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- PDB-4o6m: Structure of AF2299, a CDP-alcohol phosphotransferase (CMP-bound) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o6m
タイトルStructure of AF2299, a CDP-alcohol phosphotransferase (CMP-bound)
要素AF2299, a CDP-alcohol phosphotransferase
キーワードTRANSFERASE / CDP-alcohol phosphotransferase / membrane protein / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / phospholipid biosynthetic process / nucleotide binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A - #30 / : / CDP-alcohol phosphatidyltransferase AF_2299-like, N-terminal / CDP-alcohol phosphotransferase transmembrane (TM) domain / CDP-alcohol phosphatidyltransferase / CDP-alcohol phosphatidyltransferase, transmembrane domain / : / CDP-alcohol phosphatidyltransferase / CDP-alcohol phosphatidyltransferases signature. / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A ...Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A - #30 / : / CDP-alcohol phosphatidyltransferase AF_2299-like, N-terminal / CDP-alcohol phosphotransferase transmembrane (TM) domain / CDP-alcohol phosphatidyltransferase / CDP-alcohol phosphatidyltransferase, transmembrane domain / : / CDP-alcohol phosphatidyltransferase / CDP-alcohol phosphatidyltransferases signature. / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Chem-MPG / CDP-alcohol phosphatidyltransferase AF-2299-like N-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Clarke, O.B. / Sciara, G. / Tomasek, D. / Banerjee, S. / Rajashankar, K.R. / Shapiro, L. / Mancia, F. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Structural basis for catalysis in a CDP-alcohol phosphotransferase.
著者: Sciara, G. / Clarke, O.B. / Tomasek, D. / Kloss, B. / Tabuso, S. / Byfield, R. / Cohn, R. / Banerjee, S. / Rajashankar, K.R. / Slavkovic, V. / Graziano, J.H. / Shapiro, L. / Mancia, F.
履歴
登録2013年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22014年8月13日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AF2299, a CDP-alcohol phosphotransferase
B: AF2299, a CDP-alcohol phosphotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,25037
ポリマ－84,5212
非ポリマー9,72935
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12540 Å2
ΔGint-281 kcal/mol
Surface area29510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.363, 91.148, 107.023
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain B and segid B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain B and segid BB0

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 AF2299, a CDP-alcohol phosphotransferase


分子量: 42260.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 遺伝子: AF2299, AF_2299 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLysS / 参照: UniProt: O27985

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非ポリマー , 5種, 199分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物...
ChemComp-MPG / [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate


分子量: 356.540 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP


分子量: 323.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.5
詳細: 14% (v/v) PEG550 MME, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M LiSO4, Lipidic cubic phase (LCP), temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 1.0245 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月5日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0245 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.33 Å / Num. obs: 133951 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 36.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 8.38
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.012 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.9-2.020.61430262173097.1
2.02-2.151.26388772021296.5
2.15-2.332.35383231911397.6
2.33-2.553.92344771748097.3
2.55-2.856.77309651572097.1
2.85-3.2911.5279011398497.4
3.29-4.0321.71231481168597
4.03-5.6930.5217696906096.4
5.6934.739898496796.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_1558精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.901→46.33 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.46 / FOM work R set: 0.8216 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 25.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2235 6810 4.97 %Random 5%
Rwork0.1982 ---
obs0.1995 137043 99.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 174.37 Å2 / Biso mean: 51.5654 Å2 / Biso min: 23.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.901→46.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5236 0 229 164 5629
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095551
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8587450
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032871
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003895
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6821973
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3877X-RAY DIFFRACTION6.598TORSIONAL
12B3877X-RAY DIFFRACTION6.598TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9005-1.92210.34542190.34564359457898
1.9221-1.94470.3762310.341243384569100
1.9447-1.96840.33062340.32094280451499
1.9684-1.99340.30382090.320143864595100
1.9934-2.01960.35682090.31094432464199
2.0196-2.04730.34042720.310342714543100
2.0473-2.07650.3121590.29444064565100
2.0765-2.10750.31452470.284743774624100
2.1075-2.14040.25372040.26864291449599
2.1404-2.17550.28422190.25334335455499
2.1755-2.2130.2452250.243844314656100
2.213-2.25330.25522360.234842494485100
2.2533-2.29660.26792430.219143784621100
2.2966-2.34350.24432640.21864325458999
2.3435-2.39440.24562250.20664310453599
2.3944-2.45010.27252130.20344420463399
2.4501-2.51140.22192320.19464257448999
2.5114-2.57930.23072360.18674373460999
2.5793-2.65520.17322370.17124252448999
2.6552-2.74090.20242310.174443854616100
2.7409-2.83880.2052150.172143774592100
2.8388-2.95250.22182280.181243774605100
2.9525-3.08680.21312310.18194329456099
3.0868-3.24950.23462670.19454268453599
3.2495-3.45310.1712230.1854284450799
3.4531-3.71960.23411810.174444154596100
3.7196-4.09370.19692690.177243264595100
4.0937-4.68560.20132170.17294353457099
4.6856-5.90140.22812030.19554353455699
5.9014-46.34710.1922310.18294296452799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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