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- PDB-4o5q: Crystal Structure of the Alkylhydroperoxide Reductase AhpF from E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o5q
タイトルCrystal Structure of the Alkylhydroperoxide Reductase AhpF from Escherichia coli
要素Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


alkyl hydroperoxide reductase complex / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; NADHまたはNADPHが電子受容体 / alkyl hydroperoxide reductase activity / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / cell redox homeostasis / FAD binding / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / NAD binding / response to oxidative stress / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutaredoxin - #80 / Alkyl hydroperoxide reductase subunit F / AhpF, N-terminal domain, C-terminal TRX-fold subdomain / AhpF, N-terminal domain, N-terminal TRX-fold subdomain / Thioredoxin domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-II active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / : / Thioredoxin-like fold ...Glutaredoxin - #80 / Alkyl hydroperoxide reductase subunit F / AhpF, N-terminal domain, C-terminal TRX-fold subdomain / AhpF, N-terminal domain, N-terminal TRX-fold subdomain / Thioredoxin domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-II active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / : / Thioredoxin-like fold / Glutaredoxin domain profile. / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Glutaredoxin / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / TRIETHYLENE GLYCOL / Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dip, P.V. / Kamariah, N. / Manimekalai, M.S.S. / Balakrishna, A.M. / Gruber, G.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure, mechanism and ensemble formation of the alkylhydroperoxide reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli
著者: Dip, P.V. / Kamariah, N. / Subramanian Manimekalai, M.S. / Nartey, W. / Balakrishna, A.M. / Eisenhaber, F. / Eisenhaber, B. / Gruber, G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the catalytic core component of the alkylhydroperoxide reductase AhpF from Escherichia coli
著者: Bieger, B. / Essen, L.O.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Structure of intact AhpF reveals a mirrored thioredoxin-like active site and implies large domain rotations during catalysis
著者: Wood, Z.A. / Poole, L.B. / Karplus, P.A.
履歴
登録2013年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Database references
改定 1.22015年2月25日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,77126
ポリマ－56,2431
非ポリマー3,52925
水9,062503
1
A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
ヘテロ分子

A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,54352
ポリマ－112,4862
非ポリマー7,05750
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area22960 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area44470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.494, 58.696, 123.994
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alkyl hydroperoxide reductase subunit F / Alkyl hydroperoxide reductase F52A protein


分子量: 56242.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P35340

-
非ポリマー , 8種, 528分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.74 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: 0.1M Na-Hepes, 2.5%(v/v) PEG400, 2M ammonium sulfate, 10mM cadmium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月29日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.3 % / 数: 346921 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 0.53 / D res high: 2 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 47455 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.313099.510.0320.6817.3
3.424.3199.610.0510.6867.4
2.993.4299.910.0550.7077.5
2.712.9999.910.0840.5947.5
2.522.7199.910.120.517.5
2.372.5210010.1660.4587.5
2.252.3710010.2130.4387.5
2.152.2510010.2770.4047.4
2.072.1599.910.4040.3817.2
22.0798.610.4960.3646.3
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 47454 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 40.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
DENZOデータ削減
PHENIX1.8.2_1309精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HYU

1hyu


解像度: 2→26.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU ML: 0.19 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.09 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.188 2399 5.06 %
Rwork0.141 --
obs0.144 47447 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å2-0 Å2-0.2 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→26.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3948 0 212 503 4663
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124294
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4085800
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3811616
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08649
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007732
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.03570.25121240.20292542X-RAY DIFFRACTION95
2.0357-2.07990.22091480.18022618X-RAY DIFFRACTION99
2.0799-2.12830.23141310.16662621X-RAY DIFFRACTION100
2.1283-2.18150.20381510.15162654X-RAY DIFFRACTION100
2.1815-2.24050.18391500.13862660X-RAY DIFFRACTION100
2.2405-2.30630.20541320.13742626X-RAY DIFFRACTION100
2.3063-2.38070.18321280.13242650X-RAY DIFFRACTION100
2.3807-2.46580.18821520.13452644X-RAY DIFFRACTION100
2.4658-2.56440.18351550.12862651X-RAY DIFFRACTION100
2.5644-2.6810.17441210.12482649X-RAY DIFFRACTION100
2.681-2.82220.18481280.1192668X-RAY DIFFRACTION100
2.8222-2.99880.19041500.12732648X-RAY DIFFRACTION100
2.9988-3.230.18751620.132662X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.55440.15061470.12872663X-RAY DIFFRACTION100
3.5544-4.06710.17441270.12632674X-RAY DIFFRACTION100
4.0671-5.11820.16761550.12922660X-RAY DIFFRACTION99
5.1182-26.62290.23331380.18952758X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4943-0.4781-0.08090.479-0.06060.734-0.10270.144-0.05950.20360.06010.01690.1430.0035-0.00050.4717-0.04120.06490.2803-0.00150.1996-30.7928-21.5944-10.5886
2-0.183-0.09050.02980.0583-0.22630.33810.03390.02130.0222-0.13850.0158-0.0223-0.1226-0.07390.01340.28670.0028-0.00940.2380.03610.1945-33.3459-22.420827.5841
30.25110.0584-0.24280.23340.01350.3281-0.0330.02280.02160.03020.01230.13960.0639-0.0188-00.14540.0069-0.02040.1974-0.01760.2457-49.9456-34.72261.9526
40.1740.13890.08770.4532-0.12370.147-0.03710.0121-0.0137-0.07040.0291-0.01810.015-0.012700.1369-0.0119-0.00420.16430.00060.1781-29.5825-42.777546.8206
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 150 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 151 through 300 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 301 through 450 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 451 through 521 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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