PDB-4o2h: Crystal structure of BCAM1869 protein (RsaM homolog) from Burkhol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o2h

タイトル

Crystal structure of BCAM1869 protein (RsaM homolog) from Burkholderia cenocepacia

要素

protein BCAM1869

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / quorum sensing

機能・相同性

Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #610 / Transcriptional regulator RsaM-like / Domain of unknown function (DUF4902) / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / identical protein binding / Alpha Beta / DUF4902 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Michalska, K. / Chhor, G. / Clancy, S. / Winans, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: RsaM: a transcriptional regulator of Burkholderia spp. with novel fold.
著者: Michalska, K. / Chhor, G. / Clancy, S. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Winans, S.C. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年12月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月2日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o2h.cif.gz	114.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o2h.ent.gz	90.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o2h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4o2h_validation.pdf.gz	429.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o2h_full_validation.pdf.gz	429.6 KB	表示
XML形式データ	4o2h_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	4o2h_validation.cif.gz	15.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/4o2h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/4o2h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4gkh-5 6hcd-2 3ugo-d 3gbj-1 4jfc-d 1jij-d 3cob-2 2zfl-d 5xja-2 2zfj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC102404

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: protein BCAM1869

B: protein BCAM1869

31.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: protein BCAM1869

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: protein BCAM1869

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.146, 69.146, 216.772
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-208- HOH

#1: タンパク質	protein BCAM1869 分子量: 15668.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: J2315 / 遺伝子: BCAM1869 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Magic / 参照: UniProt: B4EMD1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.47 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Ca acetate, 10% PEG8K, 0.1 M HEPES:NaOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月4日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 14514 / Num. obs: 14488 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 59.66 Å² / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 47
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 0.924 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 688 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHARP		位相決定
PHASER		位相決定
BUSTER	2.8.0	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3→20.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9476 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9204 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED AT RIDING POSITIONS. THE STRUCTURE WAS SOLVED BY MIRAS ON A DIFFERENT CRYSTAL FORM AND TWO DERIVATIVES AND FOLLOWED BY MR WITH A PARTIAL MODEL ON THE CURRENT DATASET.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2568	725	5.03 %	RANDOM
R_work	0.2147	-	-	-
all	0.2166	14413	-	-
obs	0.2166	14413	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.597 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.597 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.1939 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.469 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1967	0	0	31	1998

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.011	2012	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.07	2759	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		871	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		35	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		308	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2012	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.29
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.52
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		263	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		2249	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.48 Å / Total num. of bins used: 7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2972	140	4.86 %
R_work	0.2408	2740	-
all	0.2435	2880	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4244	1.0238	-0.2404	2.9358	1.4227	0.4497	0.1746	-0.5299	-0.3853	0.2295	-0.0321	-0.3743	0.354	-0.3212	-0.1425	-0.0202	-0.1413	-0.0592	-0.0422	0.0932	-0.151	17.7044	-15.2761	-5.3654
2	4.1088	-0.1296	3.2	2.8125	-0.8607	0.2209	0.0084	0.0854	-0.0149	-0.0891	-0.0702	-0.1015	-0.3379	-0.4202	0.0617	0.2292	-0.0232	0.044	-0.0936	0.0238	-0.1426	16.1488	7.2845	-19.4797
3	3.0321	2.6904	1.8698	2.1482	0.7255	2.4483	0.3084	-0.3744	-0.4885	-0.0649	-0.0368	-0.2423	0.0852	-0.2759	-0.2716	-0.0194	-0.0979	-0.009	-0.1145	0.0572	-0.0428	19.9954	-10.8429	-9.3978
4	2.7659	-0.4058	2.2341	2.9313	1.9513	4.7754	0.0962	-0.3867	0.4191	0.1389	-0.2366	0.0843	-0.208	-0.6969	0.1404	-0.0877	-0.0173	0.0042	0.0081	-0.0504	-0.1251	14.092	-3.318	-5.0481
5	0.7	-0.5293	-1.1393	0.3863	1.209	0.9583	-0.0116	-0.0026	0.0646	-0.0026	0.0452	0.0899	-0.077	-0.0853	-0.0336	0.1812	-0.1562	0.0692	0.0391	0.017	-0.1191	9.7225	-5.8193	-0.5572
6	0.4946	-0.4901	1.2047	0.9359	-1.8166	0.3867	-0.0711	-0.1038	0.0031	0.0855	0.1078	-0.4453	-0.0476	-0.0098	-0.0367	0.0689	-0.1129	0.0117	-0.1257	0.0149	0.0078	25.6358	-3.0091	-7.3703
7	-0.1005	0.058	-0.5363	0.1005	0.7067	0	0.0163	0.0264	-0.0191	-0.0382	-0.0146	-0.0255	0.0045	-0.0024	-0.0017	0.0232	-0.1378	0.1256	-0.1558	-0.004	0.1301	31.5649	-3.5856	-22.8834
8	0.4858	0.1176	1.0017	2.2823	-2.7823	2.0949	-0.0141	-0.2649	-0.113	0.3224	-0.0304	-0.1141	0.0855	-0.1082	0.0445	-0.0064	-0.2853	-0.0692	-0.0279	0.1355	0.0466	13.5207	-34.765	0.8215
9	1.2998	0.0122	-0.0268	-0.4192	-0.7428	3.7946	-0.0451	-0.0466	-0.4192	0.1114	0.0395	-0.2216	0.0514	0.3898	0.0056	-0.1772	-0.1174	0.1299	-0.2775	0.0789	0.272	9.9249	-57.69	-16.7893
10	0.2348	2.7108	1.2187	3.1664	2.7961	2.3397	-0.052	-0.1422	-0.4659	0.2673	-0.1004	-0.1997	-0.2381	0.2311	0.1524	-0.0755	-0.206	0.0267	-0.1886	0.1909	0.2886	8.5414	-46.8401	-9.9315
11	2.892	-2.6808	1.0662	1.8152	-2.0873	2.2876	-0.0316	0.0051	-0.0033	0.0476	0.012	-0.0874	0.0544	0.0664	0.0197	0.0921	-0.0629	0.0368	-0.1863	0.1884	0.2807	9.2002	-61.6384	-11.0339
12	-2.3758	1.3027	1.4597	2.6148	-0.403	0	0.0123	-0.0783	-0.0286	0.0769	-0.019	0.0149	-0.0012	0.0313	0.0067	-0.0466	-0.1437	-0.063	-0.2317	0.1391	0.1836	17.6268	-43.585	-3.6068
13	-0.2472	-0.8627	1.8914	4.4026	-1.6557	0.0695	-0.055	0.0203	-0.036	0.0822	-0.0171	0.0184	0.1243	0.0079	0.072	0.0324	-0.0506	-0.043	-0.2602	0.1507	0.2848	16.7139	-50.2487	-0.0582
14	1.4585	0.0644	1.1502	6.6483	-1.3389	0.0136	0.0732	0.0275	-0.0883	0.004	-0.12	-0.0504	-0.0265	-0.0626	0.0468	-0.0606	-0.1962	0.1445	-0.1851	0.0536	0.1283	-0.5152	-53.4144	-15.2811

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|2 - A\|43}	A	2 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|44 - A\|57}	A	44 - 57
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|58 - A\|79}	A	58 - 79
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|80 - A\|106}	A	80 - 106
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|107 - A\|117}	A	107 - 117
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|118 - A\|132}	A	118 - 132
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|133 - A\|138}	A	133 - 138
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|3 - B\|26}	B	3 - 26
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|27 - B\|56}	B	27 - 56
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{B\|57 - B\|80}	B	57 - 80
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{B\|81 - B\|93}	B	81 - 93
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{B\|94 - B\|100}	B	94 - 100
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{B\|105 - B\|122}	B	105 - 122
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{B\|123 - B\|138}	B	123 - 138

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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