PDB-4o8k: Crystal structure of Type III pantothenate kinase from Burkholder...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o8k

タイトル

Crystal structure of Type III pantothenate kinase from Burkholderia thailandensis, apo structure

要素

Type III pantothenate kinase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Type III pantothenate kinase / Pantothenate / kinase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Type III pantothenate kinase from Burkholderia thailandensis, apo structure
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2013年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o8k.cif.gz	202.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o8k.ent.gz	161.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o8k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4o8k_validation.pdf.gz	456.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o8k_full_validation.pdf.gz	458.2 KB	表示
XML形式データ	4o8k_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	4o8k_validation.cif.gz	34.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/4o8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/4o8k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4o5fS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3o8q-d 1rv8-2 6eod-1 4qre-d 3pgj-2 5wjq-d 2ev9-d 3r1x-1 5ung-d 4gbj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-ButhA.17924.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Type III pantothenate kinase

B: Type III pantothenate kinase

ヘテロ分子

59.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.940, 95.940, 109.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-560- HOH
2	1	B-409- HOH
3	1	B-444- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 258 / Label seq-ID: 24 - 279

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Type III pantothenate kinase / PanK-III / Pantothenic acid kinase 分子量: 29605.643 Da / 分子数: 2 / 断片: ButhA.17924.a.A1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 株: E264 / 遺伝子: BTH_I0369, coaX / プラスミド: ButhA.17294.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2T1M2, pantothenate kinase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Rigaku Reagents, JCSG+ c5: 800mM KH2PO4, 800mm Na2HPO4, 100mM HEPES/NaOH pH 7.5; ButhA.17924.a.A1.PD0391 at 20.0mg/ml, tray 251248c5, puck iyg6-15, cryo: 25% EG in two steps, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Rigaku Reagents, JCSG+ c5: 800mM KH2PO4, 800mm Na2HPO4, 100mM HEPES/NaOH pH 7.5; ButhA.17924.a.A1.PD0391 at 20.0mg/ml, tray 251248c5, puck iyg6-15, cryo: 25% EG in two steps, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

結晶

マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Rigaku Reagents, JCSG+ c5: 800mM KH2PO4, 800mm Na2HPO4, 100mM HEPES/NaOH pH 7.5; ButhA.17924.a.A1.PD0391 at 20.0mg/ml, tray 251248c5, puck iyg6-15, cryo: 25% EG in two steps, VAPOR DIFFUSION, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月22日

放射

モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 56674 / Num. obs: 56269 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 30.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.043 / R_sym value: 0.043 / Net I/σ(I): 24.85

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.74	0.376	4.67	25474	4056	1	97.8
1.74-1.79	0.311	6.08	29013	4003	1	100
1.79-1.84	0.255	7.42	28262	3905	1	99.9
1.84-1.9	0.221	8.74	27569	3791	1	99.8
1.9-1.96	0.152	12.8	26566	3697	1	99.8
1.96-2.03	0.127	14.88	25516	3536	1	99.6
2.03-2.11	0.104	17.87	24844	3472	1	99.8
2.11-2.19	0.087	20.81	23606	3301	1	99.7
2.19-2.29	0.079	24	22894	3202	1	99.5
2.29-2.4	0.066	26.92	21920	3041	1	99.7
2.4-2.53	0.055	30.96	21024	2921	1	99.5
2.53-2.69	0.048	34.13	19984	2764	1	99.5
2.69-2.87	0.044	37.87	18746	2588	1	99.4
2.87-3.1	0.037	43.33	17557	2435	1	99.5
3.1-3.4	0.033	49.48	15978	2241	1	99.1
3.4-3.8	0.032	52.05	14369	2036	1	98.8
3.8-4.39	0.029	55.28	12547	1812	1	98.6
4.39-5.38	0.026	57.49	10786	1540	1	98.2
5.38-7.6	0.026	56.19	8582	1215	1	97.1
7.6-50	0.023	57.72	4551	713	1	93.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.5	位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
BOS		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 4O5F, pantothenate-bound structure, residues 85-150

4o5f

解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 3.411 / SU ML: 0.058 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1864	2797	5 %	RANDOM
R_work	0.1619	-	-	-
all	0.1631	56674	-	-
obs	0.1631	56234	99.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.26 Å² / B_iso mean: 29.2943 Å² / B_iso min: 14.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.72 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3635	0	30	400	4065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	3798
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	3635
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.548	1.947	5204
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.201	3	8296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.66	5	514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.375	22.158	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.614	15	501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.256	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	609
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	4362
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	873
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.393	1.661	2017
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.376	1.66	2016
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.167	2.481	2520

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 12505 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	173	-
R_work	0.199	3876	-
all	-	4049	-
obs	-	4056	97.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5176	1.0733	-1.387	3.1973	-0.709	2.9245	-0.1619	-0.0937	-0.2308	-0.1704	-0.0769	-0.2484	0.7706	0.4774	0.2388	0.2347	0.1303	0.0539	0.1013	0.024	0.1267	23.455	41.257	18.6
2	0.1488	0.0328	0.2085	0.142	0.0057	0.3282	0.0026	0.0054	-0.0398	0.0001	0.0161	-0.0298	0.0145	0.0076	-0.0187	0.0779	0.0031	0.0026	0.0828	0.0188	0.1094	22.725	49.057	37.584
3	1.0369	-0.3906	-0.0422	4.2393	-4.1517	4.2483	0.1616	-0.0243	0.2702	0.7374	-0.0926	-0.0595	-0.8391	0.0972	-0.069	0.4471	-0.0265	0.067	0.0264	-0.0298	0.1291	43.556	77.943	71.426
4	0.7184	0.2466	0.8473	0.2268	0.2058	1.561	-0.0338	-0.0557	0.0926	0.0237	0.0124	0.0468	-0.1225	-0.0284	0.0214	0.1086	0.0121	-0.0048	0.0658	0.0046	0.0811	34.635	61.749	62.388

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 48
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	49 - 259
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	3 - 51
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	52 - 258

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関連情報:EMDBヘッダ

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