PDB-4o6v: Crystal Structure of a 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o6v

タイトル

Crystal Structure of a 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase (EC 1.1.1.100) from Brucella suis

要素

Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / dehydrogenase

機能・相同性

: / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family

機能・相同性情報

生物種

Brucella suis (ブタ流産菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of a 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase (EC 1.1.1.100) from Brucella suis
著者: Dranow, D.M. / Fairman, J.W. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.

履歴

登録	2013年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o6v.cif.gz	359.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o6v.ent.gz	293.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o6v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4o6v_validation.pdf.gz	475 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o6v_full_validation.pdf.gz	480.3 KB	表示
XML形式データ	4o6v_validation.xml.gz	41.5 KB	表示
CIF形式データ	4o6v_validation.cif.gz	60.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/4o6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/4o6v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hq1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3enn-d 3gaf-1 4weo-d 6ixm-d 4n3o-d 1zk3-1 4cql-3 3u5t-3 6rx5-d 4bqp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BrsuB.00143.c

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family

B: Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family

C: Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family

D: Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family

ヘテロ分子

105 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.890, 108.360, 115.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family 分子量: 26003.428 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella suis (ブタ流産菌) / 株: ATCC 23445/NCTC 10510 / 遺伝子: BSUIS_A0748 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B0CL43, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 704 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.27 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: MCSG1(b10): 01M MgCl2, 0.08M Tris-HCl, pH=8.5, 24% PEG-400, 20% glyercol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月30日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 76521 / Num. obs: 76352 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 27.826 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 19.57

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.85-1.9		0.463	3.74	27749	5584	100
1.9-1.95		0.38	4.58	26990	5451	99.9
1.95-2.01		0.286	5.9	26379	5298	99.9
2.01-2.07		0.228	7.41	25590	5150	99.9
2.07-2.14		0.19	8.71	24893	5010	99.9
2.14-2.21		0.153	10.59	24134	4838	99.9
2.21-2.29		0.126	12.59	23170	4677	99.9
2.29-2.39		0.108	14.29	22429	4508	100
2.39-2.49		0.093	16.27	21407	4300	100
2.49-2.62		0.078	19.11	20719	4159	100
2.62-2.76		0.064	22.41	19675	3956	100
2.76-2.93		0.053	26.33	18538	3730	99.9
2.93-3.13		0.045	30.46	17438	3511	99.7
3.13-3.38		0.037	35.96	16406	3310	99.8
3.38-3.7		0.031	41.64	14924	3030	99.9
3.7-4.14		0.028	45.84	13560	2760	99.8
4.14-4.78		0.025	49.17	11943	2447	99.7
4.78-5.85		0.026	47.28	10077	2084	99.2
5.85-8.27		0.025	48.76	7813	1639	98.4
	8.27	0.023	51.48	3874	910	94

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.5	位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2HQ1

2hq1

解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / WR_factor R_free: 0.173 / WR_factor R_work: 0.1399 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8886 / SU B: 4.803 / SU ML: 0.075 / SU R Cruickshank DPI: 0.1175 / SU R_free: 0.1107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1807	3839	5 %	RANDOM
R_work	0.1458	-	-	-
all	0.1476	80191	-	-
obs	0.1476	76352	99.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 65.26 Å² / B_iso mean: 24.576 Å² / B_iso min: 6.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.49 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6832	0	82	704	7618

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	7063
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6715
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.501	1.96	9570
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.83	3	15372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.244	5	931
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.93	23.943	279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.657	15	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.347	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	8129
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.036	1.391	3721
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.036	1.391	3720
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.616	2.078	4647

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.211	285	-
R_work	0.186	5285	-
all	-	5570	-
obs	-	-	99.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2868	0.1429	0.9778	0.8735	-0.0931	1.4971	-0.0163	-0.0225	-0.2144	-0.1055	0.0143	0.0007	0.0182	-0.0487	0.0019	0.0437	0.0216	0	0.1003	-0.03	0.0775	24.8381	13.2221	-1.5695
2	1.0114	-0.2099	-0.4157	0.546	0.2405	0.6791	0.0201	0.1174	-0.0699	-0.0084	-0.0357	-0.0012	0.0766	-0.0601	0.0156	0.0296	0.0094	-0.0096	0.0641	-0.0064	0.0829	16.5624	12.3775	9.8369
3	0.6129	-0.2781	-0.0908	1.002	-0.0844	0.4309	0.0279	0.0448	-0.0147	-0.04	-0.0219	0.0526	0.0245	0.0009	-0.006	0.0192	0.0103	-0.0116	0.0761	-0.009	0.0857	21.3445	25.2895	12.4372
4	2.2048	0.0543	-0.1404	1.5657	-0.3252	1.631	0.1297	-0.2365	0.1327	0.0847	-0.048	-0.0905	-0.1302	0.2127	-0.0818	0.0302	-0.0624	0.0184	0.1506	-0.0452	0.0835	45.4268	42.7955	18.8927
5	0.5939	0.2743	-0.6654	0.616	-0.0816	1.2193	0.0358	-0.1336	0.0482	0.0523	-0.0276	-0.1173	-0.0482	0.1955	-0.0082	0.0272	-0.011	-0.0217	0.1053	-0.0159	0.1097	31.4879	39.8319	29.7197
6	0.4557	-0.0972	-0.1809	0.7114	-0.1928	0.4748	-0.0012	-0.0494	0.0508	0.0585	0.0104	-0.0714	-0.0251	0.0831	-0.0092	0.0218	0.0004	-0.0098	0.0848	-0.0141	0.088	31.1406	28.8132	22.352
7	1.7429	0.0744	-0.2884	1.5678	-0.2123	3.0434	-0.0711	-0.3416	0.2477	0.2225	0.0068	0.1722	-0.3933	-0.0726	0.0643	0.2537	0.0128	0.0648	0.1106	-0.0766	0.092	4.4208	44.107	52.9434
8	0.733	0.1477	-0.7659	0.6503	-0.2174	1.4654	0.0828	-0.1386	0.1207	0.2088	-0.0043	-0.0199	-0.1345	0.0428	-0.0785	0.0963	-0.0143	0.006	0.0753	-0.0361	0.0646	16.388	42.0382	42.9122
9	0.9268	-0.1482	0.0957	0.7091	-0.1217	0.8152	-0.0123	-0.0585	0.0853	0.1561	-0.0027	0.1105	-0.0735	-0.0191	0.015	0.049	0.0025	0.0271	0.0495	-0.0156	0.0785	5.5432	35.4021	36.1331
10	2.0634	0.4433	0.9216	1.789	-0.1891	0.8523	0.0637	-0.0329	-0.1501	0.1149	-0.0961	0.1089	0.1195	-0.1275	0.0323	0.0546	-0.0411	0.0803	0.0884	-0.0287	0.1901	-12.325	12.9985	33.9567
11	1.1961	-0.0383	-0.3164	0.5196	0.4591	0.5491	-0.0472	-0.067	-0.1048	0.0928	-0.0094	0.0657	0.1276	-0.0322	0.0566	0.0553	-0.0147	0.0208	0.0531	0.0167	0.1148	3.8376	12.7701	24.4872
12	0.9298	-0.1879	0.0918	0.4548	0.0172	0.9013	0.0015	-0.0493	-0.0683	0.1102	-0.0248	0.115	0.1169	-0.0125	0.0232	0.0524	-0.0106	0.0285	0.0479	0.0042	0.1038	5.3876	20.8656	35.6899

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	61 - 150
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	151 - 234
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	3 - 73
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	74 - 154
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	155 - 234
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	0 - 60
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	61 - 159
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	160 - 234
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	3 - 84
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	85 - 153
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	154 - 234

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)