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- PDB-4oik: (Quasi-)Racemic X-ray crystal structure of glycosylated chemokine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oik
タイトル(Quasi-)Racemic X-ray crystal structure of glycosylated chemokine Ser-CCL1.
要素
  • C-C motif chemokine 1
  • D-Ser-CCL1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Chemical protein synthesis / quasi-racemic protein crystallography / Glycoprotein / Chemokine
機能・相同性
機能・相同性情報


CCR chemokine receptor binding / lymphocyte chemotaxis / eosinophil chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / positive regulation of interleukin-17 production / monocyte chemotaxis / cellular response to interleukin-1 ...CCR chemokine receptor binding / lymphocyte chemotaxis / eosinophil chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / positive regulation of interleukin-17 production / monocyte chemotaxis / cellular response to interleukin-1 / viral process / neutrophil chemotaxis / cellular response to type II interferon / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of inflammatory response / chemotaxis / cellular response to tumor necrosis factor / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / G protein-coupled receptor signaling pathway / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / C-C motif chemokine 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Okamoto, R. / Mandal, K. / Sawaya, M.R. / Kajihara, Y. / Yeates, T.O. / Kent, S.B.H.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: (Quasi-)Racemic X-ray Structures of Glycosylated and Non-Glycosylated Forms of the Chemokine Ser-CCL1 Prepared by Total Chemical Synthesis.
著者: Okamoto, R. / Mandal, K. / Sawaya, M.R. / Kajihara, Y. / Yeates, T.O. / Kent, S.B.
履歴
登録2014年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C motif chemokine 1
B: C-C motif chemokine 1
C: D-Ser-CCL1
D: D-Ser-CCL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,78335
ポリマ－34,3634
非ポリマー3,42031
水2,018112
1
A: C-C motif chemokine 1
B: C-C motif chemokine 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,07219
ポリマ－17,1882
非ポリマー1,88317
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area9750 Å2
手法PISA
2
C: D-Ser-CCL1
D: D-Ser-CCL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,71116
ポリマ－17,1742
非ポリマー1,53714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area9540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.410, 51.680, 51.330
Angle α, β, γ (deg.)111.23, 106.33, 108.68
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 C-C motif chemokine 1 / Small-inducible cytokine A1 / T lymphocyte-secreted protein I-309


分子量: 8594.190 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-96 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P22362
#2: タンパク質 D-Ser-CCL1


分子量: 8587.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemical Synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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糖 , 1種, 2分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 141分子

#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.51 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M citric acid, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 16903 / Num. obs: 16903 / % possible obs: 75.3 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 24.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 313 / % possible all: 13.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4OIJ

4oij


解像度: 2.1→39.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9281 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2758 850 5.05 %RANDOM
Rwork0.2285 ---
obs0.2309 16816 --
原子変位パラメータBiso mean: 67.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.6612 Å2-3.1424 Å2-1.1654 Å2
2---21.2756 Å21.4014 Å2
3---9.6145 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.445 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2318 0 189 112 2619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012536HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.173418HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d636SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes42HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes358HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2512HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.31
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion308SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2431SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.22 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2164 34 4.02 %
Rwork0.2098 811 -
all0.2101 845 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.6312-3.6185-0.76633.7309-2.61745.4829-0.395-0.6799-0.81220.37620.0180.14050.52910.30560.377-0.1282-0.02340.04130.00290.1075-0.26984.06814.064132.4486
211.5271-3.9035-0.15474.0452.31515.2306-0.4093-0.75390.88320.4141-0.0668-0.1087-0.5821-0.31450.4761-0.1576-0.0259-0.04020.0649-0.1426-0.2806-11.947119.036932.442
312.5562-3.6354-0.08124.3907-2.52828.02740.33070.67260.7462-0.12740.1119-0.0026-0.4324-0.6976-0.4426-0.2214-0.01970.047-0.03070.1475-0.2129.756419.406211.0235
412.3864-3.04551.60244.40222.74247.75340.22970.8809-0.7011-0.09690.10070.08080.36030.684-0.3304-0.2106-0.0181-0.018-0.0385-0.1575-0.249427.6093.732210.7926
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|73 A|101 - A|101 }A1 - 73
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|73 A|101 - A|101 }A101
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|73 B|101 - B|101 }B1 - 73
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|73 B|101 - B|101 }B101
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|3 - C|57 C|58 - C|73 }C3 - 57
6X-RAY DIFFRACTION3{ C|3 - C|57 C|58 - C|73 }C58 - 73
7X-RAY DIFFRACTION4{ D|3 - D|57 D|58 - D|73 }D3 - 57
8X-RAY DIFFRACTION4{ D|3 - D|57 D|58 - D|73 }D58 - 73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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