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- PDB-4oej: Structure of membrane binding protein pleurotolysin B from Pleuro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oej
タイトルStructure of membrane binding protein pleurotolysin B from Pleurotus ostreatus
要素Pleurotolysin B
キーワードMEMBRANE BINDING PROTEIN / MACPF domain / Pore formation / pleurotolysin A
機能・相同性Pleurotolysin B, C-terminal / Pleurotolysin B C-terminal domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / ACETATE ION / Pleurotolysin B
機能・相同性情報
生物種Pleurotus ostreatus (ヒラタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Dunstone, M.A. / Caradoc-Davies, T.T. / Whisstock, J.C. / Law, R.H.P.
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2015
タイトル: Conformational changes during pore formation by the perforin-related protein pleurotolysin.
著者: Natalya Lukoyanova / Stephanie C Kondos / Irene Farabella / Ruby H P Law / Cyril F Reboul / Tom T Caradoc-Davies / Bradley A Spicer / Oded Kleifeld / Daouda A K Traore / Susan M Ekkel / Ilia ...著者: Natalya Lukoyanova / Stephanie C Kondos / Irene Farabella / Ruby H P Law / Cyril F Reboul / Tom T Caradoc-Davies / Bradley A Spicer / Oded Kleifeld / Daouda A K Traore / Susan M Ekkel / Ilia Voskoboinik / Joseph A Trapani / Tamas Hatfaludi / Katherine Oliver / Eileen M Hotze / Rodney K Tweten / James C Whisstock / Maya Topf / Helen R Saibil / Michelle A Dunstone /
要旨: Membrane attack complex/perforin-like (MACPF) proteins comprise the largest superfamily of pore-forming proteins, playing crucial roles in immunity and pathogenesis. Soluble monomers assemble into ...Membrane attack complex/perforin-like (MACPF) proteins comprise the largest superfamily of pore-forming proteins, playing crucial roles in immunity and pathogenesis. Soluble monomers assemble into large transmembrane pores via conformational transitions that remain to be structurally and mechanistically characterised. Here we present an 11 Å resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the two-part, fungal toxin Pleurotolysin (Ply), together with crystal structures of both components (the lipid binding PlyA protein and the pore-forming MACPF component PlyB). These data reveal a 13-fold pore 80 Å in diameter and 100 Å in height, with each subunit comprised of a PlyB molecule atop a membrane bound dimer of PlyA. The resolution of the EM map, together with biophysical and computational experiments, allowed confident assignment of subdomains in a MACPF pore assembly. The major conformational changes in PlyB are a ∼70° opening of the bent and distorted central β-sheet of the MACPF domain, accompanied by extrusion and refolding of two α-helical regions into transmembrane β-hairpins (TMH1 and TMH2). We determined the structures of three different disulphide bond-trapped prepore intermediates. Analysis of these data by molecular modelling and flexible fitting allows us to generate a potential trajectory of β-sheet unbending. The results suggest that MACPF conformational change is triggered through disruption of the interface between a conserved helix-turn-helix motif and the top of TMH2. Following their release we propose that the transmembrane regions assemble into β-hairpins via top down zippering of backbone hydrogen bonds to form the membrane-inserted β-barrel. The intermediate structures of the MACPF domain during refolding into the β-barrel pore establish a structural paradigm for the transition from soluble monomer to pore, which may be conserved across the whole superfamily. The TMH2 region is critical for the release of both TMH clusters, suggesting why this region is targeted by endogenous inhibitors of MACPF function.
履歴
登録2014年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pleurotolysin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,80110
ポリマ－57,1611
非ポリマー6409
水2,882160
1
A: Pleurotolysin B
ヘテロ分子

A: Pleurotolysin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,60220
ポリマ－114,3222
非ポリマー1,28018
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area7880 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area37630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.580, 71.580, 174.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Pleurotolysin B


分子量: 57160.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pleurotus ostreatus (ヒラタケ) / 遺伝子: plyB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5W9E8
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M trisodium citrate, pH 5.6, 20% w/v PEG4000, 0.2 M ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAustralian Synchrotron MX110.9797
シンクロトロンAustralian Synchrotron MX120.95665
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 210r1CCD2008年10月9日
ADSC QUANTUM 210r2CCD2008年11月18日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97971
20.956651
反射解像度: 2.2→87.37 Å / Num. obs: 27236 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2.2 / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 43.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.2-2.329.90.6693.939051,2100
6.96-87.379.20.03643.19741,299.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→26.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9473 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9304 / SU R Cruickshank DPI: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.233 / SU Rfree Blow DPI: 0.18 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.179
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2213 1361 5.01 %RANDOM
Rwork0.1892 ---
obs0.1908 27161 99.95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8787 Å20 Å20 Å2
2---0.8787 Å20 Å2
3---1.7574 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.396 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→26.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3475 0 41 160 3676
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1180SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes74HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes532HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3586HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion482SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4093SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3586HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4876HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2178 117 4.17 %
Rwork0.2016 2690 -
all0.2023 2807 -
obs--99.95 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.4198 Å / Origin y: 22.2295 Å / Origin z: 13.7641 Å
111213212223313233
T-0.1934 Å20.0286 Å2-0.0029 Å2--0.2021 Å20.0089 Å2---0.1588 Å2
L0.8232 °2-0.3779 °21.013 °2-1.7325 °20.0881 °2--4.8932 °2
S-0.0984 Å °-0.0926 Å °0.0117 Å °0.0992 Å °0.0984 Å °-0.1017 Å °-0.0164 Å °-0.1146 Å °-0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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