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- PDB-4oct: Crystal structure of human ALKBH5 crystallized in the presence of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oct
タイトルCrystal structure of human ALKBH5 crystallized in the presence of Mn^{2+} and 2-oxoglutarate
要素RNA demethylase ALKBH5
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / RNA demethylase
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-delta T cell proliferation / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / : / oxidative RNA demethylase activity / paraspeckles / non-membrane-bounded organelle assembly / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / mRNA destabilization ...gamma-delta T cell proliferation / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / : / oxidative RNA demethylase activity / paraspeckles / non-membrane-bounded organelle assembly / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / mRNA destabilization / mRNA export from nucleus / molecular condensate scaffold activity / mRNA processing / regulation of translation / spermatogenesis / cell differentiation / response to hypoxia / nuclear speck / Golgi apparatus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA demethylase ALKBH5 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / RNA demethylase ALKBH5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / direct placement / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Tempel, W. / Chao, X. / Liu, K. / Dong, A. / Cerovina, T. / He, H. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structures of human ALKBH5 demethylase reveal a unique binding mode for specific single-stranded N6-methyladenosine RNA demethylation.
著者: Xu, C. / Liu, K. / Tempel, W. / Demetriades, M. / Aik, W. / Schofield, C.J. / Min, J.
履歴
登録2014年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月4日Group: Database references
改定 1.22014年12月24日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA demethylase ALKBH5
B: RNA demethylase ALKBH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,08029
ポリマ－50,6782
非ポリマー40227
水41423
1
A: RNA demethylase ALKBH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,54012
ポリマ－25,3391
非ポリマー20111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA demethylase ALKBH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,54017
ポリマ－25,3391
非ポリマー20116
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.930, 57.234, 78.407
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 77 - 293 / Label seq-ID: 5 - 221

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 RNA demethylase ALKBH5 / Alkylated DNA repair protein alkB homolog 5 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 5


分子量: 25339.010 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 74-294 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALKBH5, ABH5, OFOXD1 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2
参照: UniProt: Q6P6C2, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q6P6C2, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 23 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.005 M of each manganous sulfate and 2-oxyglutarate were added to the protein stock solution. Reservoir: 20% PEG-3350, 0.2 M diammonium phosphate, vapor diffusion, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→38.47 Å / Num. obs: 18808 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.011 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
2.28-2.367.12.1131931848100
8.83-38.476.652.5229934898.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.2.14データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: direct placement
開始モデル: related to pdb entry 4O61

4o61


解像度: 2.28→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / WRfactor Rfree: 0.2464 / WRfactor Rwork: 0.202 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.686 / SU B: 27.978 / SU ML: 0.305 / SU R Cruickshank DPI: 0.4723 / SU Rfree: 0.2846 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.472 / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: PDB entry 2IUW aided in the interpretation of the manganese cation binding site. Coot was used for interactive model adjustments. Molprobity was used for validation of model geometry.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2841 934 5 %THIN SHELLS (SFTOOLS)
Rwork0.2382 ---
obs0.2405 18790 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.63 Å2 / Biso mean: 45.2232 Å2 / Biso min: 7.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.05 Å2-0 Å20.85 Å2
2--1.87 Å2-0 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3248 0 45 23 3316
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0193360
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4011.9674547
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87837239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4795418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.91523.113151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.77515541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7841529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213795
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9351.2321677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9351.2321676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5591.8422091
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 12076 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.339 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 53 -
Rwork0.301 1326 -
all-1379 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.81120.04091.07223.07830.58693.13890.0197-0.1553-0.0739-0.26350.0206-0.02750.0127-0.3809-0.04020.40330.0092-0.13430.42190.03380.060816.10475.02886.1494
21.62380.56111.04383.23580.36521.3874-0.0484-0.0980.06480.18020.0838-0.1413-0.04950.1132-0.03540.39040.0077-0.13570.4360.00610.064529.59050.666839.3732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A77 - 502
2X-RAY DIFFRACTION2B76 - 502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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