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- PDB-4o1v: SPOP Promotes Tumorigenesis by Acting as a Key Regulatory Hub in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o1v
タイトルSPOP Promotes Tumorigenesis by Acting as a Key Regulatory Hub in Kidney Cancer
要素
  • Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN
  • Speckle-type POZ protein
キーワードPROTEIN BINDING / UBL conjugation pathway / ligase / ubiquitin / E3 / SPOP / MATH / PTEN
機能・相同性
機能・相同性情報


PTEN Loss of Function in Cancer / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate 3-phosphatase activity / negative regulation of keratinocyte migration / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate 3-phosphatase activity / negative regulation of synaptic vesicle clustering / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / phosphatidylinositol phosphate phosphatase activity / rhythmic synaptic transmission / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 3-phosphatase activity ...PTEN Loss of Function in Cancer / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate 3-phosphatase activity / negative regulation of keratinocyte migration / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate 3-phosphatase activity / negative regulation of synaptic vesicle clustering / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / phosphatidylinositol phosphate phosphatase activity / rhythmic synaptic transmission / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 3-phosphatase activity / central nervous system myelin maintenance / negative regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / phosphatidylinositol-3-phosphate phosphatase activity / central nervous system neuron axonogenesis / postsynaptic density assembly / neuron-neuron synaptic transmission / Negative regulation of the PI3K/AKT network / synapse maturation / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / myelin sheath adaxonal region / Regulation of PTEN mRNA translation / cellular response to electrical stimulus / presynaptic membrane assembly / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of axonogenesis / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase activity / Transcriptional Regulation by MECP2 / negative regulation of organ growth / forebrain morphogenesis / negative regulation of focal adhesion assembly / phosphatidylinositol dephosphorylation / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / anaphase-promoting complex binding / dentate gyrus development / Schmidt-Lanterman incisure / phosphatidylinositol biosynthetic process / dendritic spine morphogenesis / maternal behavior / ubiquitin ligase activator activity / spindle assembly involved in female meiosis / negative regulation of cell size / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / molecular function inhibitor activity / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / protein-serine/threonine phosphatase / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / ubiquitin-specific protease binding / regulation of neuron projection development / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / locomotor rhythm / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / adult behavior / protein serine/threonine phosphatase activity / positive regulation of intracellular signal transduction / phosphoprotein phosphatase activity / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / regulation of proteolysis / negative regulation of cellular senescence / social behavior / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / negative regulation of osteoblast differentiation / prepulse inhibition / multicellular organismal response to stress / protein dephosphorylation / synapse assembly / protein-tyrosine-phosphatase / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein tyrosine phosphatase activity / Regulation of PTEN localization / negative regulation of cell migration / central nervous system development / cell projection / TP53 Regulates Metabolic Genes / PDZ domain binding / locomotory behavior / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell motility / Hedgehog 'on' state / PML body / beta-catenin binding / regulation of protein stability / cytoplasmic side of plasma membrane / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / Ovarian tumor domain proteases / Downstream TCR signaling / cell migration / negative regulation of neuron projection development / heart development / dendritic spine / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / learning or memory / neuron projection / Ub-specific processing proteases / postsynaptic density / protein stabilization / nuclear speck / apical plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bifunctional phosphatidylinositol trisphosphate phosphatase/dual specificity phosphatase PTEN / PTEN, phosphatase domain / : / Inositol hexakisphosphate / MATH domain / SPOP, C-terminal BACK domain / : / BPM/SPOP, BACK domain / Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain ...Bifunctional phosphatidylinositol trisphosphate phosphatase/dual specificity phosphatase PTEN / PTEN, phosphatase domain / : / Inositol hexakisphosphate / MATH domain / SPOP, C-terminal BACK domain / : / BPM/SPOP, BACK domain / Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Polymorphic toxin system, DSP-PTPase phosphatase / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Protein-tyrosine phosphatase-like / C2 domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Speckle-type POZ protein / Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Calabrese, M.F. / Watson, E.R. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2014
タイトル: SPOP Promotes Tumorigenesis by Acting as a Key Regulatory Hub in Kidney Cancer.
著者: Li, G. / Ci, W. / Karmakar, S. / Chen, K. / Dhar, R. / Fan, Z. / Guo, Z. / Zhang, J. / Ke, Y. / Wang, L. / Zhuang, M. / Hu, S. / Li, X. / Zhou, L. / Li, X. / Calabrese, M.F. / Watson, E.R. / ...著者: Li, G. / Ci, W. / Karmakar, S. / Chen, K. / Dhar, R. / Fan, Z. / Guo, Z. / Zhang, J. / Ke, Y. / Wang, L. / Zhuang, M. / Hu, S. / Li, X. / Zhou, L. / Li, X. / Calabrese, M.F. / Watson, E.R. / Prasad, S.M. / Rinker-Schaeffer, C. / Eggener, S.E. / Stricker, T. / Tian, Y. / Schulman, B.A. / Liu, J. / White, K.P.
履歴
登録2013年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Speckle-type POZ protein
B: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0192
ポリマ－18,0192
非ポリマー00
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area7490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.500, 56.158, 42.611
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Speckle-type POZ protein / HIB homolog 1 / Roadkill homolog 1


分子量: 16543.967 Da / 分子数: 1 / 断片: MATH domain (UNP residues 28-166) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPOP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43791
#2: タンパク質・ペプチド Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN / Mutated in multiple advanced cancers 1 / Phosphatase and tensin homolog


分子量: 1475.469 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 354-368 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60484
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris, 100 mM sodium malonate, 36% PEG400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月20日
放射モノクロメーター: double crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 9584 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 %
反射 シェル最高解像度: 2 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3IVV

3ivv


解像度: 2→40.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 11.216 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 495 5.2 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.193 9085 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0 Å20.1 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1155 0 0 105 1260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221178
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0161.961583
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0065146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.64623.87849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.20415210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.877156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02865
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3221.5734
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.60721169
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0993444
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8194.5414
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 31 -
Rwork0.246 621 -
obs--92.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.86121.01932.09814.28371.67955.98110.1863-0.1614-0.4110.427-0.0883-0.30780.48810.269-0.0980.0792-0.0004-0.00610.09910.04420.14489.8492.6446.94
224.2768-4.6307-4.85144.54040.523940.34280.42031.3276-0.0349-0.8563-0.6671-1.8058-0.30851.53930.24690.1321-0.13790.10480.4041-0.170.431623.0929.339-1.989
39.22765.83088.00578.08916.57499.1196-0.02980.2594-0.81880.28840.5413-1.35820.20330.8084-0.51140.06420.0445-0.04910.2022-0.00370.317821.3176.5066.951
43.12212.6381.38937.06143.28025.0367-0.13420.12230.0133-0.24680.2137-0.2306-0.44550.2499-0.07950.0338-0.021-0.01020.09490.0340.075614.90210.7262.893
54.69952.42516.65726.01034.901329.2392-0.0417-0.10990.01920.07040.03150.1696-0.8562-0.10780.01030.0327-0.0317-0.01630.05240.03640.07538.99910.6598.432
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 64
2X-RAY DIFFRACTION2B357 - 363
3X-RAY DIFFRACTION3A65 - 84
4X-RAY DIFFRACTION4A85 - 147
5X-RAY DIFFRACTION5A148 - 166

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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