PDB-4ojg: The crystal structure of V84D mutant of S. solfataricus acylphosp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ojg

タイトル

The crystal structure of V84D mutant of S. solfataricus acylphosphatase

要素

Acylphosphatase

キーワード

HYDROLASE / native-like aggregation / amyloid aggregation / acylphosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

acylphosphatase / acylphosphatase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.377 Å

データ登録者

de Rosa, M. / Bolognesi, M. / Ricagno, S.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Edge strand engineering prevents native-like aggregation in Sulfolobus solfataricus acylphosphatase.
著者: de Rosa, M. / Bemporad, F. / Pellegrino, S. / Chiti, F. / Bolognesi, M. / Ricagno, S.

履歴

登録	2014年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月18日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ojg.cif.gz	91.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ojg.ent.gz	69.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ojg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/4ojg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/4ojg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oj3SC 4ojhC 4oix 4oj1 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fea-1 6q9q-1 4rxz-1 5vk1-3 3dac-1 3jzq-1 2vh7-d 5umm-2 3g03-2 6hfa-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acylphosphatase

B: Acylphosphatase

ヘテロ分子

23.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acylphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Acylphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.411, 45.582, 103.739
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Acylphosphatase / Acylphosphate phosphohydrolase 分子量: 11668.256 Da / 分子数: 2 / 変異: V84D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: acyP, SSO0887 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97ZL0, acylphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M imidazole malate, 25% PEG 4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月14日
放射	モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→51.87 Å / Num. all: 35664 / Num. obs: 35201 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 17.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 1.38→1.45 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 4678 / % possible all: 91.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
mxcube2		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4OJ3

4oj3

解像度: 1.377→41.731 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1976	2000	5.69 %	lattice symmetry 10%
R_work	0.1654	-	-	-
obs	0.1673	35134	98.71 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.377→41.731 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1459	0	16	220	1695

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	1506
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.662	2022
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.436	569
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.104	205
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	262

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3773-1.4117	0.2874	123	0.2679	2038	X-RAY DIFFRACTION	86
1.4117-1.4499	0.2389	136	0.2409	2251	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4499-1.4925	0.2379	142	0.2141	2345	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4925-1.5407	0.2378	144	0.1927	2386	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5407-1.5958	0.2021	141	0.1843	2349	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5958-1.6597	0.2423	143	0.1772	2365	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6597-1.7352	0.2114	144	0.1691	2378	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7352-1.8267	0.2266	144	0.1704	2400	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8267-1.9412	0.1942	142	0.1624	2360	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9412-2.091	0.1952	147	0.1483	2413	X-RAY DIFFRACTION	100
2.091-2.3015	0.1787	144	0.1457	2393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3015-2.6344	0.2	147	0.1612	2431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6344-3.3189	0.1981	148	0.1655	2450	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3189-41.7504	0.1788	155	0.1593	2575	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9499	-0.8999	-1.0643	1.1958	0.119	1.5406	-0.0353	-0.0367	0.0545	0.0061	0.0756	-0.0342	0.0391	-0.0174	-0.0529	0.084	-0.0226	-0.0012	0.0834	-0.0093	0.1047	12.8499	3.7715	17.1535
2	8.1063	-4.6266	-0.5758	4.9774	0.886	0.198	-0.1643	-0.6016	-0.2702	0.3173	0.2735	0.0149	0.0856	-0.0386	-0.0988	0.17	0.0117	-0.004	0.181	0.0432	0.1041	13.142	-1.8425	26.9266
3	9.0026	-6.8645	0.517	8.7186	-0.4467	1.043	-0.0607	-0.3415	0.4242	0.1233	0.0791	-0.213	-0.0482	-0.0558	0.0035	0.0991	-0.0092	-0.0013	0.0942	-0.0141	0.0398	12.9544	7.0161	22.4135
4	7.5198	-1.1299	-0.6614	2.4692	0.8059	3.4381	-0.006	-0.0722	-0.4445	0.0573	0.0207	0.0169	0.205	-0.0282	-0.0053	0.0922	-0.0144	-0.0055	0.0887	0.0331	0.0588	16.957	-1.8453	17.3547
5	7.7137	1.0832	-4.2095	1.1484	-1.4643	3.3284	0.0105	0.1622	0.0876	-0.063	0.0897	0.1992	0.0882	-0.1843	-0.0779	0.0866	-0.0106	-0.0195	0.1009	-0.0058	0.1199	7.7835	0.5273	14.8137
6	4.8148	-1.3543	-2.513	2.1146	2.631	3.4164	0.1916	-0.4126	0.4468	0.1071	0.0914	-0.2311	-0.2429	0.2385	-0.3056	0.1484	-0.0159	-0.0331	0.1528	-0.0169	0.157	23.0701	7.5864	23.3685
7	7.9335	-0.0015	-0.9074	1.6911	0.3012	1.6857	-0.034	0.2656	0.121	-0.1305	0.052	-0.0428	-0.0229	0.107	-0.018	0.1311	0.012	0.0003	0.1158	-0.0081	0.0722	21.6307	1.5363	-1.7347
8	5.8902	1.4506	0.5178	3.7465	0.4476	3.2941	0.1149	0.6623	-0.307	-0.2782	0.0442	-0.1116	0.0576	0.146	-0.1177	0.1938	0.02	-0.0232	0.1592	-0.0356	0.0814	20.8216	-1.4977	-8.3073
9	5.2315	0.5356	-0.9363	2.307	0.677	3.0851	0.018	0.206	-0.517	0.0145	0.0373	0.0044	0.1957	0.012	0.0084	0.1274	0.0155	-0.0355	0.0794	-0.0517	0.1391	18.9851	-4.5399	-1.0328
10	4.4129	-0.3338	-0.2993	1.8661	0.3524	2.6326	0.1087	0.2844	0.0347	-0.3114	-0.08	0.0725	-0.0498	-0.1285	-0.0168	0.1586	0.0106	-0.0268	0.0738	0.002	0.0895	16.6215	2.5213	-2.9158

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 28 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 39 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 40 through 53 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 54 through 74 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 75 through 89 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 90 through 101 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 12 through 28 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 29 through 53 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 54 through 79 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 80 through 101 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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