7.5	0.049	3583	2.721	100
4.09-5.15	7.4	0.043	3619	2.402	100
5.15-44	7.2	0.04	3772	2.309	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.6_289	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1VEW

1vew

解像度: 1.901→39.643 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2357	3569	5.05 %
R_work	0.1917	-	-
obs	0.194	70694	99.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.554 Å² / k_sol: 0.33 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 159.48 Å² / B_iso mean: 47.4839 Å² / B_iso min: 16.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	11.1368 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.3796 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-12.5163 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.901→39.643 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6512	0	0	640	7152

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6741
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.033	9152
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	956
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1191
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.19	2386

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9009-1.9269	0.3165	134	0.2896	2571	2705	96
1.9269-1.9545	0.2868	136	0.246	2608	2744	99
1.9545-1.9836	0.3094	152	0.2425	2699	2851	99
1.9836-2.0146	0.3046	131	0.2436	2649	2780	100
2.0146-2.0477	0.321	129	0.25	2687	2816	100
2.0477-2.083	0.2855	136	0.2518	2672	2808	100
2.083-2.1208	0.2893	125	0.2461	2671	2796	100
2.1208-2.1616	0.3301	140	0.2458	2714	2854	100
2.1616-2.2058	0.303	150	0.2392	2629	2779	100
2.2058-2.2537	0.3325	149	0.2441	2659	2808	99
2.2537-2.3061	0.321	154	0.238	2678	2832	100
2.3061-2.3638	0.2975	135	0.2286	2690	2825	100
2.3638-2.4277	0.2911	141	0.2333	2650	2791	100
2.4277-2.4991	0.2944	121	0.2276	2701	2822	100
2.4991-2.5798	0.2448	134	0.23	2682	2816	100
2.5798-2.672	0.3297	153	0.2373	2663	2816	99
2.672-2.7789	0.2791	142	0.2212	2700	2842	99
2.7789-2.9054	0.2469	165	0.2216	2647	2812	99
2.9054-3.0585	0.2749	147	0.2049	2688	2835	99
3.0585-3.25	0.2348	160	0.1958	2704	2864	100
3.25-3.5008	0.235	154	0.1848	2671	2825	100
3.5008-3.8528	0.2016	134	0.1519	2716	2850	99
3.8528-4.4097	0.1624	142	0.1314	2748	2890	100
4.4097-5.5534	0.1788	149	0.1289	2765	2914	100
5.5534-39.652	0.1467	156	0.1437	2863	3019	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1927	-0.9899	-0.4876	3.3701	2.6682	4.1539	-0.1852	-0.1531	0.1743	-0.2022	0.4559	-0.3599	0.6599	0.5629	-0.1896	0.2306	0.1808	0.0459	0.1922	-0.057	0.1918	41.3668	14.5512	10.9744
2	1.2718	-0.3694	-0.5946	2.169	1.9243	3.1979	0.0477	-0.0912	0.0451	-0.3119	-0.4725	0.1736	-0.259	-0.8239	0.3807	0.0877	0.1204	-0.0546	0.3081	-0.1218	0.1679	17.3956	28.3294	20.6641
3	0.6556	-0.0097	-0.4236	1.0316	1.3035	3.4508	-0.1029	-0.1835	-0.0409	0.0348	0.2534	-0.0264	0.2219	0.6285	-0.1556	0.1337	0.0301	-0.0068	0.3056	-0.0067	0.1907	80.2466	9.8844	33.0826
4	1.4965	-0.3256	-1.3618	0.686	1.0282	3.316	0.3925	0.0064	0.1442	-0.6949	-0.0413	0.0322	-1.6805	-0.1106	-0.3235	0.9162	0.0037	0.0656	0.1573	0.0303	0.2218	70.2329	36.08	24.0414

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	Chain A	A	1 - 205
2	X-RAY DIFFRACTION	2	Chain B	B	1 - 205
3	X-RAY DIFFRACTION	3	Chain C	C	1 - 205
4	X-RAY DIFFRACTION	4	Chain D	D	1 - 205

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)