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- PDB-4obp: MAP4K4 in complex with inhibitor (compound 29), 6-(2-FLUOROPYRIDI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4obp
タイトルMAP4K4 in complex with inhibitor (compound 29), 6-(2-FLUOROPYRIDIN-4-YL)PYRIDO[3,2-D]PYRIMIDIN-4-AMINE
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
キーワードtransferase/transferase inhibitor / kinase / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ARF protein signal transduction / MAP kinase kinase kinase kinase activity / positive regulation of hippo signaling / creatine kinase activity / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / regulation of JNK cascade / regulation of MAPK cascade / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of focal adhesion assembly ...positive regulation of ARF protein signal transduction / MAP kinase kinase kinase kinase activity / positive regulation of hippo signaling / creatine kinase activity / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / regulation of JNK cascade / regulation of MAPK cascade / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of GTPase activity / neuron projection morphogenesis / MAPK cascade / microtubule binding / Oxidative Stress Induced Senescence / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...: / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2QU / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Harris, S.F. / Wu, P.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Discovery of Selective 4-Amino-pyridopyrimidine Inhibitors of MAP4K4 Using Fragment-Based Lead Identification and Optimization.
著者: Crawford, T.D. / Ndubaku, C.O. / Chen, H. / Boggs, J.W. / Bravo, B.J. / Delatorre, K. / Giannetti, A.M. / Gould, S.E. / Harris, S.F. / Magnuson, S.R. / McNamara, E. / Murray, L.J. / Nonomiya, ...著者: Crawford, T.D. / Ndubaku, C.O. / Chen, H. / Boggs, J.W. / Bravo, B.J. / Delatorre, K. / Giannetti, A.M. / Gould, S.E. / Harris, S.F. / Magnuson, S.R. / McNamara, E. / Murray, L.J. / Nonomiya, J. / Sambrone, A. / Schmidt, S. / Smyczek, T. / Stanley, M. / Vitorino, P. / Wang, L. / West, K. / Wu, P. / Ye, W.
履歴
登録2014年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月7日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2015
ポリマ－75,7402
非ポリマー4613
水5,783321
1
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3314
ポリマ－37,8701
非ポリマー4613
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8701
ポリマ－37,8701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area26550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.302, 88.688, 91.218
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4 / HPK/GCK-like kinase HGK / MAPK/ERK kinase kinase kinase 4 / MEK kinase kinase 4 / MEKKK 4 / Nck- ...HPK/GCK-like kinase HGK / MAPK/ERK kinase kinase kinase 4 / MEK kinase kinase 4 / MEKKK 4 / Nck-interacting kinase


分子量: 37870.078 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HGK, KIAA0687, MAP4K4, NIK / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O95819, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-2QU / 6-(2-fluoropyridin-4-yl)pyrido[3,2-d]pyrimidin-4-amine / 6-(2-フルオロピリジン-4-イル)ピリド[3,2-d]ピリミジン-4-アミン


分子量: 241.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H8FN5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.64 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.2 M potassium citrate pH 8.3, 20% PEG 3350, vapor diffusion, sitting drop, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月17日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7 % / Av σ(I) over netI: 13.4 / 数: 216377 / Rsym value: 0.045 / D res high: 2.268 Å / D res low: 91.218 Å / Num. obs: 30881 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
7.1791.2299.510.0170.0176.4
5.077.1710010.0210.0216.8
4.145.0710010.0230.0236.8
3.594.1499.410.0310.0316.3
3.213.5999.810.0420.0426.9
2.933.2110010.0640.0647.3
2.712.9310010.1050.1057.3
2.542.7110010.170.177.1
2.392.5410010.2410.2417.2
2.272.3910010.3990.3997.2
反射解像度: 2.27→91.2 Å / Num. obs: 30881 / % possible obs: 99.9 %

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRPacking: 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Blu-Iceデータ収集
BUSTER2.11.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.27→60.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9385 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9241 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.321 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1546 5.07 %RANDOM
Rwork0.2035 ---
obs0.2056 30465 98.99 %-
原子変位パラメータBiso max: 156.19 Å2 / Biso mean: 51.3589 Å2 / Biso min: 18.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.0722 Å20 Å20 Å2
2---7.5949 Å20 Å2
3----1.4773 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.306 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→60.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4652 0 31 321 5004
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1709SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes119HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes704HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4805HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion615SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5853SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4805HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6495HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.91
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.8
LS精密化 シェル解像度: 2.27→2.35 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2753 144 5.08 %
Rwork0.2576 2692 -
all0.2586 2836 -
obs--98.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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