PDB-4o88: Crystal structure of a C-tagged Nuclease

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o88

タイトル

Crystal structure of a C-tagged Nuclease

要素

N-tagged Nuclease

キーワード

HYDROLASE / Novel fold / Nuclease

機能・相同性

Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Millerozyma acaciae (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Molecular refinement / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Chakravarty, A.K. / Smith, P. / Shuman, S.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: Structure, mechanism, and specificity of a eukaryal tRNA restriction enzyme involved in self-nonself discrimination.
著者: Chakravarty, A.K. / Smith, P. / Jalan, R. / Shuman, S.

履歴

登録	2013年12月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o88.cif.gz	264.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o88.ent.gz	216.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o88.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4o88_validation.pdf.gz	459.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o88_full_validation.pdf.gz	468.1 KB	表示
XML形式データ	4o88_validation.xml.gz	25.7 KB	表示
CIF形式データ	4o88_validation.cif.gz	35.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/4o88 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/4o88	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4o87C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4o87-d 5hp6-d 6guu-d 5zql-d 5z5h-1 4z64-d 5iuj-2 3r4i-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-tagged Nuclease

B: N-tagged Nuclease

ヘテロ分子

76 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: N-tagged Nuclease

B: N-tagged Nuclease

ヘテロ分子

A: N-tagged Nuclease

B: N-tagged Nuclease

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.879, 77.455, 147.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	N-tagged Nuclease 分子量: 37048.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Millerozyma acaciae (菌類) / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q707V3
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.58 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 100 mM Sodium citrate, 3 - 3.5 M Ammonium sulfate, 100 mM Magnesium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 130 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.176 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月24日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.176 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→45.95 Å / Num. all: 16413 / Num. obs: 16216 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 9999 / Observed criterion σ(I): 9999
反射シェル	解像度: 2.9→3.07 Å / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法: Molecular refinement / 解像度: 2.9→45.95 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2466	610	3.78 %
R_work	0.1879	-	-
obs	0.1901	16139	98.52 %
all	-	16413	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→45.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4975	0	97	164	5236

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5135
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.065	6940
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.417	1892
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	777
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	884

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9001-3.1919	0.3275	146	0.2434	3699	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1919-3.6536	0.2726	153	0.2014	3878	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6536-4.6025	0.2237	153	0.1573	3883	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6025-45.9587	0.212	158	0.1825	4069	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3856	0.5513	-0.7536	0.1365	-0.4358	1.0088	-0.1121	0.1534	0.0264	0.075	0.0289	-0.0568	0.0274	0.0164	-0	0.2943	0.0479	-0.0249	0.1541	-0.0591	0.2903	1.1643	37.3887	72.318
2	2.711	0.57	-0.567	0.184	-0.0791	1.7812	0.116	-0.0688	-0.127	0.1985	0.0163	-0.063	0.111	0.0135	0	0.3077	0.0042	0.0054	0.1548	0.0098	0.3177	-1.4358	41.2283	78.8166
3	1.3758	1.136	-0.9545	1.6705	-0.0713	1.2687	0.0658	-0.043	-0.0179	-0.0849	-0.0695	0.0695	0.0238	-0.135	-0	0.3016	-0.0116	-0.0233	0.2401	0.0026	0.3526	-27.4537	32.5019	87.0548
4	1.2078	0.3183	0.0186	1.7973	-0.3039	1.0228	0.0324	-0.477	-0.6719	-0.1099	-0.1136	-0.4582	0.3424	0.6314	-0.0023	0.5184	0.009	-0.0072	0.5943	-0.02	0.6059	4.5905	46.8632	84.8106
5	3.1861	-0.4279	-0.9069	0.539	0.2739	0.9693	-0.0168	0.1273	-0.1455	-0.0405	-0.0031	0.0744	0.005	-0.1793	0	0.3158	-0.0367	0.0025	0.2836	0.0135	0.2506	-0.8756	34.9161	124.5705
6	3.233	-0.289	-1.1167	0.5535	-0.3772	2.7559	0.1831	0.6532	-0.1347	-0.2043	-0.1155	-0.0104	0.1573	-0.0966	-0.0001	0.366	-0.0088	-0.0042	0.4468	-0.0519	0.2886	1.6841	39.3709	118.5568
7	3.1112	-0.7528	-1.433	2.0543	0.7215	4.2445	0.0441	0.1387	0.0553	-0.0838	0.0201	0.0977	0.2416	-0.1964	0.0001	0.4076	-0.0352	0.0348	0.504	0.0208	0.2959	23.117	34.6581	109.1691
8	0.8969	0.5571	0.338	0.7314	0.7667	0.972	0.2637	1.4702	-0.2578	0.0429	-0.0445	0.2637	-0.187	-0.8842	-0.0015	0.5799	0.1515	0.084	0.998	0.1432	0.6519	-11.2495	44.1405	114.6922

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 103 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 104 through 197 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 198 through 261 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 262 through 318 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 3 through 103 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 104 through 198 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 199 through 282 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 283 through 318 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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