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万見
- PDB-4o4k: DNA Double-Strand Break Repair Pathway Choice Is Directed by Dist... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o4k
タイトルDNA Double-Strand Break Repair Pathway Choice Is Directed by Distinct MRE11 Nuclease Activities
要素Exonuclease, putative
キーワードDNA BINDING PROTEIN/inhibitor / DNA repair DNA double-strand break repair thermophilic MRE11 / DNA repair DNA double-strand break repair / DNA BINDING PROTEIN-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / double-strand break repair / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA replication / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA double-strand break repair nuclease / : / : / Mre11 accessory DNA binding capping domain / Mre11 C-terminal domain, bacteria / Nuclease SbcCD subunit D / : / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 ...DNA double-strand break repair nuclease / : / : / Mre11 accessory DNA binding capping domain / Mre11 C-terminal domain, bacteria / Nuclease SbcCD subunit D / : / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Double Stranded RNA Binding Domain / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2PK / : / DNA double-strand break repair protein Mre11
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Shibata, A. / Moiani, D. / Arvai, A.S. / Perry, J. / Harding, S.M. / Genois, M. / Maity, R. / Rossum-Fikkert, S. / Kertokalio, A. / Romoli, F. ...Shibata, A. / Moiani, D. / Arvai, A.S. / Perry, J. / Harding, S.M. / Genois, M. / Maity, R. / Rossum-Fikkert, S. / Kertokalio, A. / Romoli, F. / Ismail, A. / Ismalaj, E. / Petricci, E. / Neale, M.J. / Bristow, R.G. / Masson, J. / Wyman, C. / Jeggo, P.A. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014
タイトル: DNA Double-Strand Break Repair Pathway Choice Is Directed by Distinct MRE11 Nuclease Activities.
著者: Shibata, A. / Moiani, D. / Arvai, A.S. / Perry, J. / Harding, S.M. / Genois, M.M. / Maity, R. / van Rossum-Fikkert, S. / Kertokalio, A. / Romoli, F. / Ismail, A. / Ismalaj, E. / Petricci, E. ...著者: Shibata, A. / Moiani, D. / Arvai, A.S. / Perry, J. / Harding, S.M. / Genois, M.M. / Maity, R. / van Rossum-Fikkert, S. / Kertokalio, A. / Romoli, F. / Ismail, A. / Ismalaj, E. / Petricci, E. / Neale, M.J. / Bristow, R.G. / Masson, J.Y. / Wyman, C. / Jeggo, P.A. / Tainer, J.A.
履歴
登録2013年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 2.02020年2月19日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exonuclease, putative
B: Exonuclease, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8118
ポリマ－77,1502
非ポリマー6606
水2,360131
1
A: Exonuclease, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9054
ポリマ－38,5751
非ポリマー3303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Exonuclease, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9054
ポリマ－38,5751
非ポリマー3303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area29700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.769, 113.154, 80.891
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Exonuclease, putative


分子量: 38575.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_1635 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1X0
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-2PK / (5~{E})-2-azanylidene-5-[(4-hydroxyphenyl)methylidene]-1,3-thiazolidin-4-one / 2-イミノ-5-[(E)-4-ヒドロキシベンジリデン]チアゾリジン-4-オン


分子量: 220.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H8N2O2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.71 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: pH 6, VAPOR DIFFUSION, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 46357 / Num. obs: 46357 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4NZV

4nzv


解像度: 2.1→37.409 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2402 1870 4.29 %
Rwork0.1934 --
obs0.1955 43542 88.65 %
all-46357 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.409 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5150 0 34 131 5315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085304
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2377188
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5291962
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082800
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005925
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1002-2.1570.3121820.26771834X-RAY DIFFRACTION51
2.157-2.22050.29871000.252317X-RAY DIFFRACTION64
2.2205-2.29210.31551200.25042753X-RAY DIFFRACTION77
2.2921-2.3740.31531410.22693214X-RAY DIFFRACTION89
2.374-2.46910.27151530.22153292X-RAY DIFFRACTION92
2.4691-2.58140.30961560.23273385X-RAY DIFFRACTION95
2.5814-2.71750.30471520.23073426X-RAY DIFFRACTION95
2.7175-2.88770.28531610.22363537X-RAY DIFFRACTION97
2.8877-3.11050.27241590.22823542X-RAY DIFFRACTION98
3.1105-3.42340.2541600.21413601X-RAY DIFFRACTION99
3.4234-3.91830.24311620.18423566X-RAY DIFFRACTION99
3.9183-4.93480.20071630.15483623X-RAY DIFFRACTION100
4.9348-37.41490.19021610.16853582X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.9642 Å / Origin y: 456.2856 Å / Origin z: 19.7197 Å
111213212223313233
T0.2301 Å20.0488 Å20.0054 Å2-0.257 Å20.0528 Å2--0.2838 Å2
L0.1253 °2-0.0243 °20.1968 °2-0.1936 °2-0.093 °2--0.8086 °2
S-0.0111 Å °0.016 Å °0.0843 Å °-0.0454 Å °-0.0542 Å °-0.0059 Å °0.1265 Å °0.0976 Å °-0.0083 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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