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- PDB-4o9s: Crystal structure of Retinol-Binding Protein 4 (RBP4)in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o9s
タイトルCrystal structure of Retinol-Binding Protein 4 (RBP4)in complex with a non-retinoid ligand
要素Retinol-binding protein 4
キーワードPROTEIN BINDING / retinol binding / Disease mutation / Retinol-binding / Secreted / Sensory transduction / Transport / Vision / Vitamin A / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Retinoid metabolism disease events / urinary bladder development / vitamin A import into cell / embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / retinol transport / female genitalia morphogenesis / retinol transmembrane transporter activity / embryonic organ morphogenesis / maintenance of gastrointestinal epithelium / embryonic skeletal system development ...Retinoid metabolism disease events / urinary bladder development / vitamin A import into cell / embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / retinol transport / female genitalia morphogenesis / retinol transmembrane transporter activity / embryonic organ morphogenesis / maintenance of gastrointestinal epithelium / embryonic skeletal system development / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / detection of light stimulus involved in visual perception / retinal metabolic process / molecular carrier activity / eye development / heart trabecula formation / retinal binding / retinol metabolic process / cardiac muscle tissue development / retinol binding / positive regulation of immunoglobulin production / Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / response to muscle activity / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / uterus development / vagina development / phototransduction, visible light / response to retinoic acid / Retinoid metabolism and transport / lung development / gluconeogenesis / response to insulin / positive regulation of insulin secretion / male gonad development / glucose homeostasis / heart development / response to ethanol / spermatogenesis / response to xenobiotic stimulus / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Retinol binding protein/Purpurin / Lipocalin, ApoD type / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2RY / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Retinol-binding protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wang, Z. / Johnstone, S. / Walker, N.P.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Structure-assisted discovery of the first non-retinoid ligands for Retinol-Binding Protein 4.
著者: Wang, Y. / Connors, R. / Fan, P. / Wang, X. / Wang, Z. / Liu, J. / Kayser, F. / Medina, J.C. / Johnstone, S. / Xu, H. / Thibault, S. / Walker, N. / Conn, M. / Zhang, Y. / Liu, Q. / Grillo, M. ...著者: Wang, Y. / Connors, R. / Fan, P. / Wang, X. / Wang, Z. / Liu, J. / Kayser, F. / Medina, J.C. / Johnstone, S. / Xu, H. / Thibault, S. / Walker, N. / Conn, M. / Zhang, Y. / Liu, Q. / Grillo, M.P. / Motani, A. / Coward, P. / Wang, Z.
履歴
登録2014年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年2月19日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinol-binding protein 4
B: Retinol-binding protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,63734
ポリマ－49,9182
非ポリマー2,71932
水4,161231
1
A: Retinol-binding protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,38918
ポリマ－24,9591
非ポリマー1,43017
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Retinol-binding protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,24816
ポリマ－24,9591
非ポリマー1,28915
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Retinol-binding protein 4
ヘテロ分子

B: Retinol-binding protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,63734
ポリマ－49,9182
非ポリマー2,71932
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_455y-1,-x+y,z+1/61
Buried area6000 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area19200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.737, 85.737, 118.806
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Retinol-binding protein 4 / Plasma retinol-binding protein / PRBP / RBP / Plasma retinol-binding protein(1-182) / Plasma ...Plasma retinol-binding protein / PRBP / RBP / Plasma retinol-binding protein(1-182) / Plasma retinol-binding protein(1-181) / Plasma retinol-binding protein(1-179) / Plasma retinol-binding protein(1-176)


分子量: 24958.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBP4, PRO2222 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02753

-
非ポリマー , 5種, 263分子

#2: 化合物 ChemComp-2RY / 1-[4-(7-thia-9,11-diazatricyclo[6.4.0.0^{2,6}]dodeca-1(12),2(6),8,10-tetraen-12-yl)piperazin-1-yl]-2-[2-(trifluoromethyl)phenyl]ethanone


分子量: 446.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21F3N4OS
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.29 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1M ammonium phosphate dibasic, 0.1M imidazole, 0.2M sodium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月27日
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL, SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→63 Å / Num. all: 22054 / Num. obs: 22050 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 7.852 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.345 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26072 1128 5.1 %RANDOM
Rwork0.23116 ---
obs0.23265 20882 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.782 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20.18 Å2-0 Å2
2--0.35 Å2-0 Å2
3----1.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2822 0 176 231 3229
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.023053
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1381.9744085
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.62136442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4295349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.74523.885157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.48215484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.2331524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02737
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2883.1431399
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2883.1421398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.5414.7111747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.5414.7121748
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.1713.2041654
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.1713.2041654
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.3374.7362339
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.1925.3253549
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.1925.3253549
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 66 -
Rwork0.288 1548 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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