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万見
- PDB-4ofw: Crystal Structure of Arabidopsis thaliana DJ-1d -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ofw
タイトルCrystal Structure of Arabidopsis thaliana DJ-1d
要素Protein DJ-1 homolog D
キーワードLYASE / Glyoxalase
機能・相同性
機能・相同性情報


lactoylglutathione lyase / glyoxalase III activity / lactoylglutathione lyase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Deglycase PfpI / PfpI endopeptidase domain profile. / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein DJ-1 homolog D
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Choi, D. / Kim, J. / Ryu, K.-S. / Park, C.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Stereospecific mechanism of DJ-1 glyoxalases inferred from their hemithioacetal-containing crystal structures.
著者: Choi, D. / Kim, J. / Ha, S. / Kwon, K. / Kim, E.H. / Lee, H.Y. / Ryu, K.S. / Park, C.
履歴
登録2014年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references
改定 1.22014年12月24日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein DJ-1 homolog D
B: Protein DJ-1 homolog D
C: Protein DJ-1 homolog D
D: Protein DJ-1 homolog D
E: Protein DJ-1 homolog D
F: Protein DJ-1 homolog D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,8126
ポリマ－249,8126
非ポリマー00
水9,764542
1
A: Protein DJ-1 homolog D
B: Protein DJ-1 homolog D
C: Protein DJ-1 homolog D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,9063
ポリマ－124,9063
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7230 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area38070 Å2
手法PISA
2
D: Protein DJ-1 homolog D
E: Protein DJ-1 homolog D
F: Protein DJ-1 homolog D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,9063
ポリマ－124,9063
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area38210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.556, 115.047, 115.531
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.510, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Protein DJ-1 homolog D / AtDJ1D / Lactoylglutathione lyase DJ1D


分子量: 41635.344 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DJ1D, At3g02720, F13E7.34 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9M8R4, D-lactate dehydratase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.18 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium citrate, 15% 2-propanol, 16% PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月31日
放射モノクロメーター: cryocooled channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 117444 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 3.536 / Net I/av σ(I): 15.338 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.3-2.382.70.345109341.24290.1
2.38-2.482.80.325111281.25691
2.48-2.593.20.279114031.39593.6
2.59-2.733.50.257115711.99595
2.73-2.93.90.199117881.78496.3
2.9-3.124.50.169119522.14397.5
3.12-3.445.30.134119972.85198.3
3.44-3.9360.102121284.28198.9
3.93-4.956.40.079121845.46998.9
4.95-506.40.071123596.06499.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ削減
Cootモデル構築
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PDV

1pdv


解像度: 2.3→50 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 11742 9.6 %
Rwork0.2428 --
obs-117422 95.9 %
原子変位パラメータBiso max: 74.62 Å2 / Biso mean: 32.1717 Å2 / Biso min: 1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.915 Å20 Å2-2.573 Å2
2---5.585 Å20 Å2
3---15.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17544 0 0 542 18086
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.318
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8642
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.0332
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.7752.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.380.433211010.419397811088289.6
2.38-2.480.414811590.398599741113391
2.48-2.590.387211100.3516103061141693.6
2.59-2.730.350110890.313104861157595
2.73-2.90.318911630.2828106221178596.3
2.9-3.120.312112010.2634107601196197.5
3.12-3.440.295412240.2375107771200198.3
3.44-3.930.251612350.1975108961213199
3.93-4.950.202512370.1541109481218598.9
4.95-500.200912230.164111301235399.3
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna -rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION6edo_cns.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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