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- PDB-4o8u: Structure of PF2046 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o8u
タイトルStructure of PF2046
要素Uncharacterized protein PF2046
キーワードUNKNOWN FUNCTION / low resolution diffraction / PF2046 / B-factorsharpening / homodimer of trimers
機能・相同性Protein of unknown function DUF4152 / Protein of unknown function DUF4152 / Protein of unknown function (DUF4152) / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / DUF4152 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.345 Å
データ登録者Su, J. / Liu, Z.-J.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of a novel non-Pfam protein PF2046 solved using low resolution B-factor sharpening and multi-crystal averaging methods
著者: Su, J. / Li, Y. / Shaw, N. / Zhou, W.H. / Zhang, M. / Xu, H. / Wang, B.-C. / Liu, Z.-J.
履歴
登録2013年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein PF2046
B: Uncharacterized protein PF2046
C: Uncharacterized protein PF2046
D: Uncharacterized protein PF2046
E: Uncharacterized protein PF2046
F: Uncharacterized protein PF2046


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,3576
ポリマ－154,3576
非ポリマー00
水5,801322
1
A: Uncharacterized protein PF2046
B: Uncharacterized protein PF2046
E: Uncharacterized protein PF2046


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1793
ポリマ－77,1793
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area28170 Å2
手法PISA
2
C: Uncharacterized protein PF2046
D: Uncharacterized protein PF2046
F: Uncharacterized protein PF2046


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1793
ポリマ－77,1793
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area28260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)218.381, 125.640, 94.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.86, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein PF2046


分子量: 25726.184 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: DSM 3638 / 遺伝子: PF2046 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TZE9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 20% PEG 4000, 20% (v/v) 2-propanol, 0.1M sodium citrate, 0.1M sodium acetate pH 5.0, 0.1M sodium chloride, 10% (w/v) MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年5月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.345→50 Å / Num. all: 103609 / Num. obs: 88068 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 36.82 Å2
反射 シェル解像度: 2.34→2.4 Å / % possible all: 85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.345→36.068 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7905 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2378 1999 2.27 %RANDOM
Rwork0.2014 ---
all0.2032 103609 --
obs0.2022 88068 85.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 155.09 Å2 / Biso mean: 52.4804 Å2 / Biso min: 21.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.345→36.068 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10542 0 0 322 10864
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01110734
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.43914562
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.543990
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.111662
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071854
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3452-2.40380.3647850.27963652373751
2.4038-2.46880.32751000.2484294439459
2.4688-2.54140.3251120.23174807491967
2.5414-2.62340.29621240.23755357548174
2.6234-2.71720.24281360.25295854599082
2.7172-2.82590.29451520.24266521667390
2.8259-2.95450.27891610.23596959712096
2.9545-3.11020.24651670.234971807347100
3.1102-3.30490.28531680.230272287396100
3.3049-3.55990.25331670.2172037370100
3.5599-3.91770.26981210.18855192531371
3.9177-4.48370.18271680.158672317399100
4.4837-5.64550.17931670.152172377404100
5.6455-36.07210.211710.202573547525100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -36.3957 Å / Origin y: -60.8628 Å / Origin z: -0.2437 Å
111213212223313233
T0.2187 Å2-0.0004 Å2-0.001 Å2-0.2166 Å2-0.0017 Å2--0.2695 Å2
L0.308 °20.0054 °2-0.0311 °2-0.2684 °2-0.0016 °2--0.4044 °2
S-0.0115 Å °0.0144 Å °-0.0107 Å °-0.0224 Å °-0.0127 Å °-0.0028 Å °-0.0064 Å °0.0048 Å °0.0215 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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