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- PDB-4ogm: MBP-fusion protein of PilA1 residues 26-159 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ogm
タイトルMBP-fusion protein of PilA1 residues 26-159
要素Maltose ABC transporter periplasmic protein, pilin protein chimera
キーワードCELL ADHESION / Type IV pilin / fimbrial protein
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / membrane
類似検索 - 分子機能
Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / : / Maltodextrin-binding protein / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.234 Å
データ登録者Piepenbrink, K.H. / Sundberg, E.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structural and Evolutionary Analyses Show Unique Stabilization Strategies in the Type IV Pili of Clostridium difficile.
著者: Piepenbrink, K.H. / Maldarelli, G.A. / Martinez de la Pena, C.F. / Dingle, T.C. / Mulvey, G.L. / Lee, A. / von Rosenvinge, E. / Armstrong, G.D. / Donnenberg, M.S. / Sundberg, E.J.
履歴
登録2014年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Database references
改定 1.22015年2月18日Group: Database references
改定 1.32017年6月28日Group: Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref ...entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession ..._struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose ABC transporter periplasmic protein, pilin protein chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8012
ポリマ－56,4591
非ポリマー3421
水5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.224, 74.710, 97.517
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Maltose ABC transporter periplasmic protein, pilin protein chimera / MBP-PilA1


分子量: 56458.621 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 変異: pMal E vector / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: malE, HMPREF9530_03068, pulG, SAMEA3374973_02945 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: D8A942, UniProt: A0A1R2EY47, UniProt: P0AEX9*PLUS
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PROTEIN IS A CHIMERA COMPRISING ESCHERICHIA COLI MALTOSE ABC TRANSPORTER PERIPLASMIC PROTEIN (UNP ...PROTEIN IS A CHIMERA COMPRISING ESCHERICHIA COLI MALTOSE ABC TRANSPORTER PERIPLASMIC PROTEIN (UNP RESIDUES 27-387) AND CLOSTRIDIUM DIFFICILE PILIN PROTEIN (UNP RESIDUES 35-73) CONNECTED BY A AAAQTNAAA LINKER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月4日
放射モノクロメーター: Side scattering I-beam bent single crystal, asymmetric cut 4.9650 degrees
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→39.264 Å / Num. all: 23857 / Num. obs: 23856 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.212 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.013 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
2.23-2.3111.11.920946188487.4
8.93-39.261259.7534744498.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.1.26データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.234→39.264 Å / FOM work R set: 0.8064 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 24.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2464 1999 8.4 %RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.205 23852 --
obs0.1911 23804 98.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.39 Å2 / Biso mean: 24.45 Å2 / Biso min: 4.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.234→39.264 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3812 0 23 314 4149
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083916
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1085322
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041604
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006683
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7931426
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.234-2.28940.28931200.23481308142884
2.2894-2.35120.30181380.21451509164798
2.3512-2.42040.26891430.203715521695100
2.4204-2.49850.2641430.201515661709100
2.4985-2.58780.27791410.195515331674100
2.5878-2.69140.27631440.195115691713100
2.6914-2.81390.25921430.194615581701100
2.8139-2.96220.30971440.196315711715100
2.9622-3.14770.25461430.175315651708100
3.1477-3.39060.20931450.166315761721100
3.3906-3.73160.22291460.150615881734100
3.7316-4.2710.19371450.146315851730100
4.271-5.37880.19731490.162216221771100
5.3788-39.27020.28011550.23717031858100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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