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- PDB-4obx: Crystal structure of yeast Coq5 in the apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4obx
タイトルCrystal structure of yeast Coq5 in the apo form
要素2-methoxy-6-polyprenyl-1,4-benzoquinol methylase, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / Rossmann Fold / methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-methoxy-6-polyprenyl-1,4-benzoquinol methylase / Ubiquinol biosynthesis / 2-polyprenyl-6-methoxy-1,4-benzoquinone methyltransferase activity / extrinsic component of mitochondrial inner membrane / ubiquinone biosynthetic process / aerobic respiration / methylation / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
UbiE/COQ5 methyltransferase / ubiE/COQ5 methyltransferase family signature 1. / UbiE family SAM-binding methyltransferase profile. / ubiE/COQ5 methyltransferase family signature 2. / UbiE/COQ5 methyltransferase, conserved site / ubiE/COQ5 methyltransferase family / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-methoxy-6-polyprenyl-1,4-benzoquinol methylase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Dai, Y.N. / Zhou, K. / Cao, D.D. / Jiang, Y.L. / Meng, F. / Chi, C.B. / Ren, Y.M. / Chen, Y.X. / Zhou, C.Z.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Crystal structures and catalytic mechanism of the C-methyltransferase Coq5 provide insights into a key step of the yeast coenzyme Q synthesis pathway.
著者: Dai, Y.N. / Zhou, K. / Cao, D.D. / Jiang, Y.L. / Meng, F. / Chi, C.B. / Ren, Y.M. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
履歴
登録2014年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月10日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-methoxy-6-polyprenyl-1,4-benzoquinol methylase, mitochondrial
D: 2-methoxy-6-polyprenyl-1,4-benzoquinol methylase, mitochondrial
C: 2-methoxy-6-polyprenyl-1,4-benzoquinol methylase, mitochondrial
B: 2-methoxy-6-polyprenyl-1,4-benzoquinol methylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,3356
ポリマ－117,0094
非ポリマー3262
水7,837435
1
A: 2-methoxy-6-polyprenyl-1,4-benzoquinol methylase, mitochondrial
B: 2-methoxy-6-polyprenyl-1,4-benzoquinol methylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6683
ポリマ－58,5042
非ポリマー1631
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area20850 Å2
手法PISA
2
D: 2-methoxy-6-polyprenyl-1,4-benzoquinol methylase, mitochondrial
C: 2-methoxy-6-polyprenyl-1,4-benzoquinol methylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6683
ポリマ－58,5042
非ポリマー1631
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area20820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.270, 75.640, 84.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
2-methoxy-6-polyprenyl-1,4-benzoquinol methylase, mitochondrial / Ubiquinone biosynthesis methyltransferase COQ5


分子量: 29252.207 Da / 分子数: 4 / 断片: core domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: COQ5, DBI56, YM8339.09C, YML110C / プラスミド: p28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P49017, 2-methoxy-6-polyprenyl-1,4-benzoquinol methylase
#2: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 163.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.38 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20% (w/v) 2-propanol, 20% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.1 M sodium citrate tribasic, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97882 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97882 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.04 Å / Num. obs: 61136 / % possible obs: 98.7 %
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4OBW

4obw


解像度: 2.2→49.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 6.17 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24785 3081 5 %RANDOM
Rwork0.20453 ---
obs0.20672 58051 98.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.911 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.73 Å2-0 Å21.22 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7500 0 22 435 7957
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.027688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0681.95710352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3685936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.48724.624372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.216151364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8251536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21090
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215840
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 189 -
Rwork0.373 4229 -
obs--99.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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