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万見
- PDB-4oav: Complete human RNase L in complex with 2-5A (5'-ppp heptamer), AM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oav
タイトルComplete human RNase L in complex with 2-5A (5'-ppp heptamer), AMPPCP and RNA substrate.
要素
  • PROTEIN (RNase L)
  • RNA (5'-R(P*(PO4)P*(PO4)P*AP*AP*AP*AP*(PO4))-2')
キーワードHYDROLASE/RNA / HPC1 / 2-5A / 2' / 5'-oligoadenylate / interferon / dsRNA / kinase / RNase / RIDD / Ire1 / RNA decay / RNase L protein kinase / pseudokinase / KEN-domain containing / Regulated RNA decay / innate immune response / antiviral response / dsRNA response / 5'-linked oligoadenylates / RNA / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


OAS antiviral response / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / negative regulation of viral genome replication / fat cell differentiation / RNA nuclease activity / RNA processing / ribonucleoprotein complex binding / RNA endonuclease activity / regulation of mRNA stability / positive regulation of glucose import ...OAS antiviral response / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / negative regulation of viral genome replication / fat cell differentiation / RNA nuclease activity / RNA processing / ribonucleoprotein complex binding / RNA endonuclease activity / regulation of mRNA stability / positive regulation of glucose import / mRNA processing / nuclear matrix / rRNA processing / Interferon alpha/beta signaling / defense response to virus / rRNA binding / protein kinase activity / mitochondrial matrix / protein phosphorylation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNase L, RNase domain / KEN domain / Ankyrin repeats (many copies) / KEN domain / KEN domain superfamily / Ribonuclease 2-5A / KEN domain profile. / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / de novo design (two linked rop proteins) / Ankyrin repeat-containing domain ...RNase L, RNase domain / KEN domain / Ankyrin repeats (many copies) / KEN domain / KEN domain superfamily / Ribonuclease 2-5A / KEN domain profile. / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / de novo design (two linked rop proteins) / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Chem-PUP / RNA / 2-5A-dependent ribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Han, Y. / Donovan, J. / Rath, S. / Whitney, G. / Chitrakar, A. / Korennykh, A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Structure of human RNase L reveals the basis for regulated RNA decay in the IFN response.
著者: Han, Y. / Donovan, J. / Rath, S. / Whitney, G. / Chitrakar, A. / Korennykh, A.
履歴
登録2014年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: PROTEIN (RNase L)
A: RNA (5'-R(P*(PO4)P*(PO4)P*AP*AP*AP*AP*(PO4))-2')
D: PROTEIN (RNase L)
C: RNA (5'-R(P*(PO4)P*(PO4)P*AP*AP*AP*AP*(PO4))-2')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,46611
ポリマ－161,8384
非ポリマー1,6287
水16,412911
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13820 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area58100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.610, 160.700, 230.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 BDAC

#1: タンパク質 PROTEIN (RNase L)


分子量: 79416.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05823
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*(PO4)P*(PO4)P*AP*AP*AP*AP*(PO4))-2')


分子量: 1502.733 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemical synthesis

-
非ポリマー , 4種, 918分子

#3: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PUP / (2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-4-hydroxy-2-({[(S)-hydroxy{[(2R,3S,4S)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-3-yl]oxy}phosphoryl]oxy}methyl)tetrahydrofuran-3-yl dihydrogen phosphate


分子量: 520.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N2O15P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 911 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: RNase L (21-719) (15 mg/ml in buffer containing 20 mM HEPES pH 7.5, 109 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 5 mM DTT, 2.8 mM ATP or AMP-PCP, and 10% glycerol) was mixed with 2-5A and RNA18 at molar ratio 1: ...詳細: RNase L (21-719) (15 mg/ml in buffer containing 20 mM HEPES pH 7.5, 109 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 5 mM DTT, 2.8 mM ATP or AMP-PCP, and 10% glycerol) was mixed with 2-5A and RNA18 at molar ratio 1:1.5:1, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月1日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL11 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.7 Å / Num. all: 128179 / Num. obs: 128124 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4G8L

4g8l


解像度: 2.1→46.622 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2287 6405 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.1995 128099 99.95 %-
all-128124 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.622 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10751 202 99 911 11963
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411270
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92215244
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.8446924
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721677
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031913
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.12390.31672080.2853945X-RAY DIFFRACTION100
2.1239-2.14890.30212130.2774042X-RAY DIFFRACTION100
2.1489-2.17510.31632110.26684037X-RAY DIFFRACTION100
2.1751-2.20260.32332080.26563935X-RAY DIFFRACTION100
2.2026-2.23160.30622130.25514047X-RAY DIFFRACTION100
2.2316-2.26210.29832130.24854046X-RAY DIFFRACTION100
2.2621-2.29450.29632080.2443949X-RAY DIFFRACTION100
2.2945-2.32870.29282120.23344034X-RAY DIFFRACTION100
2.3287-2.36510.28472120.24224028X-RAY DIFFRACTION100
2.3651-2.40390.28022110.23784016X-RAY DIFFRACTION100
2.4039-2.44530.28652120.23044036X-RAY DIFFRACTION100
2.4453-2.48980.29522100.22194003X-RAY DIFFRACTION100
2.4898-2.53770.25682140.22394049X-RAY DIFFRACTION100
2.5377-2.58950.26152110.22024020X-RAY DIFFRACTION100
2.5895-2.64580.28312120.21374021X-RAY DIFFRACTION100
2.6458-2.70730.22582120.21434025X-RAY DIFFRACTION100
2.7073-2.7750.2572130.21394045X-RAY DIFFRACTION100
2.775-2.850.25762110.21544024X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.93390.27832160.20984091X-RAY DIFFRACTION100
2.9339-3.02850.25532100.20654006X-RAY DIFFRACTION100
3.0285-3.13680.24822140.20744060X-RAY DIFFRACTION100
3.1368-3.26230.21732160.20514101X-RAY DIFFRACTION100
3.2623-3.41080.23392130.19744038X-RAY DIFFRACTION100
3.4108-3.59050.19382140.18384076X-RAY DIFFRACTION100
3.5905-3.81540.222150.1794089X-RAY DIFFRACTION100
3.8154-4.10980.19012160.16674101X-RAY DIFFRACTION100
4.1098-4.52310.1712180.1594146X-RAY DIFFRACTION100
4.5231-5.17680.16472170.15724124X-RAY DIFFRACTION100
5.1768-6.51940.2222220.19194200X-RAY DIFFRACTION100
6.5194-46.63340.1932300.17954360X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.60280.86110.04143.5428-0.38070.4215-0.0289-0.061-0.0636-0.01470.08630.00970.03040.0136-0.05180.3120.04320.0330.3882-0.00130.324913.7076-15.3912107.7443
24.44690.99711.60022.7710.69833.0227-0.04730.0927-0.0024-0.18120.1201-0.0492-0.00360.0369-0.0710.4404-0.0663-0.00180.3465-0.01610.254512.642711.977982.3975
32.64270.36381.01751.9443-0.26626.8643-0.06770.3197-0.0116-0.21030.09090.0373-0.1989-0.3621-0.01840.5571-0.0869-0.03380.5361-0.01080.33020.243812.684960.0183
43.5898-0.7616-0.97333.02210.06596.75730.1404-0.0528-0.0525-0.059-0.1885-0.0311-0.0845-0.16450.02760.5925-0.1224-0.04960.58130.03410.33325.68718.688928.5636
50.70050.81440.16962.35190.34710.3027-0.0653-0.08990.0798-0.03380.0370.2134-0.0027-0.04850.02650.28990.0243-0.02210.3556-0.0340.31118.512815.3748107.172
64.13730.4143-1.62772.7522-1.10783.1384-0.03680.0804-0.0942-0.03040.16710.1632-0.0859-0.1928-0.12270.4674-0.08090.00450.3717-0.02540.288311.5027-12.495682.5443
73.68310.0325-1.78122.05370.02687.18150.01080.2434-0.0347-0.1650.0291-0.07850.17920.3085-0.00750.4993-0.07660.0180.4342-0.02950.310126.5704-13.254361.88
83.3502-0.52850.63783.89420.34917.73830.02750.3432-0.0897-0.4595-0.07220.01590.30680.1460.04140.6183-0.04640.04470.69510.0080.320726.5898-9.153229.9256
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND ( RESID 1:6 OR RESID 7:7 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 26:327 )C1 - 6
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND ( RESID 1:6 OR RESID 7:7 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 26:327 )C7
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND ( RESID 1:6 OR RESID 7:7 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 26:327 )D26 - 327
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN D AND RESID 336:436 )D336 - 436
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN D AND ( RESID 437:586 OR RESID 1001:1003 ) )D437 - 586
6X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN D AND ( RESID 437:586 OR RESID 1001:1003 ) )D1001 - 1003
7X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND ( RESID 587:719 OR RESID 1004:1004 ) )D587 - 719
8X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND ( RESID 587:719 OR RESID 1004:1004 ) )D1004
9X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND ( RESID 1:6 OR RESID 7:7 ) ) OR ( CHAIN B AND RESID 24:327 )A1 - 6
10X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND ( RESID 1:6 OR RESID 7:7 ) ) OR ( CHAIN B AND RESID 24:327 )A7
11X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND ( RESID 1:6 OR RESID 7:7 ) ) OR ( CHAIN B AND RESID 24:327 )B24 - 327
12X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 336:436 )B336 - 436
13X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND ( RESID 437:586 OR RESID 801:803 ) )B437 - 586
14X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND ( RESID 437:586 OR RESID 801:803 ) )B801 - 803
15X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND ( RESID 587:717 OR RESID 1012:1014 ) )B587 - 717
16X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND ( RESID 587:717 OR RESID 1012:1014 ) )B1012 - 1014

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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