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万見
- PDB-4o8w: Crystal Structure of the GerD spore germination protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o8w
タイトルCrystal Structure of the GerD spore germination protein
要素Spore germination protein
キーワードstructural protein / signaling protein / superhelical rope fold / scaffold / spore inner membrane
機能・相同性Spore germination GerD, central core domain / Spore germination GerD central core domain / Spore germination protein
機能・相同性情報
生物種Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.293 Å
データ登録者Li, Y. / Jin, K. / Ghosh, S. / Devarakonda, P. / Carlson, K. / Davis, A. / Stewart, K. / Cammett, E. / Rossi, P.P. / Setlow, B. ...Li, Y. / Jin, K. / Ghosh, S. / Devarakonda, P. / Carlson, K. / Davis, A. / Stewart, K. / Cammett, E. / Rossi, P.P. / Setlow, B. / Lu, M. / Setlow, P. / Hao, B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural and Functional Analysis of the GerD Spore Germination Protein of Bacillus Species.
著者: Li, Y. / Jin, K. / Ghosh, S. / Devarakonda, P. / Carlson, K. / Davis, A. / Stewart, K.A. / Cammett, E. / Rossi, P.P. / Setlow, B. / Lu, M. / Setlow, P. / Hao, B.
履歴
登録2013年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spore germination protein
B: Spore germination protein
C: Spore germination protein
D: Spore germination protein
E: Spore germination protein
F: Spore germination protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,6216
ポリマ－86,6216
非ポリマー00
水2,864159
1
A: Spore germination protein
B: Spore germination protein
C: Spore germination protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3113
ポリマ－43,3113
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12670 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area17590 Å2
手法PISA
2
D: Spore germination protein
E: Spore germination protein
F: Spore germination protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3113
ポリマ－43,3113
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13740 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area17910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.748, 98.450, 127.485
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21F
12B
22D
13C
23E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A25 - 122
2116F25 - 122
1126B26 - 122
2126D26 - 122
1136C13 - 120
2136E13 - 120

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Spore germination protein


分子量: 14436.869 Da / 分子数: 6 / 変異: K113R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
株: PS3001 / 遺伝子: gerD, GK0144 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5L3Q1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl, 15% ethyl alcohol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.96 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→54.47 Å / Num. all: 34394 / Num. obs: 34360 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 39.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 30.5
反射 シェル解像度: 2.29→2.38 Å / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 3365 / Rsym value: 0.463 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.293→54.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 15.222 / SU ML: 0.17 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 1 / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25594 1734 5.1 %RANDOM
Rwork0.20009 ---
all0.21 34938 --
obs0.20283 32570 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.439 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.85 Å20 Å20 Å2
2---4.33 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.293→54.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5193 0 0 159 5352
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225335
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023576
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1441.9777188
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8738851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6425698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.91326.089202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.915151000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6351513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2821
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025908
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02943
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.41833498
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.35831376
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.54455545
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.90581837
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.189111643
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1223LOOSE POSITIONAL0.55
1A1223LOOSE THERMAL3.3510
2B1133LOOSE POSITIONAL0.465
2B1133LOOSE THERMAL3.1910
3C1351LOOSE POSITIONAL0.635
3C1351LOOSE THERMAL3.0710
LS精密化 シェル解像度: 2.293→2.352 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 124 -
Rwork0.188 2240 -
obs-2066 94.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8026-0.29840.11460.6522-0.21615.12330.0686-0.07190.22250.05610.0206-0.0362-0.5786-0.2695-0.08920.08230.01750.0390.0316-0.01790.1179-27.6583-3.17727.5145
20.9095-0.34490.01170.472-0.1715.78620.0616-0.06120.20370.0474-0.01050.0021-0.5346-0.1593-0.05110.06890.00020.050.0155-0.03330.1244-27.0667-2.456729.3851
30.8935-0.44540.37690.5773-0.13684.88370.0269-0.04360.21380.0280.0272-0.058-0.5673-0.3275-0.0540.08770.02480.05490.0389-0.03170.1745-27.2988-2.302626.9671
40.32390.0254-1.24540.37520.30396.6420.0225-0.0039-0.04070.08460.0123-0.04850.14570.2191-0.03480.03680.0071-0.00970.0934-0.02860.0904-16.2916-25.96512.6729
50.1947-0.0641-0.44360.11280.27992.70490.0563-0.0163-0.02520.01970.03050.02160.20720.1731-0.08680.08320.0148-0.0140.1181-0.020.111-16.4078-26.2954.9699
60.4065-0.201-0.99950.36571.17646.7427-0.02280.0487-0.06840.062-0.0550.01270.3154-0.05090.07780.0221-0.01280.00620.0497-0.01440.08-17.1264-25.67664.0309
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A69 - 178
2X-RAY DIFFRACTION2B63 - 178
3X-RAY DIFFRACTION3C64 - 176
4X-RAY DIFFRACTION4D60 - 179
5X-RAY DIFFRACTION5E61 - 175
6X-RAY DIFFRACTION6F66 - 180

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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