PDB-4o8t: Structure of sortase A C207A mutant from Streptococcus pneumoniae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o8t

タイトル

Structure of sortase A C207A mutant from Streptococcus pneumoniae

要素

Sortase

キーワード

HYDROLASE / 8-stranded beta barrel / sortase-fold / cysteine transpeptidase

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Misra, A. / Biswas, T. / Das, S. / Marathe, U. / Roy, R.P. / Ramakumar, S.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of sortase A C207A mutant from Streptococcus pneumoniae
著者: Misra, A. / Biswas, T. / Das, S. / Marathe, U. / Roy, R.P. / Ramakumar, S.

履歴

登録	2013年12月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o8t.cif.gz	411.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o8t.ent.gz	338.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o8t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4o8t_validation.pdf.gz	484.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o8t_full_validation.pdf.gz	489.5 KB	表示
XML形式データ	4o8t_validation.xml.gz	38 KB	表示
CIF形式データ	4o8t_validation.cif.gz	52.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/4o8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/4o8t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fn5S 4o8l S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ufi-d 4o8l-2 5agw-d 2raf-1 2qqi-d 5agx-d 5lv4-d 7c8u-d 6l93-6 3ayc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sortase

B: Sortase

C: Sortase

D: Sortase

E: Sortase

F: Sortase

ヘテロ分子

127 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sortase

B: Sortase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Sortase

D: Sortase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Sortase

F: Sortase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.570, 113.330, 81.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.800, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

The biological unit is a dimer. There are 3 such biological units (dimers) in the asymmetric unit (One dimer is formed by chains A & B, the second one by chains C & D and the third dimer by chains E & F).

#1: タンパク質	Sortase 分子量: 21077.781 Da / 分子数: 6 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, UNP residues 82-247 / 変異: C207A, T176A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: sortase A, spr1098, srtA / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8DPM3, sortase A
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.61 % / Mosaicity: 0.93 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法, under oil / pH: 7 詳細: 0.2M tri-ammonium citrate pH 7.0, 20%(w/v) PEG3350, 1.0M Guanidine hydrochloride, Microbatch, Under oil, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.9772 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月23日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9772 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.48→91.598 Å / Num. all: 50010 / Num. obs: 50010 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / R_sym value: 0.092 / Net I/σ(I): 10.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.48-2.61	4.1	0.547	1.4	29473	7245	0.311	0.547	2.5	99.7
2.61-2.77	4.2	0.389	2	28653	6888	0.218	0.389	3.6	100
2.77-2.96	4.2	0.26	2.9	27042	6475	0.146	0.26	5.1	100
2.96-3.2	4.2	0.157	4.7	25303	6042	0.088	0.157	7.8	100
3.2-3.51	4.2	0.096	7.6	23223	5542	0.054	0.096	11.8	100
3.51-3.92	4.2	0.061	11.1	21177	5044	0.034	0.061	16.9	100
3.92-4.53	4.2	0.047	13.1	18695	4460	0.026	0.047	20.9	100
4.53-5.55	4.2	0.052	11.4	15688	3745	0.029	0.052	21.3	100
5.55-7.84	4.1	0.066	8	12046	2936	0.037	0.066	18.8	100
7.84-47.151	4	0.038	11.4	6601	1633	0.022	0.038	23.3	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3FN5

3fn5

解像度: 2.48→46.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / WR_factor R_free: 0.2115 / WR_factor R_work: 0.1724 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8392 / SU B: 16.306 / SU ML: 0.179 / SU R Cruickshank DPI: 0.3481 / SU R_free: 0.2357 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2239	2535	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1824	-	-	-
obs	0.1846	49987	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.71 Å² / B_iso mean: 44.8676 Å² / B_iso min: 13.05 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.94 Å²	0 Å²	-1.05 Å²
2-	-	1.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.48→46.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8012	0	6	234	8252

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	8161
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7730
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.226	1.967	11052
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.869	3	17805
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.875	5	1021
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.144	25.707	382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.746	15	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.067	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	9320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1760

LS精密化シェル

解像度: 2.48→2.544 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	204	-
R_work	0.284	3473	-
all	-	3677	-
obs	-	-	99.41 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2728	-1.327	-1.4062	1.2154	0.5615	2.2585	-0.0476	-0.1522	0.053	-0.1473	0.0119	-0.0977	0.0924	-0.0791	0.0357	0.4777	-0.0511	0.0861	0.2577	-0.0198	0.0218	8.8877	-42.1324	24.142
2	1.8297	0.1222	0.6813	0.805	0.864	1.9405	-0.0641	-0.089	-0.2163	0.0556	-0.006	0.0466	0.0278	-0.1051	0.0701	0.3955	0.0199	0.0587	0.2665	-0.0386	0.0537	-23.1744	-41.0759	12.0686
3	2.5225	0.4703	-0.0795	1.1779	0.6401	1.6793	-0.1493	-0.0126	-0.2008	0.0246	-0.0428	0.0419	0.0793	0.0343	0.192	0.4613	0.036	0.0861	0.2691	-0.0238	0.0504	-19.5292	-41.4117	11.5948
4	2.4023	-0.3769	-1.2142	0.6756	0.0087	1.8784	0.0216	-0.3667	-0.027	-0.027	0.1292	-0.0769	-0.0116	-0.0184	-0.1507	0.4168	0.0065	0.0365	0.3201	-0.0262	0.0535	9.8428	-40.3954	28.3747
5	0.457	-1.0333	-0.2193	2.7673	-0.1107	1.172	0.1317	-0.0811	0.0692	-0.1985	0.1338	-0.0896	-0.1782	-0.05	-0.2655	0.4489	-0.0571	0.1156	0.2275	0.0569	0.1405	-53.2064	-10.4317	14.4681
6	0.8702	-0.6688	0.1891	1.8207	0.1978	0.8598	-0.0749	0.082	-0.031	0.2503	0.2442	0.2237	0.0573	0.1396	-0.1693	0.4444	0.049	0.0718	0.2049	-0.0297	0.1324	-21.4476	-13.9648	27.9912
7	0.2708	0.2698	0.0039	2.9655	0.7264	1.1068	-0.0112	0.0877	0.0468	0.189	0.1487	0.2199	0.0367	0.104	-0.1375	0.4209	0.044	0.1148	0.2095	-0.0251	0.1007	-23.2412	-9.8842	27.1792
8	2.5305	-0.0125	0.0831	1.8826	0.2383	0.3955	0.2099	-0.1389	-0.2106	-0.2224	-0.0092	0.022	-0.1297	0.0187	-0.2007	0.4563	-0.0267	0.0807	0.1867	0.0027	0.1273	-55.3819	-14.7643	13.3344
9	1.8204	0.8983	0.014	1.2847	-0.7321	0.972	0.0392	0.2111	0.1202	0.1544	-0.0065	0.1906	0.0023	0.1863	-0.0327	0.4244	0.0198	0.1038	0.2547	-0.0349	0.0705	-9.14	14.9301	17.2794
10	1.84	-0.5705	1.0335	0.5948	0.1411	1.7972	-0.0003	0.1302	0.0227	0.0687	-0.1812	0.0295	-0.1127	0.2144	0.1815	0.3571	-0.068	0.0858	0.3075	0.1435	0.1325	23.6958	13.598	25.2792
11	1.2668	-0.4591	0.7524	1.3288	-1.046	1.5217	-0.0017	-0.0941	-0.0447	0.0062	-0.1133	0.0328	0.0832	0.0417	0.1151	0.4025	0.0011	0.1138	0.2772	0.1058	0.1072	20.4238	11.0206	27.6192
12	3.4015	0.1112	0.6094	1.3158	-0.2126	1.0941	-0.0523	0.4487	0.0658	0.04	0.112	0.1624	0.0265	0.1119	-0.0597	0.3556	-0.0478	0.0672	0.3142	0.0067	0.0349	-10.1847	16.3072	13.3466

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	75 - 188
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	189 - 247
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	91 - 189
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	190 - 247
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	73 - 189
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	190 - 247
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	74 - 188
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	189 - 247
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	74 - 185
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	186 - 247
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	74 - 192
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	193 - 247

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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