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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4oj3 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of V84P mutant of S. solfataricus Acylphosphatase | ||||||
![]() | Acylphosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / native-like aggregation / amyloid aggregation / acylphosphatase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | de Rosa, M. / Bolognesi, M. / Ricagno, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Edge strand engineering prevents native-like aggregation in Sulfolobus solfataricus acylphosphatase. 著者: de Rosa, M. / Bemporad, F. / Pellegrino, S. / Chiti, F. / Bolognesi, M. / Ricagno, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 456.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 457 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11650.283 Da / 分子数: 2 / 変異: V84 to Pro / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2M ammonium sulphate, 25% PEG 4K, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月14日 / 詳細: Pt coated mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si (111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8729 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30.48 Å / Num. obs: 9635 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 5 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1400 / % possible all: 93.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4OIX 解像度: 2.2→30.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 11.837 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.386 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.347 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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