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- PDB-4o6a: Mouse cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o6a
タイトルMouse cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) in complex with DNA
要素
  • Cyclic GMP-AMP synthase
  • DNA1
  • DNA2
キーワードTRANSFERASE/DNA / immune response / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type I interferon production / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / negative regulation of DNA repair / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / cGMP-mediated signaling ...regulation of type I interferon production / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / negative regulation of DNA repair / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / cGMP-mediated signaling / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of type I interferon production / regulation of immune response / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / cAMP-mediated signaling / nucleosome binding / positive regulation of defense response to virus by host / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / activation of innate immune response / determination of adult lifespan / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of cellular senescence / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / nuclear body / innate immune response / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Poly(a)-polymerase, middle domain / Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 / Beta Polymerase; domain 2 ...Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Poly(a)-polymerase, middle domain / Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 / Beta Polymerase; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Cyclic GMP-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.859 Å
データ登録者Zhang, X. / Chen, Z. / Zhang, X.W. / Chen, Z.J.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: The Cytosolic DNA Sensor cGAS Forms an Oligomeric Complex with DNA and Undergoes Switch-like Conformational Changes in the Activation Loop.
著者: Zhang, X. / Wu, J. / Du, F. / Xu, H. / Sun, L. / Chen, Z. / Brautigam, C.A. / Zhang, X. / Chen, Z.J.
履歴
登録2013年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月5日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic GMP-AMP synthase
D: DNA1
E: DNA2
B: Cyclic GMP-AMP synthase
C: DNA1
F: DNA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,0698
ポリマ－105,9386
非ポリマー1312
水18,8981049
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9330 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area42200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.711, 96.330, 75.989
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.28, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-977-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cyclic GMP-AMP synthase / cGAMP synthase / cGAS / m-cGAS / Mab-21 domain-containing protein 1


分子量: 42556.238 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 147-507 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mb21d1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8C6L5, cyclic GMP-AMP synthase
#2: DNA鎖 DNA1


分子量: 5253.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA2


分子量: 5159.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1049 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 25% Methanol, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, 0.01M MgCl2., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→50 Å / Num. all: 109546 / Num. obs: 109036 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.86→1.89 Å / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.859→36.658 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2183 2000 1.83 %
Rwork0.1865 --
obs0.1871 109023 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.859→36.658 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5945 1283 2 1049 8279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077517
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18910370
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1212986
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711122
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041098
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8591-1.90560.24731280.2146873X-RAY DIFFRACTION90
1.9056-1.95710.26321440.21137674X-RAY DIFFRACTION100
1.9571-2.01470.22261430.20217670X-RAY DIFFRACTION100
2.0147-2.07970.21991440.1967686X-RAY DIFFRACTION100
2.0797-2.15410.24771430.19537688X-RAY DIFFRACTION100
2.1541-2.24030.23811450.19377701X-RAY DIFFRACTION100
2.2403-2.34220.23611430.19787671X-RAY DIFFRACTION100
2.3422-2.46570.24441450.19627730X-RAY DIFFRACTION100
2.4657-2.62020.24041430.20187706X-RAY DIFFRACTION100
2.6202-2.82240.23061440.20437688X-RAY DIFFRACTION100
2.8224-3.10630.24671440.20087715X-RAY DIFFRACTION100
3.1063-3.55540.20811450.18127731X-RAY DIFFRACTION100
3.5554-4.47820.17941440.16417758X-RAY DIFFRACTION100
4.4782-36.66540.20271450.17357732X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.14490.193-0.08310.2949-0.04640.2627-0.00180.1954-0.00930.02340.0735-0.15740.1633-0.03120.00210.1921-0.0163-0.04270.1828-0.02020.207-33.5929-28.634623.4152
20.22360.2006-0.17830.3141-0.18980.16980.0740.05470.00030.21060.0252-0.0499-0.0573-0.09660.03790.19290.0182-0.00380.14870.02150.142-44.8248-15.084834.8075
30.004-0.0070.01440.0054-0.00470.0159-0.01230.02570.13590.0412-0.07560.16-0.1082-0.1356-0.03510.29680.08210.14140.3270.06530.309-60.9754-8.501441.0596
40.14520.1616-0.12140.4506-0.13790.57420.06540.0204-0.03950.22670.0157-0.05990.0546-0.09440.03020.1605-0.01170.00420.13070.00580.1248-43.0065-17.537335.4798
50.5979-0.25290.11450.6541-0.09770.628-0.0069-0.062-0.10930.213-0.0242-0.2229-0.14060.07860.16760.14840.0058-0.07860.17110.02150.2287-20.9271-19.095240.1252
60.0550.12810.020.2046-0.1020.1673-0.26580.2834-0.1171-0.1720.0633-0.01050.1449-0.1516-0.02060.21310.00080.03320.2858-0.050.2261-34.7068-18.845311.5324
70.03910.11650.05720.2353-0.0590.0603-0.19440.43770.0302-0.07950.0299-0.080.0050.008900.22060.00780.00340.32380.0330.2616-33.1428-16.865510.9547
80.1968-0.34930.07970.6443-0.45970.59560.0780.11970.0839-0.0659-0.0713-0.014-0.1755-0.07070.00180.2399-0.0080.04730.17970.01220.176-37.418217.139410.3992
90.3605-0.11560.09170.3417-0.11110.42030.1250.07830.0197-0.16660.02040.0036-0.2741-0.24430.29210.32030.05010.02040.22970.0370.1384-46.078120.56952.5744
100.3861-0.15430.12540.80290.01280.51710.05350.12850.0726-0.1712-0.1055-0.2198-0.05450.1795-0.02220.1127-0.02870.05070.19150.05850.1683-22.75099.92128.2464
110.03560.0445-0.03840.0224-0.0027-0.0045-0.03020.6134-0.1112-0.5498-0.18-0.31160.08140.4241-0.19370.1294-0.22470.3530.31560.34650.1784-14.449917.5064-1.3533
120.1593-0.1613-0.14360.1617-0.02670.2141-0.2733-0.1670.06820.26030.17310.0415-0.372-0.0455-0.01340.2610.0046-0.03750.1707-0.00780.2041-36.690615.552829.9283
130.00280.00090.0030.00560.0060.0063-0.0488-0.0012-0.0177-0.0662-0.0125-0.05280.03120.00750.00021.2918-0.136-0.44311.4848-0.04431.1032-13.210823.406943.681
140.1205-0.1338-0.13790.2517-0.02690.1158-0.1183-0.0909-0.20.12060.1112-0.0929-0.2242-0.04490.00010.25830.0261-0.00830.18870.01590.2387-32.18814.242131.3546
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 146 through 184 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 185 through 239 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 240 through 258 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 259 through 376 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 377 through 506 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 1 through 15 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 4 through 17 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 149 through 239 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 240 through 314 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 315 through 461 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 462 through 506 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 15 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 16 through 17 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 2 through 17 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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