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- PDB-4ohr: Crystal structure of MilB from Streptomyces rimofaciens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ohr
タイトルCrystal structure of MilB from Streptomyces rimofaciens
要素CMP/hydroxymethyl CMP hydrolase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Rossmann fold - #450 / hydrolase activity / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / CMP/hydroxymethyl CMP hydrolase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces rimofaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhao, G. / Zhang, Y. / Liu, G. / Wu, G. / He, X.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structure of the N-glycosidase MilB in complex with hydroxymethyl CMP reveals its Arg23 specifically recognizes the substrate and controls its entry
著者: Zhao, G. / Wu, G. / Zhang, Y. / Liu, G. / Han, T. / Deng, Z. / He, X.
履歴
登録2014年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CMP/hydroxymethyl CMP hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5281
ポリマ－20,5281
非ポリマー00
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: CMP/hydroxymethyl CMP hydrolase

A: CMP/hydroxymethyl CMP hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0562
ポリマ－41,0562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area13270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.294, 102.000, 81.956
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 CMP/hydroxymethyl CMP hydrolase


分子量: 20528.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces rimofaciens (バクテリア)
遺伝子: MilB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4Y381
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.63 % / Mosaicity: 0.579 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 16% PEG 4000, 0.08M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Tris hydrochloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 13.3 % / 数: 122549 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Χ2: 1 / D res high: 2.25 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 9244 / % possible obs: 98.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.855099.710.0840.99913.3
3.854.8594.510.0960.99812.9
3.363.8596.810.160.99511.5
3.053.3610010.1120.99714.4
2.833.0510010.1410.99214.5
2.672.8310010.2010.99314.5
2.532.6710010.3131.00714.3
2.422.5310010.2861.00714
2.332.4299.810.3370.99212.7
2.252.3393.610.5031.00510.4
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 17809 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.8-1.8614.40.2871815199.9
1.86-1.9480.40615841.00587.7
1.94-2.0313.20.23918111.00399.9
2.03-2.1311.30.19118321.005100
2.13-2.2711.70.14516601.00891
2.27-2.4413.60.12418371.00599.6
2.44-2.6913.40.11818451.00699.9
2.69-3.0813.90.1118451.00799.9
3.08-3.8810.30.08717070.99791
3.88-5012.60.0711873194.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→19.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.847 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2163 908 5.1 %RANDOM
Rwork0.1828 ---
obs0.1845 17659 96.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 55.85 Å2 / Biso mean: 25.926 Å2 / Biso min: 9.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8 Å20 Å20 Å2
2---1.19 Å2-0 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1202 0 0 183 1385
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0191228
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1511.9511667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75432657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1245157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.97622.80757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.49715188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8191512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2185
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211414
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02290
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7891.656631
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7851.652630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3522.475787
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 70 -
Rwork0.184 1256 -
all-1326 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.0495 Å / Origin y: -12.0326 Å / Origin z: 3.766 Å
111213212223313233
T0.0221 Å2-0.0049 Å2-0.0148 Å2-0.0284 Å2-0.0007 Å2--0.0262 Å2
L0.8582 °2-0.2676 °2-0.1769 °2-1.7092 °2-0.5042 °2--1.7214 °2
S0.0766 Å °0.0225 Å °-0.0062 Å °-0.1456 Å °-0.011 Å °0.0726 Å °0.081 Å °-0.0231 Å °-0.0656 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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