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- PDB-4o5t: Crystal structure of Diels-Alderase CE20 in complex with a produc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o5t
タイトルCrystal structure of Diels-Alderase CE20 in complex with a product analog
要素Diisopropyl-fluorophosphatase
キーワードDe Novo Protein / Hydrolase / protein engineering / computer-aided design / Diels-Alder reaction / enzyme design / directed evolution / substrate specificity / beta-propeller / helix-loop-helix / artificial catalyst / Diels-Alderase / catalyst for cycloaddition / enzyme-product analog complex'
機能・相同性
機能・相同性情報


diisopropyl-fluorophosphatase / diisopropyl-fluorophosphatase activity / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / TolB, C-terminal domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XDA / Diisopropyl-fluorophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Loligo vulgaris (イカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Beck, T. / Preiswerk, N. / Mayer, C. / Hilvert, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Impact of scaffold rigidity on the design and evolution of an artificial Diels-Alderase.
著者: Preiswerk, N. / Beck, T. / Schulz, J.D. / Milovnik, P. / Mayer, C. / Siegel, J.B. / Baker, D. / Hilvert, D.
履歴
登録2013年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diisopropyl-fluorophosphatase
B: Diisopropyl-fluorophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5394
ポリマ－74,6002
非ポリマー9392
水45025
1
A: Diisopropyl-fluorophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7702
ポリマ－37,3001
非ポリマー4691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Diisopropyl-fluorophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7702
ポリマ－37,3001
非ポリマー4691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.65, 128.94, 106.53
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Diisopropyl-fluorophosphatase / Diels-Alderase C20 / DFPase


分子量: 37300.098 Da / 分子数: 2
変異: V13M, A21T, I33V, 36-PYVEVNGKPA-45 replaced by 36-SPLSEALINANSLAEAYEARSDA-58, R63H, I85S, A87I, K121N, R128C, E151G, Q162R, A186C, K223N, D245V, S284A, A285N, E301D, L322S
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Loligo vulgaris (イカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SIG4, EC: 3.1.8.2
#2: 化合物 ChemComp-XDA / 4-{[2-(phosphonooxy)ethyl]carbamoyl}benzyl [(1R,6S)-6-(dimethylcarbamoyl)cyclohex-2-en-1-yl]carbamate


分子量: 469.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28N3O8P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 36-PEVEVNGKPA-45 IN UNP HAS BEEN REPLACED BY 36-SPLSEALINANSLAEAYEARSDA-58.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: protein solution (15.5 mg/mL, in 20 mM HEPES, pH 8.0, 150 mM NaCl), containing 20 mM product analog, was mixed with reservoir solution containing 20.0% w/v PEG 3350 and 0.2 M magnesium ...詳細: protein solution (15.5 mg/mL, in 20 mM HEPES, pH 8.0, 150 mM NaCl), containing 20 mM product analog, was mixed with reservoir solution containing 20.0% w/v PEG 3350 and 0.2 M magnesium chloride , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→43.08 Å / Num. obs: 13664 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.91 % / Rmerge(I) obs: 0.1124 / Net I/σ(I): 6.51
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.82 % / Rmerge(I) obs: 0.7294 / Mean I/σ(I) obs: 1.03 / Num. unique all: 1311 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O5S

4o5s


解像度: 2.9→43.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 28.068 / SU ML: 0.485 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.526 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28758 655 4.9 %RANDOM
Rwork0.2279 ---
obs0.23077 12809 96.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.72 Å20 Å2-0 Å2
2---1.86 Å2-0 Å2
3----2.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→43.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4718 0 64 25 4807
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194928
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4281.956721
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7543.00410284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1785645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.2824.869191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.46515680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7921511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021145
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.617.7292588
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.617.7282587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.40111.5973231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.40111.5983232
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2147.7522338
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2167.7562334
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.79411.5623485
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.17572.65820745
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.17572.65720745
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 45 -
Rwork0.367 812 -
obs--86.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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