PDB-4o5u: Crystal structure of Alkylhydroperoxide Reductase subunit F from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o5u

タイトル

Crystal structure of Alkylhydroperoxide Reductase subunit F from E. coli at 2.65 Ang resolution

要素

Alkyl hydroperoxide reductase subunit F

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

alkyl hydroperoxide reductase complex / alkyl hydroperoxide reductase activity / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; NADHまたはNADPHが電子受容体 / NADH-dependent peroxiredoxin activity / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / FAD binding / cell redox homeostasis / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / NAD binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Kamariah, N. / Dip, P.V. / Manimekalai, M.S.S. / Gruber, G. / Eisenhaber, F. / Eisenhaber, B.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure, mechanism and ensemble formation of the alkylhydroperoxide reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli
著者: Dip, P.V. / Kamariah, N. / Subramanian Manimekalai, M.S. / Nartey, W. / Balakrishna, A.M. / Eisenhaber, F. / Eisenhaber, B. / Gruber, G.

履歴

登録	2013年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月12日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o5u.cif.gz	300.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o5u.ent.gz	248.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o5u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4o5u_validation.pdf.gz	717.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o5u_full_validation.pdf.gz	720.2 KB	表示
XML形式データ	4o5u_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	4o5u_validation.cif.gz	30 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/4o5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/4o5u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4o5qC 4o5rC 1fl2 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4o5q-1 4ykf-1 4ykg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit F

ヘテロ分子

57.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit F

ヘテロ分子

A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit F

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.698, 59.598, 123.715
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.68, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Alkyl hydroperoxide reductase subunit F / Alkyl hydroperoxide reductase F52A protein 分子量: 56242.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 参照: UniProt: P35340, 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; NADHまたはNADPHが電子受容体
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.59 %
結晶化	温度: 296 K / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 2 M ammonium sulfate, 10 mM cadmium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13B1 / 波長: 1.0, 1.55072, 1.58994, 1.59048

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月24日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1.55072	1
3	1.58994	1
4	1.59048	1

Reflection

冗長度: 5.2 % / 数: 46306 / R_merge(I) obs: 0.169 / Χ²: 0.9 / D res high: 3.45 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 8850 / % possible obs: 92.4

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
7.43	50	98.8	1	0.093	1.141	6.5
5.9	7.43	99.5	1	0.143	1.103	6.5
5.15	5.9	99.3	1	0.187	0.904	6.4
4.68	5.15	97.4	1	0.183	0.902	5.8
4.35	4.68	95.4	1	0.193	0.923	5.2
4.09	4.35	94.7	1	0.227	0.826	4.9
3.89	4.09	91	1	0.311	0.752	4.7
3.72	3.89	88.8	1	0.352	0.708	4.3
3.57	3.72	83.1	1	0.419	0.619	3.8
3.45	3.57	75.7	1	0.446	0.536	3.3

反射

解像度: 2.65→30 Å / Num. obs: 21022 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 43.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 12.9

反射シェル

解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 92.8

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
SOLOMON		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
DENZO		データ削減
autoSHARP		位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.65→28.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.857 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.11 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22	1055	5.1 %
R_work	0.172	-	-
obs	0.174	20674	98.5 %
all	-	19647	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.67 Å²	0 Å²	-0.09 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→28.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3947	0	94	162	4203

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4102
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.908	5562
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.893	1504
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	637
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	710

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6472-2.7676	0.2912	123	0.2396	2220	X-RAY DIFFRACTION	90
2.7676-2.9134	0.2568	132	0.2141	2455	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9134-3.0958	0.2787	153	0.2031	2433	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0958-3.3345	0.2178	140	0.1728	2492	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3345-3.6694	0.2012	114	0.1669	2463	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6694-4.199	0.2037	107	0.1528	2510	X-RAY DIFFRACTION	100
4.199-5.285	0.1711	137	0.1413	2502	X-RAY DIFFRACTION	100
5.285-28.8205	0.2359	149	0.1739	2544	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0153	0.0102	-0.0116	0.0047	0.0123	0.0869	-0.3513	-0.108	0.0067	0.0836	-0.1376	-0.1961	0.116	0.146	0.0001	0.6511	0.0774	0.0515	0.7329	0.1562	0.3722	33.8877	65.2618	-15.7287
2	0.469	-0.0632	-0.3643	0.0074	0.1134	0.6944	-0.0212	-0.0576	-0.0754	0.1516	0.0469	0.1389	0.1218	-0.1621	0.0001	0.5439	-0.0264	0.0698	0.4736	0.0131	0.2363	19.9962	69.4531	-9.5601
3	0.0074	0.0131	0.0076	0.0211	-0.002	0.0158	0.0183	-0.1567	-0.0924	0.4061	-0.0361	0.3329	-0.139	-0.0027	0	0.8051	-0.0152	0.1454	0.6616	-0.099	0.4127	14.5031	84.3159	-2.1695
4	0.1411	-0.0652	0.0194	0.2392	-0.1485	0.1134	0.0588	-0.1539	-0.23	0.1688	0.0499	0.6057	-0.093	-0.0853	0.0035	1.1426	-0.0633	0.1642	0.7362	0.0343	0.3915	16.4694	68.6411	15.7927
5	0.3901	0.2336	0.1653	0.6555	-0.1473	0.1389	-0.0048	0.2506	0.3646	-0.0417	0.0934	-0.0397	-0.0657	-0.1516	0.0515	0.1217	0.0038	-0.0418	0.1094	0.062	0.2056	24.1983	62.6158	45.0913
6	0.2076	-0.0446	-0.1353	0.2842	0.0195	0.3197	-0.0136	0.355	0.0951	-0.2338	-0.0203	0.2523	-0.0705	0.0186	-0.0063	0.1611	-0.0157	-0.0257	0.2268	0.0095	0.0964	21.7567	50.7097	34.4207
7	0.4695	0.0107	-0.0636	1.0581	-0.1295	0.6636	-0.0383	-0.0428	0.0187	0.0527	-0.0638	-0.0614	0.0203	-0.0688	-0.0014	0.1216	-0.0061	0.0097	0.1404	-0.011	0.2165	1.5259	54.9354	66.8438
8	0.3153	-0.004	0.07	0.1348	0.1366	0.3539	-0.0935	-0.0387	-0.1191	0.0148	0.0379	0.0094	0.0211	0.0543	-0.1094	0.0785	-0.0019	-0.0168	0.0594	-0.0053	0.1553	18.7153	48.5396	51.5162
9	0.0114	-0.0071	-0.0105	0.0029	0.0064	0.0057	0.0927	-0.0438	-0.1606	-0.0329	0.0975	-0.0562	-0.0997	-0.0266	0.0002	0.186	-0.067	0.057	0.3902	-0.04	0.3567	40.4301	44.4758	36.2343

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 19 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 160 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 161 through 186 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 187 through 206 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 207 through 280 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 281 through 325 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 326 through 437 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 438 through 514 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 515 through 521 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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