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万見
- PDB-4och: Apo structure of Smr domain of MutS2 from Deinococcus radiodurans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4och
タイトルApo structure of Smr domain of MutS2 from Deinococcus radiodurans
要素Endonuclease MutS2
キーワードHYDROLASE / nuclease / Mn2+ ion
機能・相同性
機能・相同性情報


mismatched DNA binding / negative regulation of DNA recombination / ATP-dependent DNA damage sensor activity / ribosomal large subunit binding / mismatch repair / rescue of stalled ribosome / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / double-stranded DNA binding / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 ...mismatched DNA binding / negative regulation of DNA recombination / ATP-dependent DNA damage sensor activity / ribosomal large subunit binding / mismatch repair / rescue of stalled ribosome / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / double-stranded DNA binding / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / rRNA binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #110 / Endonuclease MutS2 / MutS2 and Smr-associated SH3 domain / MutS2 and Smr-associated SH3 domain / Smr domain / Small MutS-related domain / Smr domain superfamily / Smr domain / Smr domain profile. / DNA mismatch repair MutS family ...Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #110 / Endonuclease MutS2 / MutS2 and Smr-associated SH3 domain / MutS2 and Smr-associated SH3 domain / Smr domain / Small MutS-related domain / Smr domain superfamily / Smr domain / Smr domain profile. / DNA mismatch repair MutS family / DNA mismatch repair protein MutS, C-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, core / DNA mismatch repair protein MutS, core domain superfamily / MutS domain V / DNA mismatch repair proteins mutS family signature. / DNA-binding domain of DNA mismatch repair MUTS family / ATPase domain of DNA mismatch repair MUTS family / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endonuclease MutS2
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4001 Å
データ登録者Zhang, H. / Zhao, Y. / Xu, Q. / Hua, Y.J.
引用ジャーナル: Dna Repair / 年: 2014
タイトル: Structural and functional studies of MutS2 from Deinococcus radiodurans.
著者: Zhang, H. / Xu, Q. / Lu, M. / Xu, X. / Wang, Y. / Wang, L. / Zhao, Y. / Hua, Y.
履歴
登録2014年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月20日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease MutS2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9572
ポリマ－9,8651
非ポリマー921
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)24.980, 47.510, 30.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Endonuclease MutS2


分子量: 9865.203 Da / 分子数: 1 / 断片: Smr domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: mutS2, DR_1976 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL(21)DE3
参照: UniProt: Q9RSZ3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.7 %
結晶化温度: 297 K
手法: crystal formed spontaneously in protein solution stored at 4 degree
pH: 8.8
詳細: 30mM NaCl and 20mM Tris-HCl, pH 8.8, crystal formed spontaneously in protein solution stored at 4 degree, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月2日
放射モノクロメーター: silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. all: 14061 / Num. obs: 13788 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.02
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.4-1.443.70.72.39197.8
1.44-1.48197.8
1.48-1.52198.4
1.52-1.57198.6
1.57-1.62198.7
1.62-1.67199.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4001→25.598 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 681 4.94 %
Rwork0.1923 --
obs0.1937 13778 98.04 %
all-14053 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4001→25.598 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数641 0 6 109 756
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015674
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.776904
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.821263
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.108101
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009120
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4001-1.50810.31591220.25112590X-RAY DIFFRACTION98
1.5081-1.65990.21891410.1752642X-RAY DIFFRACTION99
1.6599-1.90.21991500.17632613X-RAY DIFFRACTION99
1.9-2.39350.24971390.22352545X-RAY DIFFRACTION96
2.3935-25.60230.18371290.17052707X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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