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万見
- PDB-4oiv: Structural basis for small molecule NDB as a selective antagonist... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oiv
タイトルStructural basis for small molecule NDB as a selective antagonist of FXR
要素Bile acid receptor
キーワードNUCLEAR PROTEIN RECEPTOR / bile acid sensor / nuclear
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of urea metabolic process / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to bile acid / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / negative regulation of interleukin-1 production ...regulation of urea metabolic process / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to bile acid / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / negative regulation of interleukin-1 production / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / regulation of bile acid biosynthetic process / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / : / toll-like receptor 9 signaling pathway / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / bile acid nuclear receptor activity / bile acid metabolic process / cell-cell junction assembly / bile acid binding / cellular response to fatty acid / regulation of cholesterol metabolic process / negative regulation of interleukin-2 production / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / Synthesis of bile acids and bile salts / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / fatty acid homeostasis / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / Recycling of bile acids and salts / Notch signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / cholesterol homeostasis / transcription coregulator binding / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / PPARA activates gene expression / negative regulation of inflammatory response / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / defense response to bacterium / inflammatory response / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / innate immune response / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bile acid receptor, ligand binding domain / Thyroid hormone receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Bile acid receptor, ligand binding domain / Thyroid hormone receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XX9 / Bile acid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Xu, X. / Chen, L. / Hu, L. / Shen, X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Small Molecule NDB (N-Benzyl-N-(3-(tert-butyl)-4-hydroxyphenyl)-2,6-dichloro-4-(dimethylamino) Benzamide) as a Selective Antagonist of Farnesoid X Receptor alpha ...タイトル: Structural Basis for Small Molecule NDB (N-Benzyl-N-(3-(tert-butyl)-4-hydroxyphenyl)-2,6-dichloro-4-(dimethylamino) Benzamide) as a Selective Antagonist of Farnesoid X Receptor alpha (FXR alpha ) in Stabilizing the Homodimerization of the Receptor.
著者: Xu, X. / Xu, X. / Liu, P. / Zhu, Z.Y. / Chen, J. / Fu, H.A. / Chen, L.L. / Hu, L.H. / Shen, X.
履歴
登録2014年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bile acid receptor
B: Bile acid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9684
ポリマ－53,0252
非ポリマー9432
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.625, 84.625, 172.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Bile acid receptor / FXR-LBD / Farnesoid X-activated receptor / Farnesol receptor HRR-1 / Nuclear receptor subfamily 1 ...FXR-LBD / Farnesoid X-activated receptor / Farnesol receptor HRR-1 / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 4 / Retinoid X receptor-interacting protein 14 / RXR-interacting protein 14


分子量: 26512.381 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 258-483 / 変異: C436E, C470E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1H4, BAR, FXR, HRR1, RIP14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96RI1
#2: 化合物 ChemComp-XX9 / N-benzyl-N-(3-tert-butyl-4-hydroxyphenyl)-2,6-dichloro-4-(dimethylamino)benzamide


分子量: 471.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H28Cl2N2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 16-26% polyethylene glycol 2000 MME, 0.2M NaCl, 0.1M MES, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→38.38 Å / Num. obs: 68951 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FLI

3fli


解像度: 1.7→38.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 2.172 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23946 3383 5.1 %RANDOM
Rwork0.20615 ---
obs0.20783 63144 96.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3523 0 64 178 3765
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0223663
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2961.9864954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5925423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.52125.11182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.415680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9061517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3740.2548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212749
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4231.52142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.62523477
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.33631521
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.824.51477
LS精密化 シェル解像度: 1.704→1.748 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 163 -
Rwork0.265 3017 -
obs--63.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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