PDB-4oev: Crystal structure of NikZ from Campylobacter jejuni in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4oev

タイトル

Crystal structure of NikZ from Campylobacter jejuni in complex with Ni(II) ion

要素

Putative peptide ABC-transport system periplasmic peptide-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Extracytoplasmic / Nickel import / Metal transport / ABC-type importer / extracytoplasmic nickel-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Lebrette, H. / Cavazza, C.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins.
著者: Lebrette, H. / Brochier-Armanet, C. / Zambelli, B. / de Reuse, H. / Borezee-Durant, E. / Ciurli, S. / Cavazza, C.

履歴

登録	2014年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4oev.cif.gz	430 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4oev.ent.gz	352.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4oev.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4oev_validation.pdf.gz	462.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4oev_full_validation.pdf.gz	469.4 KB	表示
XML形式データ	4oev_validation.xml.gz	45.6 KB	表示
CIF形式データ	4oev_validation.cif.gz	68.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/4oev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/4oev	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oerC 4oesC 4oetSC 4oeuC 4oflC 4ofoC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5vec-1 5zs9-d 4i1o-2 6r4q-2 5l8d-2 3mz9-2 3n0q-d 4i8c-3 4ieb-d 5on0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative peptide ABC-transport system periplasmic peptide-binding protein

B: Putative peptide ABC-transport system periplasmic peptide-binding protein

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative peptide ABC-transport system periplasmic peptide-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative peptide ABC-transport system periplasmic peptide-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	246.120, 47.860, 140.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.60, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative peptide ABC-transport system periplasmic peptide-binding protein / NikZ 分子量: 56815.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 株: subsp. jejuni NCTC 11168 = ATCC 700819 / 遺伝子: Cj1584c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0P844
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン分子量: 88.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 897 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20 % PEG 6000, 0.1 M MES pH 6.0 + NiCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97964 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月10日
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97964 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→45.24 Å / Num. all: 118346 / Num. obs: 117159 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / R_sym value: 0.065 / Net I/σ(I): 13.65
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.14 / Num. unique all: 16740 / R_sym value: 0.425 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MX	CUBE	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4OET

4oet

解像度: 1.9→45.235 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2355	5854	5 %	Random
R_work	0.2019	-	-	-
obs	0.2036	117047	99.01 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.235 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8050	0	50	897	8997

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	8312
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.407	11210
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.867	3060
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	1188
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1438

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.3262	194	0.3142	3681	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9216-1.9442	0.3061	192	0.2906	3639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9442-1.9679	0.3045	195	0.2731	3716	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9679-1.9928	0.3278	197	0.276	3725	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9928-2.0191	0.3192	193	0.2695	3688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0191-2.0467	0.3337	195	0.268	3692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0467-2.076	0.3131	195	0.2765	3705	X-RAY DIFFRACTION	99
2.076-2.1069	0.3331	193	0.2646	3668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1069-2.1399	0.31	195	0.2647	3691	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1399-2.1749	0.278	195	0.2527	3711	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1749-2.2124	0.318	191	0.2596	3640	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2124-2.2527	0.2896	196	0.2488	3716	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2527-2.296	0.2926	194	0.2577	3699	X-RAY DIFFRACTION	99
2.296-2.3429	0.3244	193	0.2514	3664	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3429-2.3938	0.3028	198	0.2399	3755	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3938-2.4495	0.2967	190	0.2288	3615	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4495-2.5107	0.2956	198	0.242	3755	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5107-2.5786	0.2774	191	0.2212	3623	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5786-2.6545	0.2322	197	0.2203	3742	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6545-2.7402	0.2663	192	0.2228	3648	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7402-2.8381	0.2542	195	0.2256	3708	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8381-2.9517	0.2455	195	0.2218	3696	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9517-3.086	0.2544	195	0.2068	3716	X-RAY DIFFRACTION	99
3.086-3.2487	0.2337	196	0.2131	3713	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2487-3.4521	0.2841	196	0.1987	3731	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4521-3.7186	0.1968	197	0.1806	3733	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7186-4.0925	0.1899	194	0.1575	3700	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0925-4.6842	0.1533	199	0.1372	3771	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6842-5.8996	0.1648	201	0.1413	3823	X-RAY DIFFRACTION	99
5.8996-45.2474	0.159	202	0.1497	3829	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3759	-0.1496	0.1228	0.7354	-0.1935	1.433	-0.0381	0.8258	0.0302	-0.0036	0.2136	0.1288	0.2062	-1.0532	-0.1363	0.1826	-0.0357	-0.0492	1.1028	0.145	0.3478	-44.8964	0.8343	-11.4118
2	1.3652	0.0674	-0.365	0.3181	-0.1306	1.6404	0.0391	0.6699	-0.1335	-0.1267	0.0649	0.0079	0.2466	-0.2482	-0.0706	0.249	-0.0356	-0.036	0.6721	0.0018	0.3057	-23.4553	-2.6796	-12.5819
3	0.8582	-0.0996	-0.1508	1.1046	-0.7896	3.5022	-0.0088	0.4699	0.5701	-0.0266	-0.1496	-0.3665	-0.6918	0.9652	0.0233	0.3743	-0.0839	0.065	0.4689	0.1145	0.4801	-15.0951	14.7544	5.1026
4	1.6997	-0.0075	-0.6734	0.5097	0.0298	2.9512	0.1285	0.2804	0.0673	-0.0321	-0.0337	-0.0171	-0.1865	0.1796	-0.0783	0.1745	-0.0103	-0.0048	0.2914	0.0668	0.2625	-23.1227	4.1674	2.9967
5	2.1038	-0.5715	-0.9197	0.5727	0.2952	1.8908	0.0062	0.202	-0.0382	-0.055	-0.0812	0.1391	0.0751	-1.062	0.0731	0.2543	-0.0493	-0.0399	0.5768	0.0514	0.2743	-53.9063	0.638	24.8632
6	1.4303	0.0056	-0.3279	0.2579	0.0484	1.8214	0.0305	-0.2689	0.0397	0.0398	-0.0303	0.0929	-0.061	-0.5821	-0.0242	0.2451	0.0038	-0.0199	0.6601	0.0279	0.2771	-48.2954	2.0618	45.8438
7	3.0254	0.1772	-0.8153	0.883	0.91	1.3399	-0.0978	-1.0566	-0.5944	0.2727	0.2125	-0.0498	0.8886	0.3092	0.045	0.583	-0.0624	0.0074	0.3931	0.2389	0.3902	-29.3037	-15.9797	46.8141
8	1.8435	-0.1627	-0.185	0.5972	0.1583	2.606	-0.084	-0.5563	-0.1098	-0.0023	0.0239	0.0048	0.2526	-0.0275	0.0507	0.2291	-0.0346	-0.0096	0.3147	0.0646	0.2229	-33.5522	-4.7416	40.7225

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 151 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 152 through 264 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 265 through 313 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 314 through 494 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 151 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 152 through 264 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 265 through 313 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 314 through 494 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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