PDB-4oe4: Crystal Structure of Yeast ALDH4A1 Complexed with NAD+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4oe4

タイトル

Crystal Structure of Yeast ALDH4A1 Complexed with NAD+

要素

Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PUT2P / ALDEHYDE DEHYDROGENASE / ALDH4A1 / ROSSMANN FOLD / NAD / MITOCHONDRIA

機能・相同性

機能・相同性情報

L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / glutamate biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.168 Å

データ登録者

Tanner, J.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Structural Studies of Yeast Delta (1)-Pyrroline-5-carboxylate Dehydrogenase (ALDH4A1): Active Site Flexibility and Oligomeric State.
著者: Pemberton, T.A. / Srivastava, D. / Sanyal, N. / Henzl, M.T. / Becker, D.F. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2014年1月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月19日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月1日	Group: Other
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4oe4.cif.gz	383.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4oe4.ent.gz	311.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4oe4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4oe4_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4oe4_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4oe4_validation.xml.gz	34.3 KB	表示
CIF形式データ	4oe4_validation.cif.gz	48.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/4oe4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/4oe4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oe5C 4oe6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4oe6-1 4ids-2 4lem-d 2ehq-2 4idm-2 1uzb-1 5o0o-d 4ihi-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial

B: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial

ヘテロ分子

132 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial

B: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial

B: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial

B: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
395 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.037, 108.037, 181.027
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial / P5C dehydrogenase / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase 分子量: 65111.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: s288c / 遺伝子: PUT2, YHR037W / プラスミド: pkA8H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)pLysS 参照: UniProt: P07275, L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 8 - 14 % (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M (NH4)2SO4, and 0.1 M Bis-Tris at pH 5.5 - 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.168→93.563 Å / Num. all: 63148 / Num. obs: 63148 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 38.04 Å² / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 16.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.17-2.29	4.4	0.583	1.3	39868	9112	0.583	98.9
2.29-2.42	4.4	0.389	1.9	38522	8717	0.389	100
2.42-2.59	4.4	0.256	3	36155	8183	0.256	100
2.59-2.8	4.4	0.163	4.6	33708	7646	0.163	100
2.8-3.07	4.4	0.1	7.5	30978	7038	0.1	100
3.07-3.43	4.4	0.058	12.6	27723	6346	0.058	100
3.43-3.96	4.3	0.034	20.4	23929	5627	0.034	99.9
3.96-4.85	4.5	0.024	26.3	21177	4751	0.024	99.9
4.85-6.86	4.4	0.023	26.8	16312	3682	0.023	99.9
6.86-93.563	4.3	0.021	26.9	8730	2046	0.021	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: same structure without NAD

解像度: 2.168→40.741 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / FOM work R set: 0.8599 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.61 / 位相誤差: 21.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2122	3107	4.92 %	random
R_work	0.1726	-	-	-
obs	0.1745	63090	99.76 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.58 Å² / B_iso mean: 39.5014 Å² / B_iso min: 13.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.168→40.741 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7340	0	62	173	7575

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7584
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.087	10327
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	1157
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1326
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.746	2715

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1681-2.202	0.2751	132	0.2349	2629	2761	96
2.202-2.2381	0.3085	142	0.2349	2708	2850	100
2.2381-2.2767	0.3122	141	0.2251	2701	2842	100
2.2767-2.3181	0.27	151	0.2202	2755	2906	100
2.3181-2.3626	0.2698	150	0.2185	2706	2856	100
2.3626-2.4109	0.2716	144	0.2108	2705	2849	100
2.4109-2.4633	0.2852	157	0.2008	2744	2901	100
2.4633-2.5206	0.2424	139	0.1972	2712	2851	100
2.5206-2.5836	0.2512	138	0.1897	2725	2863	100
2.5836-2.6534	0.2431	139	0.1877	2726	2865	100
2.6534-2.7315	0.2246	138	0.1861	2745	2883	100
2.7315-2.8196	0.2569	127	0.1872	2746	2873	100
2.8196-2.9204	0.2319	138	0.1812	2745	2883	100
2.9204-3.0373	0.2295	131	0.1901	2714	2845	100
3.0373-3.1755	0.2595	144	0.1998	2768	2912	100
3.1755-3.3428	0.2322	142	0.2002	2721	2863	100
3.3428-3.5521	0.2303	150	0.1815	2694	2844	100
3.5521-3.8262	0.1745	136	0.1576	2752	2888	100
3.8262-4.2109	0.1585	163	0.139	2714	2877	100
4.2109-4.8194	0.1476	120	0.1256	2756	2876	100
4.8194-6.0687	0.1709	131	0.147	2767	2898	100
6.0687-40.7481	0.195	154	0.164	2750	2904	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0062	0.7013	0.4788	1.0525	0.0191	0.5483	-0.0829	0.099	-0.1087	0.0282	0.0511	-0.0623	0.0203	0.0188	0.0303	0.199	-0.003	0.0134	0.1276	0.0008	0.1794	4.314	32.38	91.812
2	2.0701	-0.5969	0.5428	0.6858	0.0128	0.5388	-0.0616	-0.4425	-0.43	0.2071	0.1181	0.0963	0.1432	-0.0443	-0.0564	0.3964	0.0229	0.0151	0.3155	0.0913	0.2957	4.309	32.334	130.699

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 43:565 )	A	43 - 565
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 43:565 )	B	43 - 565

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関連情報:EMDBヘッダ

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