PDB-4ojh: The crystal structure of truncated, Y86E mutant of S. solfataricu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ojh

タイトル

The crystal structure of truncated, Y86E mutant of S. solfataricus acylphosphatase

要素

Acylphosphatase

キーワード

HYDROLASE / native-like aggregation / amyloid aggregation / acylphosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

acylphosphatase / acylphosphatase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

de Rosa, M. / Bolognesi, M. / Ricagno, S.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Edge strand engineering prevents native-like aggregation in Sulfolobus solfataricus acylphosphatase.
著者: de Rosa, M. / Bemporad, F. / Pellegrino, S. / Chiti, F. / Bolognesi, M. / Ricagno, S.

履歴

登録	2014年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月18日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ojh.cif.gz	87.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ojh.ent.gz	66.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ojh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ojh_validation.pdf.gz	435.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ojh_full_validation.pdf.gz	435.7 KB	表示
XML形式データ	4ojh_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	4ojh_validation.cif.gz	13.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/4ojh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/4ojh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oj3SC 4ojgC 4oix 4oj1 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2bjd-1 2bje-4 2bjd-2 2awx-2 3br8-d 5d77-d 6tgj-1 5ioi-2 2aww-2 4ow1-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acylphosphatase

B: Acylphosphatase

ヘテロ分子

23.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acylphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Acylphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.680, 45.190, 44.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.20, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Acylphosphatase / Acylphosphate phosphohydrolase 分子量: 11618.239 Da / 分子数: 2 / 変異: Y86E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: acyP, SSO0887 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97ZL0, acylphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 0.2M ammonium sulfate, 30% PEG 8000, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月16日
放射	モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→31.54 Å / Num. obs: 21048 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 12.864 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 6340 / % possible all: 80.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MXcube2		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4OJ3

4oj3

解像度: 1.6→31.54 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2376	1999	9.5 %	lattice symmetry 10%
R_work	0.1911	-	-	-
obs	0.1956	21033	96.54 %	-
all	-	21786	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→31.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1423	0	35	123	1581

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	1479
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.399	1991
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.03	545
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.098	204
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	254

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.2823	111	0.2105	1035	X-RAY DIFFRACTION	74
1.64-1.6844	0.2569	118	0.1986	1194	X-RAY DIFFRACTION	85
1.6844-1.7339	0.2485	136	0.1982	1327	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7339-1.7899	0.2246	149	0.1919	1366	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7899-1.8538	0.236	144	0.1873	1397	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8538-1.9281	0.2182	152	0.175	1400	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9281-2.0158	0.2741	153	0.1819	1398	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0158-2.122	0.2083	144	0.1862	1403	X-RAY DIFFRACTION	100
2.122-2.255	0.2482	151	0.1807	1405	X-RAY DIFFRACTION	100
2.255-2.429	0.2538	150	0.1786	1394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.429-2.6733	0.2369	145	0.2025	1411	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6733-3.0599	0.2591	146	0.1969	1421	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0599-3.8541	0.2415	153	0.1955	1423	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8541-31.5499	0.2051	147	0.1938	1460	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6003	-3.0196	4.3879	6.7141	-5.0408	6.9818	0.2057	0.3125	-0.0206	-0.6517	-0.0121	-0.1525	0.2512	0.0433	-0.1649	0.1396	0.0111	0.0413	0.1526	0.0002	0.0856	22.0202	-6.5268	7.2762
2	1.2229	-0.3945	0.5473	5.9793	-0.8667	1.2094	0.0149	0.0036	0.0131	-0.2352	-0.0027	-0.001	0.006	-0.0066	-0.0101	0.0431	-0.0026	0.0218	0.069	-0.0057	0.0796	18.2236	-5.2342	16.9216
3	4.907	-0.7382	1.3796	4.3393	-1.5448	5.3879	0.0014	0.3216	0.3604	-0.303	-0.0963	-0.1702	-0.2427	0.3037	0.0899	0.1189	0.007	0.0392	0.0994	0.0108	0.0931	22.4176	0.1377	9.1926
4	1.8044	-0.3735	2.3677	0.4066	-0.7786	3.3656	0.2195	0.3818	-0.0147	-0.3538	-0.2045	-0.1223	0.061	0.0932	0.0448	0.1718	0.0384	0.0132	0.169	0.015	0.0867	27.9302	-7.1509	12.7861
5	2.6824	-0.9908	1.635	2.8639	-2.9086	3.6822	0.041	0.0695	-0.2528	-0.4699	0.0574	0.3264	0.2957	-0.7021	-0.0737	0.1777	0.0072	-0.0424	0.1859	-0.0366	0.2063	10.2977	-3.8978	8.1434
6	4.2683	3	-3.9502	5.964	-3.7827	4.8887	0.0807	-0.2125	-0.0379	0.4938	0.0625	-0.0481	-0.1034	-0.1998	-0.1053	0.1248	-0.0047	-0.0116	0.1521	0.024	0.0721	1.0386	-1.3708	36.4787
7	1.3139	0.9666	-0.5628	5.8868	-1.1639	1.0796	-0.0113	-0.0442	-0.0845	0.1295	0.0569	0.085	0.0336	-0.0974	-0.0456	0.0384	-0.0016	-0.0042	0.0902	0.0023	0.0944	-2.5894	-3.2427	27.1396
8	4.6593	1.2963	-1.4408	6.1916	-1.4914	5.9197	-0.0247	-0.2676	-0.4981	0.2578	0.0378	-0.0969	0.4426	0.2186	-0.0005	0.1068	-0.0088	-0.0382	0.1104	0.0147	0.124	1.5437	-8.5536	34.8909
9	3.0277	0.2839	-2.9241	2.2892	0.5101	6.1048	0.0633	-0.3265	0.017	0.2154	-0.1354	-0.1473	0.0965	0.2333	0.057	0.0761	0.0004	-0.0089	0.1064	0.0199	0.0997	6.9154	-1.1419	31.3093
10	3.5043	0.4755	-0.8617	2.9763	-0.603	3.0251	-0.0274	-0.4672	-0.1406	0.5129	0.0995	0.542	-0.0203	-0.8427	-0.0409	0.1652	0.0007	0.074	0.2962	0.0252	0.2496	-10.8468	-4.7914	36.0354

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 53 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 54 through 74 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 75 through 89 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 90 through 101 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 12 through 23 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 24 through 53 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 54 through 74 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 75 through 89 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 90 through 101 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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